giovedì 29 novembre 2018

NDEA NEL VALSARTAN MYLAN - REGOLAZIONE, DEREGOLAZIONE


La faccenda N-nitrosoammine nei sartani continua.
Pochi giorni fa AIFA dispone il ritiro di valsartan Teva ( http://www.ordfarsv.it/FOFI/11229.pdf ). E EMA proibisce l'importanzione di valsartan prodotto da Mylan India dopo aver rilevato presenza di N-nitrosodietilammina (NDEA). Questo accade in contemporanea con l'annuncio del ritiro volontario fatto da FDA (https://www.fda.gov/Safety/Recalls/ucm626367.htm). Parrebbe che finalmente sul tema i due regolatori siano all'incirca allineati nell'azione, dopo un lungo sbandamento di EMA durato almeno due mesi (un'enormità). Probabilmente molti continuano a pensare a normali eventi regolatorii, e quindi è il caso che spieghi come si deve l'esatta gravità degli accadimenti estivi.

Nel 2006 (sembrano passati secoli) EMA, che fino a due anni prima si chiamava EMEA, pubblicava le sue linee guida finali sulle impurezze genotossiche nei farmaci : https://www.ema.europa.eu/documents/scientific-guideline/guideline-limits-genotoxic-impurities_en.pdf

Veniva stabilito un limite massimo di 1 microgrammo al giorno per l'assunzione (l'approccio TTC), da cui caso per caso venivano ricavati i limiti per questo o quel principio attivo farmaceutico (sulla base del dosaggio massimo giornaliero). Ricordo abbastanza bene la cosa perché mi arrivò tra capo e collo in mezzo a un lavoro di screening di cristallizzazioni e forme cristalline da cui dovettero essere immediatamente essere levati di mezzo gli acidi solfonici (causa rischio - remoto - di formazione di esteri solfonici, perlappunto genotossici).

Cosa restava fuori dall'approccio TTC, cioè era sottoposto a controlli più stringenti?

"Alcuni gruppi strutturali sono stati inviduati essere di una potenza così alta che l'assunzione anche al di sotto del TTC sarebbe associata con l'alta probabilità di un significativo rischio cancerogeno... Questo gruppo di genotossici cancerogeni di alta potenza comprende aflatossinoidi e composti N-nitroso e azossi."

E veniamo a questa estate: NDMA sta per N-nitroso dimetilammina. Un composto N-nitroso, famiglia che dodici anni prima veniva esplicitamente citata nelle guidilenes tuttora in uso. E cosa dice EMA?
"La revisione di EMA esaminerà i livelli di NDMA in questi medicinali a base di valsartan, il suo possibile impatto sui pazienti che li hanno assunti e quali misure possono essere adottate per ridurre o eliminare l'impurezza dai futuri lotti prodotti dall'azienda."
(http://www.fimmgroma.org/news/news/farmaci/18088-ema-comunicazione-su-medicinali-contenenti-il-principio-attivo-valsartan)
Nel frattempo diffuso esercizio di pompierismo (e la dimostrazione definitiva che non vale la pena leggere un certo blog sanitario su Repubblica , http://bocci.blogautore.repubblica.it/2018/07/09/il-caso-valsartan-e-la-lezione-sui-generici/ , capire tutto e al volo)

Cioè, di fatto annuncia un percorso col produttore, che poi finisce male, perché FDA ad agosto ispeziona e distribuisce import alert, e quindi, pur vigendo il mutuo riconoscimento delle ispezioni, EMA ispeziona a settembre e prende misure analoghe.

Ovvero in prima battuta, mentre si ritirano i farmaci (qui in modo meno efficiente che altrove) EMA dichiara che "avvierà un percorso" quando la natura del contaminante, appartentente proprio a quella famiglia di "genotossici cancerogeni di alta potenza" avrebbe imposto ben altre misure immediate.

Nel 2006 non mi ricordo di particolari dissonanze tra lo stile regolatorio FDA e quello EMA, anche se il problema delle ispezioni presso i produttori asiatici di generici FDA lo dichiarava in audizione al senato, mentre qua non se ne è mai parlato.
Poi qualcosa è cambiato, progressivamente e lentamente. E l'episodio di questa estate dice che rispetto a 12 anni fa siamo in una certa misura de-regolati (o malregolati).

martedì 27 novembre 2018

ALZHEIMER - L'ULTIMO CHIODO SULLA BARA DELL'IPOTESI AMILOIDE, MA "PER FORTUNA" C'E' CHI ARRIVA CON UN VACCINO

Il miglior commento che ho letto al riguardo è una barzelletta. E' notte, e c'è un tipo che cerca per terra sotto la luce di un lampione. Un passante lo nota e chiede: "Scusi, che fa?". "Ho perso le mie chiavi, e le sto cercando". "Ma le ha perse qui?" "No, ma qui c'è più luce per cercare".

L'ultimo inibitore di beta secretasi di Lilly/AZ affondò in fase III. L'ennesimo buco nell'acqua per farmaci anti alzheimer basati sull''ipotesi amiloide (la malattia è causata dalle placche amiloidi che si accumulano nel tessuto cerebrale).
(https://endpts.com/phiii-alzheimers-drug-goes-bust-and-a-major-setback-at-eli-lilly-and-astrazeneca-may-doom-the-class/)
E che dichiarazione arrivava da Lilly?

“Despite this latest setback, Eli Lilly remains committed to plunging through this concrete wall headfirst. This is a sad day for our WallBreaker 2020 program, and some of our longtime head bashers will recall similar periods during SkullButt 2012 and ConcreteCracker 2016. But we continue to believe that the only way past this wall is straight through it, with all the force that our craniums can bring to bear."

Continueremo a dare testate in questo muro di cemento... perché dopo tutti questi fallimenti nessuno ha lavorato più di noi a diretto contatto con l'ipotesi amiloide. Ok. Ma :

inibitore di gamma secretasi fallito in fase III nel 2010
anticorpo anti beta amiloidi, solanezumab fallito in fase III nel 2012
inibitore di beta secretasi fallito in fase III nel 2013
ancora fallimento di solanezumab in altro trial di fase III nel 2015 e nel 2016
altro fallimento di inibitore di beta secretasi nel 2018

Se erano arrivati al bandolo della matassa forse avremmo visto qualcosa (e loro avrebbero risparmiato una decina di miliardi o giù di lì).
Ma il punto è che anche tutti gli altri hanno fallito, sull'ipotesi amiloide. Pfizer ha mollato l'area l'anno scorso dopo il suo ultimo fallimento.

Forse sarebbe ora di ripensare il tutto, e da zero. E invece no...
Il pubblico (e chi assegna i grant) ha la memoria corta, e cosa c'è di meglio che ravvivare un minimo di interesse su un'ipotesi non esattamente di successo (anzi) con un vaccino sperimentale, che ha successo nei topi?
Ecco, mai lavorato su malattie degenative del CNS, ma avendo parlato con qualcuno che ci lavorava mi ricordo bene la lamentela sull'assenza di modelli animali affidabili. Ma va benissimo: le terapie per l'alzheimer dopo anni e anni offrono come panorama un vasto cimitero di programmi basati sull'ipotesi amiloide dove c'è ancora posto per un vaccino che probabilmente non vedrà mai la fase I.

https://www.wired.it/scienza/medicina/2018/11/27/alzheimer-vaccino-topo/

mercoledì 21 novembre 2018

FRANCES OLDHAM KELSEY



Morta nel 2015 a 101 anni, questo medico ha fatto la storia dell'attività regolatoria sui farmaci.

"Il sedativo era il Kevadon, e la domanda di approvazione in America raggiunse il nuovo responsabile medico alla Food and Drug Administration nel settembre 1960. Il farmaco era stato già venduto alle donne in gravidanza in Europa contro la nausea mattutina, e la domanda di approvazione sembrava routine, pronta ad essere timbrata.
Ma alcuni dati sul profilo di sicurezza del farmaco turbarono la Dottoressa Frances Oldham Kelsey, un ex medico di base e insegnante del Sud Dakota, che aveva appena avuto lavoro all'FDA a Washington, alla revisione delle richieste di approvazione dei nuovi farmaci. Chiese al produttore, la William S. Merrell Co. di Cincinnati ulteriori informazioni.
E cominciò uno scontro tra volontà. Merrel rispose, la Dr. Kelsey chiese altre informazioni. Merrel presentò reclamo contro i "soprusi" della Dr. Kelsey, chiamandola burocrate da poco. E continuò così. Ma verso la fine del 1961 la terribile evidenza stava filtrando. Il farmaco, meglio conosciuto col suo nome generico di talidomide, stava causando migliaia di nascite di bambini con braccia e gambe deformi e altri difetti."

(il talidomide poi è diventato un utile strumento nella lotta a mielomi e linfomi)

https://www.nytimes.com/2015/08/08/science/frances-oldham-kelsey-fda-doctor-who-exposed-danger-of-thalidomide-dies-at-101.html

martedì 20 novembre 2018

FRAMMENTI DI DNA A SPASSO E SIMILI


Se c'è una cosa che una cellula eucariotica non fa, a differenza dei procarioti, è lasciar passare al suo interno materiale genetico che viene dal suo esterno.
Quel che riesce ad inoculare materiale genetico dentro una cellula eucariotica è un virus, e per farlo usa un discreto arsenale biochimico che lo fa aderire alla membrana cellulare e poi la "buca" per rilasciare al suo interno i propri acidi nucleici.
Questo è uno dei motivi per cui la prima generazione di "terapie geniche", i cosiddetti farmaci antisense e siRNA, ha di fatto fallito - per avere assorbimento da parte delle cellule sono stati usati vari trucchi molto elaborati, come la sostituzione della catena ribosidica con un backbone peptidico, o l'incapsulamento in liposomi.

Per quel che riguarda i vaccini, in passato tracce residue di trascrittasi inversa hanno destato preoccupazione come possibile segno di contenuto di retrovirus (non come problema in sé, https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/04/lattivita-della-trascrittasi-inversa-in.html), ma si rivelarono un errore del metodo analitico.
Per sottolineare il rischio correlato a tracce di DNA o RNA nelle formulazioni vaccinali è stato citato questo:

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1045105609000293?via%3Dihub

Ma gli articoli andrebbero letti, e letti bene, prima di essere citati. E' un position paper di FDA sul problema, ed è bene citarlo alla lettera:

"La varietà dei substrati cellulari che sono stati usati per la produzione di vaccini virali autorizzati negli USA è limitata a celllule primarie di origine aviaria o da scimmie, a linee di cellule diploidi... e a una linea cellulare continua, la linea VERO...
Mentre questi substrati cellulari hanno prodotto vaccini di provata sicurezza ed efficacia (con qualche incidente di percorso, anche serio NdCS) è sempre più chiaro che questo arsenale è insufficiente per la produzione della PROSSIMA GENERAZIONE di vaccini virali, come quelli contro HIV/AIDS, contro malattie infettive emergenti (SARS) e contro agenti per il bioterrorismo
....
Finora molti dei nuovi substrati cellulari da mammiferi in via di valutazione per la produzione di vaccini virali sono considerati neoplastici, poiché sono stati immortalizzati con vari meccanismi, ed alcuni sono cancerogeni."

Quindi si sottolinea un aspetto da monitorare strettamente riguardo a NUOVI vaccini virali prodotti con NUOVE linee cellulari che possono avere un profilo di rischio ignoto, e la cosa non riguarda vecchie linee cellulari, il cui profilo di rischio è invece ben noto (profilo di rischio della linea cellulare, sottolineo).

E ancora:
"Il DNA può avere diverse attività biologiche misurabili, che includono attività oncogeniche e infettive
Benché non legata a problemi di linea cellulare, il DNA può avere un'attività di trasformazione su sistemi batterici e funghi.
Se queste attività SONO MEDIATE DA PRODOTTI DERIVATI DALL'ESPRESSIONE GENICA (quindi il DNA deve arrivare dentro la cellula per aver avere questo effetto, NdCS), un'attività biologica del DNA che non richiede espressione genica è l'attività immunomodulatoria. Se questa attività può essere misurata in vivo I DOSAGGI RICHIESTI PER OTTENERE QUESTA ATTIVITA' NON SONO TIPICAMENTE PRESENTI NEI VACCINI."

martedì 13 novembre 2018

LOIN DE L'EQUILIBRE


E' in francese, ok, ma abbastanza comprensibile (nonostante l'indefessa attitudine francese a usare vocaboli autoctoni per quelli di origine angosassone).
Questo documentario di quasi 25 anni fa offre una suggestiva carrellata su lontananza dall'equilibrio, non linearità, transizione, organizzazione, centrata sulle reazioni oscillanti e con un plus: eseguite in continuo in molti esempi. Quei recipienti di vetro con tubi innestati sul fondo sono reattori in continuo: i reagenti vengono pompati da pompe peristaltiche (le riconoscete, sono quelle con il rotore che gira) nella parte bassa del reattore, e la miscela esce in continuazione dalla parte alta. Il mescolamento in alcuni casi è lasciato al flusso dei liquidi, in altri ancora la miscela viene agitata (e quindi abbiamo un CSTR, Continuously Stirred Tank Reactor, per quanto in piccolo).
Ovviamente le due mattatrici sono Briggs-Rauscher e Belousov Zhabotinsky, e devo dire che la Briggs-Rauscher in continuo non è niente male.
C'è anche un brevissimo flash sulla crescita di popolazioni batteriche (ho letto qualcuno di recente che proponeva roba tra il sempre crescente e il modello logistico al riguardo - il mondo è bello perché è vario).
Di fatto il documentario è anche una sorta di "festa del gradiente": gradienti di temperatura, gradienti di concentrazioni.
Cos'è un gradiente?
Un gradiente di temperatura lo vedete bene nel documentario, nell'esperimento con i due termostati a temperature diverse. Le temperature crescenti (o calanti, a seconda del verso in cui si leggono) sono l'effetto di un gradiente di temperatura, che nel vocabolario comune della chimica è esso stesso definito gradiente ("Cosa si determina tra una fonte calda e una fonte fredda?" "Un gradiente di temperatura", idem tra due concentrazioni - casi in cui "natura non facit saltus").
Se una derivata dà conto della variazione di qualcosa in un punto in termini assoluti, il gradiente (∇) aggiunge un verso: questa grandezza in questo punto sta cambiando così e il cambiamento è orientato in questa direzione.
Detto bene è una funzione vettoriale definita in un campo scalare, composta dalle derivate parziali della grandezza scalare rispetto alle coordinate spaziali. Un campo scalare per esempio esiste nel tubo dell'esperimento con i due termostati: nello spazio del tubo ad ogni punto è associato un valore di una grandezza scalare, che in questo caso è la temperatura. La derivata della temperatura rispetto ad a, coordinata sull'asse del tubo, ci dà l'intensità della variazione di T in quel punto. Ma questa variazione ha anche una direzione, è orientata. Come si aggiunge questa informazione al valore della derivata? Moltiplicando per un versore. Un versore è un particolare tipo di vettore: i vettori hanno modulo, direzione e verso. Il versore ha modulo 1. Quindi moltiplicando dT/dx per â (versore dell'asse a) avremo un vettore che rappresenta "la variazione per unità di lunghezza che la grandezza subisce da un punto all’altro dello spazio lungo una certa direzione" (Treccani) (https://it.wikipedia.org/wiki/Gradiente_(funzione)). Nella fattispecie del tubo dell'esperimento si assune che le componenti del gradiente lungo le altre due coordinate spaziali siano nulle.
In realtà un gradiente non ha molto senso in uno spazio monodimensionale, e solitamente si usa su campi scalari definiti in spazi di 2 o più dimensioni,
qualcuno si ricorderà forse di aver incrociato qua sopra un gradiente quando si parlò di Brussellatore con l'aggiunta del termine diffusivo (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/04/ordine-entropia-caos-la-lezione-di-un.html).
I gradienti sono estremamente frequenti nei fenomeni dinamici, e specialmente in quelli biologici: gradienti di luce, di concentrazione di nutrienti, di forza ionica, etc etc.

https://www.canal-u.tv/video/science_en_cours/loin_de_l_equilibre.16

lunedì 12 novembre 2018

ORDINE, ENTROPIA; CAOS - LA LEZIONE DI UN NOBEL (4)

(Dove si arriva al Brusselatore, e quindi c'è roba astrusa, equazioni differenziali comprese, ma poi potete giocherellare col link)

Per tipi appropriati di cinetica chimica il sistema può diventare instabile. Questo dimostra che c'è una differenza essenziale tra le leggi dell'equilibrio e le leggi per le situazioni lontane dall'equilibrio. Le leggi dell'equilibrio sono universali. Comunque lontano dall'equilibrio il comportamento diventa estremamente specifico. E questa circostanza è la benvenuta, perché ci permette di introdurre una distinzione nel comportamento di sistemi fisici che risulterebbe incomprensibile nel mondo dell'equilibrio...
Abbiamo bisogno di reazioni autocatalitiche. Più precisamente passaggi autocatalitici sono condizioni necessarie (ma non sufficienti) per rompere la stabilità termodinamica.
Consideriamo un semplice esempio. Questo esempio è  il cosiddeto Brusselatore, che corrisponde a questo schema di reazioni:

A →X
2X+Y→3X
B+X→Y+D
X→E

I prodotti iniziali e finali sono A,B, D, E che rimangono costanti mentre le concentrazioni dei due intermedi X e Y possono cambiare nel tempo.
Ponendo le costanti cinetiche uguali a 1, otteniamo questo sistema di equazioni:

dX/dt=A+X²Y-BX-X
dY/dt=BX-X²Y

che ammette lo stato stazionario  (derivate=0, nota di CS) per

X°=A , Y°=B/A

...Possiamo dimostrare che questa soluzione (e quindi lo stato del sistema, nota di CS) diventa instabile quando

B >B°= 1-A²

Oltre questo valore di B abbiamo un ciclo limite, ovvero ogni punto nello spazio X,Y tende alla stessa traiettoria periodica. Il punto importante è quindi che in contrasto con le reazioni chimiche oscillanti del tipo Lotka-Volterra  la frequenza dell'oscillazione è una funzione delle variabili macroscopiche come concentrazioni e temperature.
La reazione chimica porta a un comportamento coerente nel tempo, diventa un orologio chimico. In letteratura questa è spesso chiamata biforcazione di Hopf.
Quando viene introdotta la diffusione la varietà delle instabilità diventa piuttosto sorprendente e per questa ragione lo schema di reazione visto sopra è stato studiato da molti autori negli anni passati. E' anche stato introdotto un nome speciale - è stato chiamato il "Brusselatore". In presenza di diffusione, l'equazione vista sopra diventa

dX/dt=A+X²Y-BX-X+Dx d²X/dr²
dY/dt=BX-X²Y+Dy d²Y/dr²

(dove D sono i coefficienti di diffusione e r la coordinata spaziale, NdCS)

(Ilya Prigogine, Nobel Lecture, 8 December, 1977)

(Al link potete divertirvi a giocare con lo spazio delle fasi del Brusselatore, guardate come si passa da punto focale instabile a punto focale stabile cambiando a da 1 a 1.1, mentre per b>2 il sistema si destabilizza - eh, sì, siamo in presenza di un attrattore... NdCS)

http://twt.mpei.ac.ru/MCS/Worksheets/Chem/BrusselatorPhasePlan.xmcd


LA LOGICA DELLA VACCINAZIONE: 1982, UK, CAOS, PERTOSSE

Su "The New Scientist" del 18 novembre 1982 appariva questo articolo, "The logic of vaccination", con una combinazione di firme abbastanza curiosa: Robert May, fisico prestato all'ecologia, uno dei grandi nomi nella storia dello studio dei sistemi a dinamiche non lineari, e Roy Anderson, epidemiologo che sarà "istituzionale" (Chief Scientific Advisor del ministro della difesa, WHO, direttore non esecutivo a GSK). Il risultato di questa collaborazione merita di esser letto da cima a fondo, anche a 30 e passa anni di distanza. L'articolo venne prodotto all'interno di una situazione di dibattito acceso sulle vaccinazioni, e costituisce un esempio a dir poco fulgido (e raro) di contributo alla discussione (leggetelo e rileverete il nanismo intellettuale di alcuni contributi al presente dibattito nostrano che si autodefiniscono scientifici).
E' un contributo mediato, e i lettori più attenti capiranno come, riuscendo a distinguere l'apporto dell'uno e dell'altro autore. Per quel che riguarda le mediazioni, mi limiterò ad osservare che i calcoli delle ondate epidemiche saranno definiti dallo stesso May nella sua famosa Croonian Lecture di qualche anno dopo "ridicole semplificazioni".
A fronte di un' epidemia di pertosse l'articolo conclude in favore dell'introduzione dell'obbligo vaccinale (da rimuovere dopo qualche anno). Mediazioni.

Riinvitandovi alla lettura completa, sottolineerei alcuni punti.
In primo luogo il numero magico "95%" non vi appare come un assoluto universale da applicarsi ad ogni vaccinazione per ottenere l'immunità di gregge.
In secondo luogo, non si confonde tra tasso di copertura vaccinale e popolazione dei non suscettibili all'infezione (immuni, se preferite).
Terzo, se qualcuno cercasse elementi per valutare l'onestà intellettuale dell'articolo, li troverebbe in queste parole: "L'incidenza della pertosse e le morti associate stavano calando nei paesi sviluppati anche prima dell'avvento dell'immunizzazione; risultato di una combinazione di migliore alimentazione, miglior igiene e migliori cure mediche  (specialmente con gli antibiotici): Diversi studi comunque hanno mostrato che la velocità di calo dei casi è stata maggiore da quando l'immunizzazione è stata introdotta".
Da ultimo trovo particolarmente significativo questo passaggio:
"Poiché diversi virus tendono a produrre patologie più serie nei soggetti più anziani, la tendenza dei programmi di vaccinazione ad alzare l'età media dei soggetti affetti dall'infezione è stata alla radice di qualche controversia...
Nelle donne la rosolia, normalmente un'infezione leggera accompagnata da febbre, può causare una patologia seria nel nascituro se l'infezione è contratta nei primi tre mesi di gravidanza. I bambini nati con la Sindrome da Rosolia Congenita (CRS) possono essere affetti da sordità, disturbi neurologici ed altro... In Gran Bretagna lo scopo è facilitare la circolazione del virus nella popolazione, in modo che la maggior parte delle ragazze lo contraggano prima di raggiungere l'età fertile... Se all'inizio dell'adolescenza non l'hanno contratta, allora le ragazze, e solo le ragazze, vengono immunizzate a circa 13 anni. Questa politica ha ovviamente un basso impatto sulla circolazione della rosolia ma ha ridotto i casi riportati di CRS. Dati i correnti livelli di vaccinazione in UK e USA (in USA vaccinazione di massa, NdCS) recenti ricerche teoriche hanno portato alla soddisfacente conclusione che la politica inglese è la migliore per la Gran Bretagna, e quella americana la migliore per gli USA".






NB: riguardo al vaccino DTP e alle sue reazioni avverse, i dati dell'articolo vanno contestualizzati nella situazione dell'epoca, visto che i problemi di qualità della produzione hanno continuato a persistere per il decennio successivo. Ma notate l'attenzione posta alla quantificazione del rapporto rischio-beneficio per la vaccinazione anti pertosse.

Postilla: questa è un'altra tappa verso la famosa Croonian Lecture di May. Però per essere affrontata al meglio ha bisogno di ulteriore preparazione, e quindi si parlerà di analisi spettrale (sperando di riuscire ad essere comprensibile, e partendo ovviamente dall'ottica di questa pagina).

https://books.google.it/books?id=Vy9FEmEIvMUC&pg=PA410&lpg=PA410&dq=robert+may+the+logic+of+vaccination&source=bl&ots=A6WjvtXMI9&sig=P29Mw8LgHf1M63QLnrBIqo6B9U8&hl=it&sa=X&ved=0ahUKEwi-scWa5q7YAhXQ2aQKHZ7SCVkQ6AEIMjAB#v=onepage&q=robert%20may%20the%20logic%20of%20vaccination&f=false

DINOSAURI E BIFORCAZIONI: LE STRADE PER IL CAOS

"La costruzione dei frattali  non si basa su di un'equazione, ma su un algoritmo. Ciò significa che si è in presenza di un metodo, non necessariamente numerico, che deve essere utilizzato per disegnare la curva. Inoltre, l'algoritmo non è mai applicato una volta sola, ma la procedura è iterata un numero di volte teoricamente infinito: ad ogni iterazione, la curva si avvicina sempre più al risultato finale"

Le teorie del caos hanno forse avuto il loro momento di massima popolarità nella prima metà dei novanta. Michael Crichton usciva nel 1990 con il suo "Jurassic Park", che nella struttura vuole richiamare un frattale, ogni parte del romanzo un'iterazione, con tanto di rappresentazione grafica, per un totale di sette parti/iterazioni che rivelano la struttura dell'insieme frattale.
Il romanzo è incardinato sulla preoccupazione per le modalità del boom biotech di fine anni 80 e sul tema della nonlinearità e del caos, incarnato dal personaggio del matematico texano Ian Malcolm.
Citazione emblematica: “La linearità è un modo artificiale di vedere il mondo. La vita vera non è una serie di eventi legati tra di loro che si verificano uno dopo l’altro come perline di una collana.”

Nel 1993 esce il film che Spielberg ha tratto dal romanzo di Crichton, e sarà tutta una faccenda di T-Rex e Velociraptor: a Ian Malcolm, interpretato da Jeff Goldblum, resta poco spazio. Ma nel suo breve monologo di presentazione sull'elicottero in una manciata di secondi elenca teorie del caos, equazioni non lineari, spazio delle fasi, strani attrattori. Poi farà un intermezzo sui sistemi complessi, molto terra terra, con il celebre esempio dell'effetto farfalla - una farfalla che sbatte le ali a Pechino prova un cambiamento del tempo a New York .
A parte questi accenni, il resto del film è nell'ordine, divulgazione sull'ingegneria genetica, luna park, otto volante - un otto volante che prese tre Oscar e incassò 920 milioni di dollari.

Lo spazio delle fasi è uno spazio i cui punti rappresentano gli stati di un sistema. Quindi ogni punto nello spazio delle fasi rappresenta un possibile stato del sistema, che è dire esattamente la stessa cosa di prima in modo forse più comprensibile.
Quello dell'immagine è lo spazio delle fasi per un modello basico ospite-parassita (quindi strettamente imparentato con un sistema uomo-agente patogeno infettivo), ed in particolare è quel si chiama "diagramma di biforcazione". Oltre ad essere affascinante a vedersi, ci racconta come funziona un particolare tipo di sistema con dinamiche non lineari.
Noterete che piccole variazioni di x (velocità di attacco del parassitoide) possono corrispondere a rilevanti variazioni nello stato del sistema, anzi, possono portare da un singolo o da pochi stati possibili a molti, moltissimi stati possibili.
Quindi è abbastanza importante (per usare un blando eufemismo) capire se ci troviamo prima o dopo di un punto di biforcazione, e di quale punto si tratti. Altrimenti si rischia di prendere fischi per fiaschi (e a molti accade spesso), lucciole per lanterne, comportamento quasiperiodico per equilibrio, caos per comportamento periodico.
A questo punto qualcuno lo avrà già intuito: la velocità di attacco di un parassitoide è marcatamente affine ad un'altra entità, usata in epidemiologia, R , il basic reproduction number, che porta direttamente alla famosa herd immunity. E presto torneremo a parlare di Lord Robert May.


mercoledì 7 novembre 2018

CHELAZIONE, CHELAZIONE!

Non si può parlare di chelazione senza parlare di complessazione, ovvero di quello che un tempo era noto anche come "legame dativo".
Ci sono sempre orbitali atomici (e molecolari) di mezzo.
Senza andare su teoria del campo cristallino, teoria del campo dei leganti, HOMO e LUMO (che di fatto è tutta meccanica quantistica applicata), di mezzo c'è sempre un atomo (o una molecola) con un orbitale vuoto e l'atomo di un'altra molecola che invece si ritrova una coppia di elettroni collocata in un orbitale non impegnato nel legame molecolare. La coppia di elettroni viene impegnata in un legame che coinvolge l'orbitale vuoto del primo atomo (mentre nel legame covalente ognuno degli atomi mette in gioco un elettrone).
L'energia degli orbitali coinvolti e la loro geometria impongono regole che si traducono in una precisa geometria dei complessi. Il platino, per esempio, quando coordinato da leganti, li fa collocare ai vertici di un quadrato di cui lui occupa il centro.  L'alluminio 3+ invece colloca i leganti (per esempio acqua o OH-) ai vertici di una bipiramide a base quadrata, di cui lui occupa il centro. In genere i complessi di questo tipo sono entalpicamente favoriti (ΔH di formazione negativo).
Chiamiamo "dente" l'atomo che fornisce il doppietto di elettroni nella molecola complessante. Esistono casi (piuttosto abbondanti in natura) in cui un'unica molecola possiede più "denti" orientati o orientabili con una geometria compatibile con la complessazione di questo o quel metallo. Esempio classico le sottostrutture porfiriniche della clorofilla (dove ad essere coordinato è uno ione magnesio) e dell'emoglobina (dove ad essere coordinato è uno ione di ferro):4 azoti con un doppietto libero rigidamente collocati ai vertici di un quadrato.
Nel caso dei chelanti all'effetto entalpico si combina l'effetto entropico (entropia di formazione positiva) che contribuisce ad una energia libera di formazione ancora più negativa, e quindi ad un processo ancora più favorito rispetto alla coordinazione con leganti monodentati. Quindi i complessi con chelanti sono estremamente stabili, e la geometria è importante.
Il chelante del ferro più potente in circolazione è prodotto da diversi batteri gram negativi,come Escherichia Coli:si tratta dell'enterobactina, il cui complesso con Fe3+ ha una stabilità doppia rispetto a quello tra Fe3+ e EDTA (nell'immagine, chelante esadentato, i "denti" sono gli OH fenolici).

Non starò a discorrere di "terapie chelanti" e simili (se somministri un chelante è probabile che vada in circolo a raccattare tutto il chelabile, compreso cose che ti servono e molto, tipo lo zinco, e se cheli lo zinco tra l'altro i problemi muscolo-scheletrici si sprecano).
No, la chelazione mi è venuta in mente per il discorso "La Seneff dice che il glifosato chelando l'alluminio lo puo veicolare attraverso la BBB" - La BBB sarebbe la Blood Brain Barrier, o barriera ematoencefalica, il filtro biochimico interposto tra circolazione sanguigna e tessuti cerebrali.
Stephanie Seneff dopo un diploma in biofisica preso nel 1968 è diventata una computer scientist del MIT che a partire dal 2011 si è messa a produrre materiale in campo biologico/biomedico con una tattica ineccepibile: prendi un tema "caldo" o controverso e trattalo in maniera esageratamente controversa (e biased in un modo pazzesco), senza farsi mancare incursioni nei territori più tipicamente antivax (https://www.mdpi.com/1099-4300/14/11/2227/htm).
Ah, ovviamente, niente sperimentazione, ma data mining. Appena appena orientato. Tipo Il glifosato che chela l'alluminio e lo fa arrivare al cervello provocando autismo (e Alzheimer) solo a leggerla fa sgranare gli occhi: non il classico topos binario alluminio-autismo. Qua siamo oltre, si aggiunge un carico pesante : glifosato-alluminio-autismo.Wow.
Che il glifosato complessi vari metalli (specialmente divalenti) è cosa appurata sperimentalmente da una trentina d'anni. E parliamo di complessi, non di chelati. Una decina di anni fa uno studio accurato con estensivo uso di tecniche spettroscopiche ha dimostrato l'esistenza di complessi con alluminio dove, a differenza di quanto sino ad allora era noto, il glifosato funziona come legante bidentato (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0162013409001810) e quindi come chelante. Sì, a pH tra 1.5 e 3.5 (ovverosia decisamente acido). Fuori da questa finestra di pH il complesso non esiste.
Ma, strafregandosene della letteratura e della mancanza di dato sperimentale, si conclude che a pH FISIOLOGICO il glifosato può chelare l'alluminio e veicolarlo oltre la BBB provocando l'autismo. Al di là del rapporto causa-effetto Alluminio-autismo, dove anche la ricerca sperimentale di prove indiziarie è fallita, tutta l'ipotesi non sta in piedi. Ma per un certo pubblico è estremamente coreografica.
Enterobactina e chelato con Fe (http://www.pnas.org/content/100/7/3584)

martedì 6 novembre 2018

DOPAMINA, CATECOLAMINE, FOSFOLIPIDI

Le analisi della vecchia signora dicevano "tutto a posto". Anche la radiografia dell'anca diceva "tutto a posto". Ma tutto a posto non era.
"Certo, l'RX non ci dice gran che su eventuali stati infiammatorii dei tessuti connettivi articolari...  però non accusa dolore, pare. Potrebbe essere neurologico."
"E quindi?"
"E quindi per essere sicuri servirebbe una TAC, Ma la TAC va fatta in anestesia totale, altrimenti non sta ferma."
Già, perché la vecchia signora era una magnifica setter inglese dal manto bianco e nero, di 11 anni.
"Si può provare con queste fiale, sono per uso umano, e vedere che succede".
E questo è l'occhio del lungo mestiere, perché il sottoscritto che del mestiere non è ma che con la vecchia signora coabita avrebbe detto artrite dell'anca, da come si muoveva, ormai pochissimo (e da giovane era ipercinetica) o guaiva occasionalmente. Quanto alle fiale, quando vidi di che si trattava, alzai le sopracciglia al limite consentito dai muscoli preposti: fosfolipidi da corteccia cerebrale, ovvero prevalentemente fosfatidilcolina e fosfatidil serina.





Se c'è qualcosa in giro da anni in vario modo sono proprio i fosfolipidi, o fosfatidi, alla vecchia maneria, in quanto esteri dell'acido fosfatidico (https://it.wikipedia.org/wiki/Acido_fosfatidico). E' quel che c'era dietro alla storia "il cervello ha bisogno di fosforo" e "mangia il pesce che diventi intelligente".
Per dire le lecitine fanno parte di questa vasta famiglia. Sono tutti esteri glicerici (digliceridi) con un acido ortofosforico attaccato che a sua volta esterifica un'amminoalcol spesso nel novero dei neurotrasmettitori e dintorni (colina, etanolammina). Il razionale di un certo noto integratore (o farmaco? Altra cosa nella zona di confine) spesso usato e abusato da studenti in circostanze di stress intellettivo, una serina O-fosfato, sarebbe lo stesso: precursore di fosfolipidi.
I fosfolipidi di estrazione dalla corteccia cerebrale bovina sono legati a doppio filo con una farmaceutica italiana a sua volta collegata a una Nobel italiana. E da anni, nonostante le autorizzazioni come farmaco, sono un'area grigiastra. A parte che se di mestiere principalmente ti sei messo ad estrarre roba da cervelli bovini in tempi di crisi della mucca pazza rischi di fallire, sulla reale efficacia di questi prodotti nel mio ambiente ci sono sempre stati dubbi.
Si tratta di una gamma di molecole endogene, ovvero che noi stessi produciamo. La versione comune li vede come attivatori del sistema dopaminergico, e detta così sembra specifica, ma in realtà è abbastanza A-specifica. Rispetto al sistema serotoninergico (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/04/5-ht-da-sessanta-anni-nebbia-tanta-luce.html) il sistema dopaminergico è territorio abbastanza noto, riassumibile in "psicostimolazione".
Chiunque ha sentito nominare L-DOPA, e se non si è letto "Risvegli" di Oliver Sacks probabilmente si è visto il film. Ma non lo ha forse associato agli inibitori del reuptake della dopamina (DRI).
Anfetamina, Metanfetamina? Inibitori del reuptake della dopamina.
Cocaina? Inibitore del reuptake della dopamina
Idem MDMA e ketamina.
Poi ci sono certi ergolidi come cabergolina e pergolide mesilato che sono agonisti D1 o D2 (proprio come certi loro parenti stretti sono agonisti di 5-HT2A, ma del resto anche dopamina e mescalina strutturalmente sono parenti stretti) . Anche qui, come in campo 5-HT, tante fenetilammine, perché del resto le catecolamine cosa sono?( https://en.wikipedia.org/wiki/Catecholamine).
Ma torniamo all'anziana signora. Prima: perlopiù ferma nella sua cuccia, ti guardava con occhi tristi, se si muoveva si muoveva claudicante e con la coda tra le gambe. Dopo una settimana di iniezioni, dando sottocute quello che nell'uomo è previsto intramuscolo, è tornata alla vita (beh,non certo indietro negli anni), a muoversi molto di più, a mangiare con più gusto.
E questo senza un veterinario di lungo mestiere non sarebbe successo.

INFLUENZA, ASIATICA (E AUSTRALIANA), ZUCCHERI (NANA)

Avete mai sentito parlare dell' "australiana" del 1999, che era un H3N2? No?
In rete non si trova niente, occorrerebbe andare a vedere nelle emeroteche, negli archivi cartacei.
Io ero uno di quelli che con l'influenza marcava il cartellino ogni anno. Una noia, ma niente di che. Con ciò la cosa che mi aveva più impressionato ne "L'ombra dello scorpione" di Stephen King era stato l'inizio. Avete presente, Captain Trips, l'influenza geneticamente modificata in un laboratorio militare americano che ne esce e spazza il pianeta lasciando in piedi tipo il 5% della popolazione. Gli altri, morti.
Si, siamo nel centenario dall'inizio della pandemia della "Spagnola". La febbre di trincea, un tasso di mortalità impressionante (a cui contribuirono le overdosi di aspirina usate per combattere la febbre). Colpiva principalmente i giovani, ed era di ceppo aviario H1N1, pare (c'è chi dice che colpì i giovani perché non erano ancora nati quando il globo era stato percorso dalla "Russa" del 1869, e onestamente non trovo questa ipotesi peregrina).
Ma siamo anche nel sessantesimo anniversario dell'esaurimento della pandemia di "Asiatica", che si concluse nel 1958.
L'asiatica per molti della mia generazione è qualcosa di familiare, sentito nei racconti dei genitori o dei nonni. Qua, da quel che ho sentito io, si tradusse perlopiù in intere famiglie a letto con la febbre, contemporaneamente. Eppure le stime dei decessi nel mondo variano da uno a quattro milioni. L'asiatica per me è importantante: H2N2, la "madre" di H3N2 (o influenza di Hong Kong).
Forse mi sono preso l'H1N1 "benigno" del 1977 (Russa), ma grossi problemi con H1N1 non me ne ricordo. Invece H3N2 me lo ricordo bene. Non potrei scordarlo. L'australiana del '99, perfida come poche (per me). Febbre sopra 40. La guardia medica cui telefonai mi chiese l'età, e poi mi dissero che prendevano in considerazione solo le chiamate degli over 50 ed io ero giovane. Supposte da un grammo di paracetamolo, una ogni mezz'ora, e pezze d'acqua gelata sulla fronte. Un grammo di paracetamolo, mezzo grado di temperatura in giù. Preciso preciso. Quando arrivai a 39 e mezzo mi parve di resuscitare. Il giorno dopo un cucchiaio di brodino (uno) mi fece diventare verde (me lo dissero, non stetti a guardarmi allo specchio perché corsi in bagno a rimettere anche l'anima - per via di un cucchiaio di brodo).
Ripenso alla mia esperienza del '99 ogni volta che sento parlare di giovani morti causa influenza: l' "ingenuità" immunitaria forse, come nel caso della spagnola, ha davvero un peso. Dopo l'australiana l'influenza l'ho presa assai meno spesso.

Perché le H dei ceppi aviari e di quelli imparentati con loro sono più carogne di quella "normale"?
Perché fa la differenza tra infezione delle vie respiratorie superiori e polmonite virale. H sta per haemagglutinin, la proteina con cui il virus riconosce le cellule bersaglio. Le riconosce dai sialili sulla loro superficie. Se vi ricordate qualcosa di quel che è stato postato qua sopra tempo fa riguardo al lavoro di Carolyn Bertozzi, le nostre cellule sono rivestite di zuccheri, e in particolare di derivati dell'acido n-acetilneuraminico o sialico (NANA, per gli amici). Per i virus influenzali quel che conta sono i sialili legati a molecole di galattosio. Il legame col sialile può essere sull'ossigeno 3 del galattosio o sull' ossigeno 6: e abbiamo rispettivamente SAα2,3 e  SAα2,6.
(Anche se l'immagine dell'articolo non è chiarissima l'ossigeno impegnato nel legame è quello del galattosio, in quanto è coinvolto il carbonio anomerico dell'acido sialico)
In genere i virus influenzali "riconoscono" SAα2,6, espresso dalle cellule epiteliari del tratto respiratorio superiore, ma non nei polmoni. Questa è una "cosa" in particolare dell'uomo, ed è ritenuta una possibile risposta evolutiva ad una qualche infezione ancestrale.
Ma da una ventina d'anni sono venuti fuori ceppi aviari H5 (zoonosi, non trasmessi da uomo a uomo, per ora) che riconoscono SAα2,3, e SAα2,3 si trova sulla superficie degli alveoli polmonari.
E questo è un problema.
Una cosa è sicura: da quando sono venuti fuori questi fatti- preoccupanti - i vaccini antiinfluenzali non hanno fatto passi avanti, ma gli antivirali sì, e grandi. Da zanamivir e oseltamivir (problematici nell'uso) siamo arrivati un pò per caso agli inibitori di neuraminidasi per via endovenosa con peramivir IV (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/04/lo-stato-e-lo-sviluppo-farmaceutico-un.html).
Non so quando sarà la prossima pandemia e se sarà grave (da noi, perché influenze gravi altrove che qua sono passate leggere ormai non si contano).
Mi scuserete se spero che nel caso le farmacie ospedaliere siano abbondantemente dotate di peramivir (che al momento in Europa ancora non è approvato).

PS: Quindi il ripetuto ricordare la spagnola del 1918 da parte di Roberta Villa non è allarmismo gonfiato ( https://www.youtube.com/watch?v=r_-qOHtVCxs ), il problema ha solidissime basi biochimiche.  Però con il solo vaccino saremmo in braghe di tela, e lo scriveva pure gente di ISS qualche tempo fa.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4941897/

domenica 4 novembre 2018

LA BATTAGLIA CONTRO L'ERRORE STORICO DEL DIRITTO ALLA SALUTE (E AL WELFARE)


Cosìl'ex ministro De Lorenzo a Quotidiano Sanità,  http://www.quotidianosanita.it/governo-e-parlamento/articolo.php?articolo_id=67256&fr=n .

Non saltate su con De Lorenzo e la tangente e l'antiepatite B: dimostrereste di guardare il proverbiale dito.
Le idee di De Lorenzo erano le idee del PLI, e alla fin fine sono state le idee che hanno vinto, diventando assiomatiche sia nella destra che nella sinistra politica - che entrambe hanno sposato il tema della "generazione di spesa inappropriata". Da '92 in poi una lunga stagione di controriforme ha bersagliato la spesa sanitaria, coniugando nella pratica, se non nella lettera legislativa, il concetto di bisogno sanitario come variabile dipendente dal budget stanziato. L'accelerazione nel ritmo dei tagli a partire dal 2010, determinata dal quadro più generale di tagli di spesa, scelto come risposta (prociclica) alla crisi economica, in questo quadro è soltanto un accentuare l'azione coerente con premesse consolidate.
Non è un processo esclusivamente italiano: la battaglia contro la spesa sanitaria è stata pianificata anche a Bruxelles, con la direttiva 2004/27/CE che apriva le porte ai genericisti asiatici nel nome della moderazione della spesa farmaceutica (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/04/equivalenti-1.html). Stessa cosa in UK, nel loro modo tutto inglese, e negli USA (le polemiche di Trump sul prezzo dei farmaci e il nuovo corso FDA sui generici sono stati un semplice accelerare il passo).
La promozione della prevenzione è andata ovunque avanti a braccetto con i tagli di spesa. Ricordate PNPV:

"affermare il ruolo cruciale della promozione della salute e della prevenzione come fattori di sviluppo della società e di sostenibilità del welfare in particolare alla luce delle dinamiche demografiche che la caratterizzano"

"Sostenibilità del welfare" è qualcosa che viene da lontano, da prima del 92. Questi argomenti hanno un loro svolgersi tipizzato: l'abbassato livello di prestazioni di SSN non è causato dalla guerra santa per la sostenibilità, il livello è calato perché il sistema non è sostenibile. E quindi più razionalizzazione della spesa (cioè tagli), che abbasserà ulteriormente il livello. E via ripetendo. Una spirale discendente in fondo alla quale ci saranno solo rovine (e sanità privata per chi può, il modello USA che piaceva tanto a Lorenzin). Ma le coperture vaccinali saranno altissime, proprio come negli USA (https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=2096574797228063&id=1971621999723344).

Più di una volta ho parlato di deflazione farmaceutica come parte di una deflazione sanitaria, da questo lato dell'Atlantico - dall'altro lato invece si accompagna all'inflazione dei costi ospedalieri (privato è bello, se stai dalla parte giusta della barricata https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/04/inflazione-medica-e-costo-dei-farmaci.html). La guerra per la sostenibilità porta alla crescente compressione dei costi, ovvero dei "prezzi alla produzione", dai servizi (pulizie, sanificazione, per esempio) fino ai farmaci.
Ok, penso anche al fatto che ha toccato me e molti miei colleghi visto che la deflazione farmaceutica si è tradotta in una brutale contrazione occupazionale.
Ma al di là di questo dettaglio che riguarda pochi c'è il punto che riguarda tutti: il costituzionale diritto alla salute è stato progressivamente intaccato e reso subordinato alle politiche economiche generali. Proprio come voleva il PLI di De Lorenzo, anche se lui si adopera a distnguere, non è più una variabile indipendente.

Addendum: la domanda globale di vaccini è prevalentemente pubblica. So bene che in giro ci sono parecchi offertisti, per cui probabilmente l'offerta di vaccini a prezzi bassi determina la domanda. E so bene che in circolazione ci sono molti corruzionisti, per cui chi produce vaccini corrompe il pubblico perché crei la domanda. Io mi limito a ribadire che ormai dieci anni fa, quando si parlava di inevitabile paradigm shift del settore farmaceutico, i fattori che lo avrebbero guidato venivano elencati apertis verbis:

"Un ulteriore cambiamento destinato a trasformare le future attività ed operazioni farmaceutiche è l'aumentata enfasi sulla sanità preventiva anziché curativa. Man man che la popolazione invecchia e aumenta la richesta per i budget sanitari, anticipare invece che reagire alle malattie costituisce la dichiarazione di intenti prevalenti che guida la rotta delle moderne politiche sanitarie"
(The Pharmaceutical Journal5 JUN 2009, https://www.pharmaceutical-journal.com/opinion/comment/goodbye-blockbuster-medicines-hello-new-pharmaceutical-business-models/10966185.article?firstPass=false). Ne ho parlato qua: https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/04/2009-houston-we-have-problem.html




CHI SONO? UNO COME TANTI (O POCHI)

Con una laurea in Chimica Industriale (ordinamento ANTICO, come sottolineava un mio collega più giovane) mi sono ritrovato a lavorare in ...