mercoledì 29 luglio 2020

SENZA PAROLE (MA CON MOCCOLI DI QUELLI CHE FANNO TREMARE IL CIELO)


 
 
Volete avvilirvi, fino alla costernazione più amara?
Guardate la presentazione del rapporto OsMed (https://www.youtube.com/watch?v=D0MKfoorMdY&feature=emb_logo).
L'eccellente lavoro di AIFA, una serie di pacche sulla spalla e "quanto siamo stati bravi". Una rappresentazione aderentissima alla realtà, giusto?
 
 
 
Lasciamo stare Brusaferro che, il 29 luglio 2020, tira fuori "the hammer", cosa che grida vendetta al cielo per poi spiattellare degli Rt con intervalli di confidenza di una larghezza indecente
Mentre ci si scagliava contro Trump (a ragione) per il suo endorsement all'idrossiclorochina, qua l'idrossoclorochina veniva istituzionalizzata, e L'istituto Farmaceutico Militare acquistava in Cina 200 kg per farne pasticche. Pare che solo un informale intervento parlamentare abbia ottenuto una correzione di rotta dell'Agenzia su idrossiclorochina.

I dati in vitro su lopinavir etc erano disponibili dal 10 febbraio (https://www.nature.com/articles/d41573-020-00016-0) e lo ripeto, puntare su farmaci che hanno un'attività antivirale in vitro (EC50) superiore a 1 micromolare è andare contro quanto praticato da chiunque si occupi di ricerca e sviluppo in campo farmaceutico (per tirar fuori qualcosa, non per pubblicare un articolo).
I risultati del primo trial con braccio di controllo apparivano in preprint il 19 marzo (https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa2001282?articleTools=true&fbclid=IwAR1QEz_m_U7toSzu-EoxX8wAG7kIC3Y6ec2sAe8YEyhhVcIYoriIS2e7t54). Ovviamente confermavano quel che si sapeva dall'attività in vitro: lopinavir non funziona con COVID-19.
Ma si continuava imperterriti a usarlo, tanto che il "bravissimo" Magrini pensava di farli prescrivere ai medici di base, gli anti-HIV (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2020/05/il-direttore-aifa-remdesivir-il-3-e-la.html), mentre in tv si esibiva un penoso "3%" riguardo a remdesivir.

Il sunto dell'uso di farmaci contro COVID che vedete nell'immagine è fondamentalmente la dichiarazione di un fallimento sistemico (anti IL-6 a parte) Le soluzioni terapeutiche più intelligenti (remdesivir, anti IL-6/JAK) sono state di fatto scoraggiate, mentre sono state incoraggiate le non soluzioni, le scelte più stupide, il seguire il solco.

Unica voce da ascoltare con attenzione in questa presentazione del rapporto OsMed, con mia sorpresa, quella di Gianni Rezza.

domenica 26 luglio 2020

INNOVAZIONE?




La leucemia mieloide acuta è una patologia per cui fino a poco tempo fa le opzioni terapeutiche erano modeste. Le cose sono un poco migliorate da tre anni a questa parte, principalmente grazie ad antitumorali targeted
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6142552/): inibitori di FLT3, inibitori IDH, ADC...
In questo quadro spunta CPX-351, premiato in Italia come farmaco innovativo dell'anno. Di che si tratta? Della riformulazione con liposomi di due vecchissimi chemioterapici.
Qualcuno in Italia oggi ha programmi su inibitori FLT3 o IDH o BCL2?
No.
Eppure nel primo decennio di questo secolo c'erano programmi su inibitori HDAC, su vari inibitori di chinasi, etc etc. In oncologia la ricerca industriale italiana non era precisamente la retroguardia arretrata.
Oggi ci dobbiamo accontentare del remix aggiornato di due principi attivi che hanno ormai più di mezzo secolo, e che è andato decentemente nelle cliniche, quello che nella review viene definito "un agente citotossico tradizionale".
L'agente citotossico tradizionale che viene premiato come innovazione, da noi. E magari lodato da quanti lamentano il costo eccessivo e la scarsa efficacia dei nuovi antitumorali...

Questo ve lo posso dire senza timore di essere smentito: la crisi del 2008 e i successivi brutali tagli di spesa sanitaria colpirono ovviamente il settore farmaceutico italiano (dato che la spesa farmaceutica pubblica è predeterminata come una frazione del budget sanitario).
E colpirono principalmente le realtà con maggiori capacità innovative, perché erano quelle con le maggiori immobilizzazioni in asset immateriali (farmaci in via di sviluppo), la cui monetizzazione non è facile ma sopratutto non è affatto veloce.
So di per certo che almeno un'azienda, nel periodo peggiore della sua crisi, smise di pagare il canone annuale per i brevetti, bruciando in questo modo tutti gli investimenti che erano stati fatti in quei progetti.
Tra le conseguenze di tutto ciò c'è stato il brutale restringimento dell'ecosistema della ricerca farmaceutica industriale, da noi. Intere pipeline sparite, altre falcidiate. E la dispersione delle capacità necessarie a ricostruirle, dovuta anche, ma non solo, all'evaporazione dei flussi di cassa necessari per mantenerle attive.

Oggi premiando un agente citotossico tradizionale come innovazione si prova ad affermare l'esistenza in vita di un'eccellenza che in realtà non è stata semplicemente lasciata morire: è stata uccisa con nonchalance, danno collaterale della santa guerra alla spesa pubblica. Inutile dire che alla fine del processo sono state perse occupazione qualificata, quote di export e gettito fiscale. Ma nelle guerre sante queste sono perdite accettabili.

sabato 25 luglio 2020

COVID-19: UNA BELLA STORIA MEDCHEM





La storia di EIDD-2801 mi ha fatto ricordare uno dei post meno considerati nella storia di questa pagina, cioè questo: https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/05/quali-sono-le-qualita-di-un-grande.html
Il riuso, l'intuizione, la semplicità, la lunga pratica della disciplina emergono appieno in questa storia (e anche l'aspetto "diamo un'occhiata a questa cosa dei russi e facciamola funzionare" mi ricorda qualcosa).
EIDD-2801 è un inibitore di RdRp, come remdesivir. Solo che a differenza di remdevisir è stato sviluppato per la somministrazione orale, per essere una pasticca, in breve.
La storia di questo composto comincia nel 2014, quando il gruppo di George Painter alla Emory lavora su VEEV, il virus dell'encefalite equina venezuelana, nel quadro di un progetto della Difesa. Viene individuata l'N-idrossicitidina, che nei 70 era stata indagata in Russia e Polonia come antivirale contro il vaiolo (qualcuno al Pentagono o a Langley riteneva che fossero in atto sforzi per sviluppare armi biologiche basate su VEEV).
N-idrossicitidina dimostra di funzionare in una serie di modelli animali, ma non nella scimmia.
Ci si rende conto che nella scimmia il composto viene fosforilato dall'endotelio intestinale e quindi bloccato lì, prevenendo la diffusione sistemica e l'azione antivirale.
Quindi passano a cercare profarmaci che presentino "protetto" l'OH in posizione 5 sul ribosio, causa del problema. E risolvono con un estere, un isobutirrato, che ad occhio garantisce quel che di lipofilicità in grado di migliorare l'assorbimento nel tratto digerente. Nel flusso sanguigno gli enzimi del plasma idrolizzano l'estere a dare N-idrossicitidina (profarmaco significa questo).
Come solo in un altro luogo (Gilead) quando in Cina spunta SARS-CoV-2 pensano: "Abbiamo qualcosa che potrebbe funzionare". E funziona, sia in vitro che nei macachi. Fase I fatta a marzo, fase II in corso. Siamo nel mezzo dello sviluppo clinico, la parte più difficile, e quindi un grande "in bocca al lupo" a loro (e a noi, a cui sarebbe molto utile).

https://cen.acs.org/pharmaceuticals/drug-development/emerging-antiviral-takes-aim-COVID-19/98/web/2020/05?utm_source=ACSTwitter&utm_medium=Social&utm_campaign=CEN

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PERCHE'?




Paul Krugman, Nobel per l'economia, pubblica un suo intervento sul NYT in cui sostiene che la gestione italiana dell'epidemia COVID dovrebbe far vergognare Trump con i 150.000 morti in USA (https://www.nytimes.com/2020/07/23/opinion/us-italy-coronavirus.html). Si comprende l'urgenza polemica, ma se si va a vedere l'incidenza dei decessi le cose sono messe un po' diversamente (https://www.statista.com/statistics/1104709/coronavirus-deaths-worldwide-per-million-inhabitants/) e in realtà gli USA, con tutti i loro problemi di sistemi sanitari, hanno fatto meglio di noi.
Diciamolo: di modelli dell'epidemia COVID ne abbiamo visti anche troppi, e quasi tutti avevano due caratteristiche: molte assunzioni (clamoroso un 25% di riduzione nella trasmissione del virus dovuto all'uso delle mascherine di comunità, scelto arbitrariamente), fit così così (alle volte decisamente pessimo). Erano modelli che quindi avevano un basso potere descrittivo, non ci spiegavano gran che riguardo le dinamiche dell'epidemia (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2020/05/sopravvalutare-le-predizioni.html). Per esempio, non erano in nessun modo capaci di spiegare la quasi uguale incidenza di decessi tra Italia e Svezia. Però sono stati presi come riferimento per indirizzare le politiche antipandemiche: se facciamo così avremo millantamila casi, se facciamo cosà ne avremo millantamila/2.
Ma in realtà non quantificavano, come già visto, il peso di alcuni interventi, si limitavano a dire: è così, abbiamo scelto questo numero.

Nella tabella vedete una serie di dati controintuitivi (e soprattutto contrari alla narrazione maggioritaria corrente): paesi che hanno praticato politiche molto simili hanno incidenza di decessi molto diversa, paesi che hanno praticato politiche molto diverse la hanno quasi uguale.
E nessuno dei modelli più citati è capace di spiegare questa situazione. Ma le chiacchiere al riguardo si sono sprecate, come analisi di grafici che raccontavano ben poco, messe assieme solo per dire "nazione X cattiva, nazione Y buona".

Un argomento comune di chi difende certi modelli (ma soprattutto l'uso che ne è stato fatto) è "mancavano dati, è stato fatto con quel che c'era".
Ottimo. Se vuoi fare una carbonara, ma ti mancano uova e pecorino e decidi di usare parmigiano e panna, perché quelli li hai, sei liberissimo di farlo. Basta che poi il risultato del tuo lavoro te lo mangi tu, e che tu non lo proponga ad altri dicendo che è una carbonara.

venerdì 24 luglio 2020

LE RAPE? CRESCONO SUGLI ALBERI




"Meno di mezz’ora dopo, un vecchio signore dalla barba fluente e dal viso aristocratico, ma piuttosto severo, entrò e al mio invito si accomodò a sedere. Sembrava che avesse qualcosa che lo preoccupava. Si tolse il cappello e, posatolo sul pavimento, ne trasse fuori un fazzoletto rosso di seta e una copia del nostro giornale. Si mise in grembo il giornale e, mentre puliva gli occhiali col fazzoletto, disse: «Siete voi il nuovo direttore?». Dissi di sì. «Avevate mai diretto un giornale d’agricoltura prima?». «No – dissi io – è il mio primo esperimento». «Molto verosimile. Avete mai fatto nessuna esperienza in agricoltura pratica?». «No, credo proprio di no». «Una specie di istinto me lo diceva – dichiarò il vecchio signore, mettendosi gli occhiali e guardandomi al di sopra di essi con una certa durezza, mentre ripiegava il giornale nella maniera più opportuna. – Vorrei leggervi quello che deve avermi dato questa sensazione. È stato questo articolo di fondo. State a sentire, e ditemi se siete stato voi a scriverlo: “Le rape non debbono essere mai strappate, perché questo le danneggia. È molto meglio mandar su un ragazzo a scuotere l’albero”. Che ne pensate di questo? Perché, realmente, suppongo che siate stato voi a scriverlo». «Che cosa ne penso? Diamine, penso che è ottimo. Penso che è una cosa molto sensata. Non ho alcun dubbio che ogni anno milioni e milioni di quintali di rape vadano perduti in questa città solo perché sono state strappate quando non erano ancora completamente mature, mentre se fosse stato mandato su un ragazzo a scuotere l’albero …». «A scuotere vostra nonna! Le rape non crescono sugli alberi!». «Ah, no? Ebbene, chi ha detto questo? Quella era un’espressione di linguaggio figurato, assolutamente figurato. Chiunque s’intenda di qualche cosa avrà capito che intendevo dire che il ragazzo doveva scuotere la vite». Allora quel vecchio si alzò e strappò il giornale in pezzetti minutissimi, li pestò con i piedi, e ruppe un mucchio di cose col suo bastone, gridando che io ne sapevo meno di una vacca; poi se ne andò sbattendosi velocemente dietro la porta, e da tutto il suo comportamento mi fu chiaro che qualche cosa doveva essergli dispiaciuta. Ma non sapendo che cosa lo turbasse, non potei essergli di alcun aiuto."
(Mark Twain, "How I edited an agricoltural paper once")

I classici sono tali per la loro attualità, e Mark Twain è a tutti gli effetti un autore classico.
C'è stato un po' di movimento, negli ultimi giorni, anche sotto la mozione d'ordine n. 2 (https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=2044160479136162&id=1971621999723344), dove alcuni brillantissimi commentatori si sono espressi sul tema "scienza e democrazia".
Ora, immaginatevi se Mark Twain, essendo attivo al giorno d'oggi, avesse redatto il suo giornale di agricoltura online.
E immaginatevi se, tra le tante reazioni indignate, avesse raccolto dei sostenitori, pronti a difendere il suo operato in nome della "democrazia dell'agricoltura".
Vi sembrerebbe ridicolo? Giustamente.
Ecco, in realtà è quello che succede con tanti che parlano di "democrazia della scienza": sostengono la legittimità dell'asserzione "Le rape crescono sugli alberi", o meglio il suo pari diritto ad essere rispetto a "le rape sono radici". Inutile specificare che in questo modo alla "democrazia della scienza" fanno un pessimo servizio.
E che dire se, in una situazione di obbligo di rapa, si legasse indissolubilmente l'opposizione a detto obbligo alla legittimità di "Le rape crescono sugli alberi"?
Sarebbe una scelta suicida, perdente in partenza (e infatti...).
Ma probabilmente la cosa non avrebbe peso, perché "le rape crescono sugli alberi" sarebbe diventato un motivo identitario (cosa che consentirebbe tra l'altro al giornale di agricoltura online di raccogliere sottoscrizioni e donazioni).
Ora, a molti non sembrerà, ma qua alcune volte capita di spiegare che le rape non crescono sugli alberi, e quando capita di solito esce qualcuno a dire che ciò è antidemocratico...

PS: Avevo già postato questo brano di Mark Twain, più di un anno fa, senza commentarlo, ma era oppurtuno riproporlo così. Ah, non sono uno di passaggio, nel "dibattito", quindi non si provi neanche a dire "Io non ho verità, solo dubbì" perché non mi si frega: il DUBBIOH (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2020/02/il-dogma-le-scienze-lascienza-il-dubbioh.html) è solo un'altra Verità con la maiuscola, e chi predica il DUBBIOH di questa Verità non dubita mai - certi punti di riferimento politici dell'area del DUBBIOH hanno provato ad arruolarmi, nel tempo, e la risposta è sempre stata un due di picche, con ragioni più che solide (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2019/10/non-e-vero-che-me-ne-frega-e-utile-si.html), ragioni di serietà.

mercoledì 22 luglio 2020

LA RANA DALLA BOCCA LARGA


https://www.globalist.it/science/2020/07/16/gismondo-accelerare-il-vaccino-moderna-ci-fa-correre-il-rischio-di-diventare-ogm-umani-2061938.html?fbclid=IwAR2T86KxVoo7umW6q1LKBNwVo_aGnQlXTw_A2kDGC92NbxyOvpeU4tv5XtI
Complimentoni vivissimi a The Globalist che mette sta roba alla voce "Scienza". Ma lebbasi, lemaledettebasi sono uccel di bosco ovunque? Non ci sarebbero parole, per roba del genere, ma solo moccoli, di quelli lunghi, articolati che finiscono con...

Sembra di sentire la Gatti: "Si tratta a tutti gli effetti di una terapia genica".
Peccato che a tutti gli effetti il vaccino sperimentale Moderna con una terapia genica non abbia niente a che fare.
Una terapia genica è una terapia che modifica il DNA di una popolazione di cellule più o meno grande. Per modificare DNA in vivo occorre mettere assieme un pazzesco armamentario che tra l'altro non è detto che funzioni come si vorrebbe (altrimenti ogni malattia genetica già avrebbe una cura).
Può darsi che qualcuno inserisca nelle terapie geniche anche siRNA e farmaci antisense, ma questi fanno altro, ovvero silenziano questo o quel gene (quindi non modificano il DNA) e anche qua non è affatto facile (pochissimi farmaci approvati in 30 anni, e qualcuno velocemente ritirato).
Ecco, il vaccino sperimentale moderna non fa né l'una né l'altra cosa: fa quel che farebbe un virus RNA ma senza il virus e tutto il suo arsenale di proteine per la replicazione, cioè trasferisce un filamento di RNA in alcune cellule adiacenti al sito di inoculo. All'interno del citoplasma questo RNA viene usato dai ribosomi della cellula per sintetizzare una proteina di SARS-CoV-2. Non è dato sapere come questa proteina esca dalla cellula, ma una volta uscita questa simulazione di infezione virale provoca una reazione immune contro la proteina di SARS-CoV-2.
Per trasformare RNA in DNA e trasferirlo nei cromosomi di una cellula ci vorrebbero una trascrittasi inversa e un'integrasi, e forse la Dr.ssa Gismondo lo dovrebbe sapere, visto che sono i principali tools of the trade di un retrovirus piuttosto noto (HIV). Beh, queste due proteine nel vaccino Moderna non sono incluse, guarda caso...


martedì 21 luglio 2020

LA CONTESSA BATHORY E' VIVA E LOTTA INSIEME A AMBROSIA (INC)

https://nypost.com/2018/09/10/young-blood-could-be-the-secret-to-long-lasting-health-study/?utm_source=NYPTwitter&utm_medium=SocialFlow&utm_campaign=SocialFlow

Possiamo tranquillamente dire che dall'inizio del millennio tutto quello che è stato fatto nel campo dell'indagine su prolungamento della vita e dintorni è stata ricerca forzata dall'hype e dai finanziamenti che è sfociata in vendita o tentativi di vendita di "olio di serpente", spesso dalle pagine di grandi giornali o da quelle patinate di riviste alla moda (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/06/fior-di-giglio-intascare-700-milioni.html).

Questo del NYP è un articolo che dimostra che fine ha fatto quello che una quindicina di anni fa era ancora travestibile da attivazione di SIRT 1 e 2 e dintorni, quindi "roba scientifica". Al di là degli articoli citati un po' a casaccio è abbastanza facile risalire alla fonte di questo rumore sensazionalistico: Ambrosia (https://www.ambrosiaplasma.com/).
Ambrosia (scelta del nome tuttaltro che casuale, per la società) da quattro anni vende un tipo particolare di servizi medici: la trasfusione di plasma di soggetti giovani (tra i 16 e i 25 anni).
Da quattro anni dice che "ci sono trial in corso", e ogni anno che passa continuano ad essere in corso.
Se vi sembra eclatante, beh, è sembrato eclatante anche a FDA, che nell'estate dello scorso anno ha chiuso le operazioni di Ambrosia (https://www.businessinsider.com/young-blood-transfusions-ambrosia-shut-down-2019-6?IR=T). Ma dopo poco il business, sopravvissuto per qualche mese con un'altra ragione sociale, è tornato al brand originale e a oggi è ancora lì.
Ambrosia non è l'unica società nel ramo (https://en.wikipedia.org/wiki/Young_blood_transfusion), e praticamente queste startup hanno origine da... No, non nascono da squali stile "Wolf of Wall Street", ma la loro origine è nel lavoro di un gruppo di ricerca dell'università di Stanford (https://www.nature.com/news/ageing-research-blood-to-blood-1.16762).
E così, dopo la riapertura delle operazioni di Ambrosia nello scorso autunno, si arriva ad un articolo da clickbait del New York Post, dove ancora una volta entrano in gioco gli scienziati dell'allungamento della vita e dell'eterna gioventù: ci sono ancora investitori da gabbare, e ricchi anziani a cui vendere plasma di giovani - fino al prossimo intervento di FDA.


domenica 19 luglio 2020

LA PANDEMIA POLITICAMENTE SCORRETTA



Cinque mesi dallo scoppio del casino in Italia. E ricordare le posizioni prese pubblicamente a gennaio e febbraio pare maleducato, di cattivo gusto. Eppure ricordarle è utile, molto utile, perché aiuta a definire alcuni principi generali.
Qua e là, oggi, si continua a dire che da sempre le epidemie sono un fatto politico. Beh, esistono alcuni orientamenti politici deteriori, nell'affrontarle.

A gennaio-febbraio, la vera epidemia era il razzismo, per certuni, e ci si doveva comportare di conseguenza. Per questo, tra l'altro, Enrico Rossi, in Toscana, mise i bastoni tra le ruote alle quarantene autogestite della comunità cinese. Sono sicuro che in primavera il razzismo non ha fatto 34.000 morti.
Ora che il problema nei fatti non esiste quasi più si ritorna si nuovo sul razzismo. Imparare qualcosa? See... erano nel giusto prima, sono nel giusto ora.

Confini chiusi/aperti: al di là che le misure funzionassero o meno, grandi anatemi da una certa area di opinione nei confronti delle sospensioni dei voli dalla Cina operate da Italia e USA, e in generale sui controlli in ingresso. "Il virus non conosce confini!" si diceva, e un'incredibile quantità di gente ha aderito a questa immensa idiozia. Il virus viaggia con gli esseri umani, e non viene trasportato dal vento, come qualcuno ha provato insistentemente a dimostrare, tra correlazioni scambiate con rapporti causali e pedestri analisi di PM10 (la "scienza" guidata dall'ideologia, tanta roba, fin dai tempi del III Reich).
Oggi abbiamo una lunga lista di voli sospesi da paesi a rischio, USA compresi, e quasi nessuno dice niente. Chi arriva in UK deve sottoporsi ad un'autoquarantena di due settimane, e anche qua nessuno dice niente. Quanto a immigrazione irregolare, l'ingresso di positivi è ormai un fatto non isolato, e non ci si dovrebbe stupire della cosa (https://www.theguardian.com/world/2020/jul/09/south-africa-warns-of-coronavirus-storm-as-outbreak-accelerates-across-continent?utm_source=Nature+Briefing&utm_campaign=8f6d267e81-briefing-dy-20200713&utm_medium=email&utm_term=0_c9dfd39373-8f6d267e81-44112225). E anche qua nessuno ha niente da obiettare, anche se non si capisce per quale motivo episodi del genere dovrebbero essere irrilevanti rispetto a quello che vede un'imprenditore veneto comportarsi dissennatamente dopo aver contratto il virus in Croazia.

La pandemia sarà anche un fatto politico, ma è nei fatti politicamente scorretta: insensibile a wishful thinking, buoni sentimenti, priorità politiche, che se vengono messi avanti fanno soltanto danni.
Come ci si può fidare di chi ai primi di marzo diceva "tutto sotto controllo" e ora parla di pericolo grave, presente e costante?

venerdì 17 luglio 2020

LA MATEMATICA LOGORA (CHI NON LA SA)


Se non lo sapete, chi gestisce una pagina fb ha un quadro delle reazioni negative a un post; vengono contate le seguenti azioni: nascondi post, nascondi tutti i post, segnala come spam.
Di solito queste azioni sono poche (segnala come spam è rarissima), massimo due o tre per i post che trattano i temi più divisivi (mascherine, rischio COVID, vaccini, politiche governative antipandemiche).
Mi ha stupito che siano apparse sotto al post "A che serve la matematica?" (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2020/07/a-che-serve-la-matematica.html)
Come è che un post del genere abbia avuto reazioni negative così viscerali?

C'è da mettere in conto il classico comportamento da social, cioè leggo il titolo, non leggo il post né i link, lo interpreto secondo il mio pregiudizio (domanda retorica, la risposta è "la matematica non serve"), reagisco.
 
Ma ho la netta impressione che ci sia altro.
Inutile dirlo, perlopiù i post con trattazione matematica qua sopra sono stati in genere tra quelli meno letti di sempre. Ma... le reazioni a certa matematica riguardo due temi (omeopatia, dinamica delle malattie infettive) sono state forti. Il tipico medico/biologo/qualsosainscienzedellavita matematicamente analfabeta (e spesso militante nel frontismo proscienza) reagiva malissimo, perché la trattazione analitica urtava violentemente contro la sua concezione (ideologica) di questo o quel tema, finendo per esempio per giustificare errori di un ordine grandezza nei conti della sua bibbia (noto bestseller di noto virologo).
La matematica logora chi non la sa, specie se non sapendola ne cita a sproposito i risultati. E quando i risultati hanno a che fare con le dinamiche di questo o quel fenomeno (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2019/01/dinamiche-equazioni-differenziali.html) o con i modelli continui (e funzionanti) che hanno costruito le basi della chimica (https://onlinelibrary.wiley.com/doi/book/10.1002/9781118698723) la reazione avversa può essere viscerale.

giovedì 16 luglio 2020

COMPOSTI NATURALI E CONIUGATI FARMACO-ANTICORPO

Storia della chimica farmaceutica e indagine sui composti naturali hanno fatto assieme molta, molta strada. Dai procarioti a piante e animali, molti esseri viventi in miliardi di anni hanno elaborato un arsenale di composti chimici, i cosiddetti metaboliti secondari, per usarli nella lotta per la sopravvivenza. L'uso medicinale di molte piante è attestato fin nelle civiltà più antiche. Poi, in età moderna, i primi antibiotici li abbiamo presi da muffe e batteri, la prima grande rivoluzione in campo oncologico fu costituita dai tassani (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/04/taxus-brevifolia-antitumorali-la.html), l'ultima generazione di antimalarici la dobbiamo a un terpene dell'artemisia annua  etc etc: l'elenco è lunghissimo.
Oggi abbiamo una serie di strumenti analitici inimmaginabili nell'age d'or della chimica dei composti naturali (anni 50-60): con la microscopia elettronica abbinata a diffrazione di elettroni, per esempio, possiamo determinare la struttura di una molecola anche complessa in modo univoco e veloce (le molecole grandi possono essere addirittura "viste"). Ma ai tempi di Woodward (https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=2136542836564592&id=1971621999723344), quando il massimo che si poteva avere erano uno spettro infrarosso, uno ultravioletto e una diffrazione RX, la chimica dei composti naturali conosceva pochi concorrenti nelle discipline scientifiche quanto ad intensità intellettuale . Le ipotesi sulla struttura di un composto naturale erano confermate ricostruendolo per sintesi totale, ed i passaggi sintetici dovevano dare risultati univoci costruendo la struttura molecolare in modo esatto non solo come ordine di concatenazione degli atomi ma anche come loro disposizione nello spazio. Se il risultato della sintesi si dimostrava uguale al composto naturale, estratto e purificato dalla pianta, dal batterio o che altro, la struttura era confermata. Per questo Woodward e Corey furono guardati come giganti (Woodward di più).
Tra i composti naturali oggetto di particolare studio e interesse ci furono, specialmente negli anni 80, gli enediini, antibiotici antitumorali caratterizzati da una struttura con triplo legame, doppio legame, triplo legame coniugati.
Isolati da vari ceppi batterici (da cui l'inserimento tra gli antibiotici), il loro gruppo funzionale caratteristico, perlopiù arrangiato in un anello tensionato (e quindi instabile) costituisce la lama di coltello con cui tagliano a pezzi il DNA con cui vengono a contatto. E' la loro "warhead", analoga a una testata con esplosivo e spoletta: si coordina al minor groove di una spirale di DNA, la spoletta viene così attivata e boom...
Il più noto di questi composti è la calicheamicina  γ1, l, la cui storia cominciò agli inizi degli anni 80, quando un biologo in gita in Texas raccolse alcune rocce gessose vicino ad un'autostrada. Queste rocce avevano in superficie un batterio,  Micromonospora echinospora, che fu coltivato in laboratorio. All'epoca ancora si cercavano attivamente nuovi batteri da cui ottenere nuovi antibiotici, e così fu fatto: si scoprì che Micromonospora echinospora produceva una miscela di composti incredibilmente potente contro varie cellule tumorali, in vitro. Il più potente fu isolato e caratterizzato: era la calicheamicina  γ1. Una sua sintesi totale venne pubblicata dal gruppo di K. Nicolau nei primi 90 (https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja00051a063).
calicheamicina  γ1 - il cerchio rosso evidenzia la warhead
Il problema di questa classe di composti, come di alcune altre, è costituito dall'eccessiva tossicità da una parte, e dalla bassa specificità dall'altra. In breve si tratta di citotossici estremamente potenti con cui non si trovava la quadra per quanto riguardava il loro sviluppo in farmaci.
Ma sul finire degli anni 80 eravamo anche all'alba della ricerca sugli antitumorali targeted: venivano isolati EGFR e VEGFR, per parlare dei due target divenuti poi più popolari. Ed era anche l'alba del biotech: si iniziavano a studiare e costruire anticorpi monoclonali mirati contro un primo set di interessanti bersagli extracellulari: EGFR e VEGFR, appunto, ma anche TNFalfa e non solo.Vennero per esempio individuati target specifici della leucemia mieloide acuta, CD22 e CD33. E una collaborazione tra Wyeth e Celltech si focalizzò sull'idea di coniugati farmaco-anticorpo: ho composti molto potenti ma molto tossici perché poco selettivi, e anticorpi che vanno ad "attaccarsi" a proteine caratteristiche perlopiù di certe cellule tumorali: "leghiamoli" assieme in modo che
l'anticorpo "consegni" il famaco alle cellule giuste. Il "piccolo" problema è che il ponticello che collega l'anticorpo al farmaco deve essere generalmente stabile, ma in grado di rompersi solo una volta che l'anticorpo si sia attaccato alla cellula tumorale. Facile a dirsi, a farsi molto meno, specialmente se ti devi inventare tutto da zero e nessuno ha mai fatto niente del genere prima di te.
Gemtuzumab Ozogamicina
Il primo candidato farmaco, Gemtuzumab Ozogamicina coniugava un anticorpo anti CD22 con un parente stretto della calicheamicina. E non ebbe vita facile. Approvato nel 2000 da FDA con procedura abbreviata e sulla base di endpoint surrogati per pazienti sopra i 60 anni con AML refrattaria ad altre terapie. Pure con questo uso piuttosto limitato negli anni si accumulano evidenze di effetti tossici anche fatali (e nel frattempo Celltech viene comprata da UCB, Wyeth da Pfizer, evento apocalittico). Su richiesta FDA, nel 2010 Pfizer ritira dal mercato il farmaco, per poi averlo riapprovato nel 2018 con indicazioni più stringenti, sulla base di nuovi trial.

Gli Antibody Drug Conjugates (ADC) non furono la "next big thing" in campo oncologico negli anni 90, che furono perlopiù gli anni dei tassani, degli stabilizzatori/destabilizzatori di microtubulo e dei veleni delle topoisomerasi I e II. E non furono neanche la next big thing degli anni 2000, decennio di anticorpi monoclonali e inibitori di chinasi (di TK, per la precisione https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/12/i-passi-avanti-della-farmacologia.html). Ma questa classe non venne abbandonata, e altri farmaci furono approvati, negli anni: ma l'avanzamento del know how sui MAB (Monoclonal AntiBodies) non ha impattato in modo evidentissimo sugli ADC. Il problema cardine resta la progettazione del ponticello (bridge), come dice chi ci lavora, e per quanto le cose siano molto migliorate siamo ancora lontani dal bridge perfetto.

C'è un capitolo molto particolare, nella chimica dei composti naturali, che è quello dei composti di origine marina. Molti di questi composti sono stati indagati, prevalentemente in oncologia, tanto per cambiare. In Giappone questo campo viene indagato più che altrove - lunga storia quella Giappone con le tossine marine, basti pensare al pesce palla e alla tetrodotossina. A Eisai nel nuovo millennio è stato svolto un lavoro monumentale sull'halicondrina B, estratta dalla spugna Halichondria okadai. Il risultato è stato l'eribulina (https://en.wikipedia.org/wiki/Eribulin).
Invece in occidente il discodermolide, un polichetide ottenuto dalla spugna abissale Discodermia dissoluta, segnò di fatto la fine dei grandi sforzi nel campo dei composti naturali. Era uno stabilizzatore di microtubulo estremamente potente, e si pose lo stesso problema che si era presentato con il tassolo più di una decina di anni prima: non si poteva estrarre dalla fonte naturale, troppo scarsa, non venne trovato alcun modo per ottenerlo per via fermentativa, e con un colossale sforzo a Novartis il materiale per i trial clinici venne prodotto per sintesi totale (qualcuno che era passato di là, all'epoca, mi raccontò di colonne cromatografiche stile Cannoni di Navarone). E i trial fallirono (tossicità eccessiva).

Shishijimicina A

Questi due temi mi sono tornati in mente grazie a un recente articolo su JACS (https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.0c06554):"Synthesis and Biological Evaluation of Shishijimicin A‑Type Linker-Drugs and Antibody–Drug Conjugates". Perché?
Chiaramente c'è la faccenda ADC. La Shishijimicina A è un antibiotico enediinico, ma è anche un composto di origine marina, estratto da Didemnum proliferum, un tunicato. E fa piacere vedere segni di vita in questa area disciplinare.
Colonia di Didemnum


IL MISTERO SI INFITTISCE


Vaccino Oxford/Astra Zeneca: probabile autorizzazione speciale di EMA a dicembre prima della fine della fase III (pervista per aprile 2021), e si tratta per lo scudo legale. Il 14 luglio questa notizia veniva data da La Stampa, da Il Sole 24ore, da quotidiano sanità (http://www.quotidianosanita.it/scienza-e-farmaci/articolo.php?articolo_id=87005). A stretto giro il 15 luglio Guido Rasi, direttore di EMA, fa indirettamente sapere che loro non ne sanno niente, perché loro non hanno neanche un dossier aperto, su vaccini antiCOVID. (https://www.lastampa.it/topnews/primo-piano/2020/07/15/news/coronavirus-guido-rasi-l-allerta-deve-rimanere-alta-c-e-il-rischio-di-gravi-ricadute-1.39082864 e francamente non si capisce che dati dovrebbe condividere un'azienda con un'agenzia presso cui non ha istruito una pratica).

Che sta succedendo? La notizia "vaccino a dicembre prima di fine faseIII" si limita alle testate citate, da lì rimbalzata su altre testate italiane e basta. Fuori da patrii confini non esiste. Il 15 luglio viene pubblicato dalla Commissione una comunicazione al Parlamento Europeo su "Short-term EU health preparedness for COVID-19 outbreaks" (https://ec.europa.eu/info/sites/info/files/communication_-_short-term_eu_health_preparedness.pdf) e non si fa mezzo cenno a niente di tutto questo. Si potrebbe pensare come fonte ad un italiano che a Bruxelles sia stato direttamente o indirettamente coinvolto in queste non meglio definite trattative (chi starebbe trattando e con chi?). Di sicuro il tutto si svolge ben lontano dal Parlamento, dove il presidente di ENVI Pascal Canfin si lamenta a gran voce del fatto che gli sviluppatori di vaccini li snobbano (https://www.aboutpharma.com/blog/2020/07/14/vaccini-covid-19-il-parlamento-invita-le-aziende-a-discutere-e-i-ceo-non-rispondono/) - il che la dice lunga su quanto peso venga dato a ENVI. Chi è la gola profonda? Perché dopo questa sparata nessuno ancora dice niente al riguardo, né per confermare né (si spera) per una categorica smentita?
Sento quell'odore caratteristico dell'attuale politica italiana, così ben distinguibile...

martedì 14 luglio 2020

FOLLIE


Avete presente la storia "Vaccino pronto entro la fine dell'anno"?
Pare che, di fronte all'evidente impossibilità del fatto, si sia deciso di agire.
Perché le prospettive attuali del vaccino antiCOVID Oxford-Astra Zeneca sono di una conclusione delle fasi III ad aprile 2021 (e poi tutto il percorso di approvazione-non approvazione-richiesta integrazioni). E di fronte alla realtà dei fatti che si fa? Si pensa di immetterlo in commercio entro la fine dell'anno con una deroga, prima della fine delle sperimentazioni.

Non è che negli USA non si parli di autorizzazioni all'uso in emergenza (EUA) per vaccini antiCOVID. Se ne parla. E degli ex commissioner di FDA dicono: in caso di EUA l'asticella dovrebbe essere estremamente alta (https://pharmaintelligence.informa.com/resources/product-content/covid-19-vaccines-ex-fda-leaders-urge-high-bar-for-emergency-use-authorization).
"Una EUA per un vaccino antiCOVID potrebbe essere appropriata in seguito a robusti dati di fase II se l'uso del prodotto fosse limitato a una popolazione molto ristretta e ad alto rischio... ma FDA dovrebbe usare estrema cautela nel rilasciare una EUA per un vaccino antiCOVID ... in parte perché l'EUA per un vaccino NON AVREBBE PRECEDENTI, e così l'agenzia potrebbe creare uno standard per future EUA. Il successo o il fallimento di un tale uso in emergenza potrebbe avere conseguenze per la fiducia dei cittadini in tutta l'offerta vaccinale"

Quello che negli USA è un tema discusso in modo preoccupato, nella piena coscienza della gravità della sua natura, da questo lato dell'oceano sembrerebbe essere trattatto con sufficienza: il vaccino Oxford-AZ funziona, saltiamo la fase III ed usiamolo direttamente (https://www.nextquotidiano.it/vaccino-covid-senza-completare-la-sperimentazione-obiettivo-europa/).
Uso il condizionale, perché al momento la notizia non è confermata e La Stampa non fornisce fonti europee al riguardo.
"Il vaccino infatti ha comunque già superato i test che ne accertano la non tossicità e sicurezza." scrivono su La Stampa, a dimostrazione della solidissima preparazione dell'articolista. Infatti gente poco informata dei fatti come gli ex vertici FDA enfatizzano sul punto: "Poiché i vaccini vengono somministrati a soggetti sani, gli standard per l' EUA a un vaccino antiCOVID devono essere più alti di quelli richiesti a farmaci per trattare COVID-19". E l'unico modo per garantire la sicurezza di un vaccino è condurre fino in fondo i trial di fase III, su migliaia e migliaia di soggetti, per avere un quadro anche di eventuali effetti collaterali rari, con frequenze dell'ordine di uno su diecimila o ventimila..Probabilmente consci di questo fatto, a Bruxelles starebbero preparando un dedicato scudo legale.

Il fastidio nei confronti della regolazione farmaceutica, parlando di vaccini antiCOVID, si è manifestato da subito, con la richiesta di "taglio delle curve" : saltiamo il preclinico, saltiamo i test su rhesus (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2020/05/cepi-e-fondazione-wellcome-contro-i.html). Il salto della scimmia, in particolare, è stato pure praticato (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2020/05/la-gatta-frettolosa-e-altri-animali.html).
Ma qua stiamo parlando di qualcosa CHE NON HA PRECEDENTI nella storia della regolazione farmaceutica occidentale. E ricordo che detta regolazione è l'unico vero strumento che garantisca efficacia e sicurezza dei prodotti farmaceutici autorizzati. Derogare significa derogare su efficacia e sicurezza, soprattutto in caso di vaccini.

lunedì 13 luglio 2020

A CHE SERVE LA MATEMATICA?




Gran bel post di Margerita Carletti, questo:

💊💊💊MATEMATICA E SCIENZE DELLA VITA💊💊💊 Margherita Carletti, Università di Urbino C. Bo In questo periodo abbiamo molto...
Pubblicato da Pillole di Ottimismo su Lunedì 6 luglio 2020


Me lo ricordo distintamente, in un secondo anno di università dove matematica per i primi mesi significò spazi hilbertiani, misura di Riemann, teorema di Banach Caccioppoli: ce lo chiedevamo tutti, a che serve questa roba a dei chimici? Che ci facciamo?
Ci sembravano inutili forche caudine sotto cui dover passare, e con immensa fatica
La mia personale folgorazione arrivò al terzo anno. Per qualche ragione tra i vari argomenti di Analisi II quelli che mi avevano ispirato di più erano stati le equazioni differenziali e le forme differenziali. E da chimica fisica senza equazioni differenziali non ne uscivi, ma soprattutto le forme differenziali trovarono significato: i differenziali di diverse funzioni di stato erano differenziali esatti (il loro integrale lungo percorsi chiusi è 0), e la termodinamica classica è costruita sulle funzioni di stato.

A parte il discorso galileiano dell'universo come libro scritto in caratteri matematici per quel che riguarda le scienze della vita qua sopra sono state citate e ricitate ecologia delle popolazioni (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/04/quando-due-piu-due-non-fa-quattro.html), dinamica delle malattie infettive (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2019/06/chimica-e-morbillo.html), ritmi circadiani (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2019/03/jeffrey-c-hall-e-gli-altri-il-nobel-per.html).  E sono tutte questioni di feedback o retroazione che dir si voglia (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2019/05/feedback-caos.html).
Al di là della statistica (e sappiamo bene che la statistica continua ad essere un punto dolente, quando si parla di scienze della vita), la matematica serve a comprendere la dinamica di svariati sistemi biologici.

CHI SONO? UNO COME TANTI (O POCHI)

Con una laurea in Chimica Industriale (ordinamento ANTICO, come sottolineava un mio collega più giovane) mi sono ritrovato a lavorare in ...