mercoledì 30 giugno 2021

UN SISTEMA CHE FUNZIONA, NONOSTANTE TUTTO?

La Woodcock sta guidando FDA "ad interim": nominata da Biden, non è ancora stata approvata dal Senato, come previsto dall'ordinamento americano. L'approvazione di Aducanumab, il farmaco per l'alzheimer di Biogen, ha lasciato un lungo strascico (questo l'ultimo episodio https://endpts.com/senators-call-for-hearing-to-examine.../).
E' stata forse la prima volta che FDA approva contro il parere unanime del comitato indipendente di esperti, e di sicuro la prima volta che approva contro il parere del comitato E contro il parere dei propri statistici che avevano vagliato i dati dei trial (https://endpts.com/biased-and-misleading-no-holds-barred.../).
Insomma, sembra che la Woodcock abbia nella migliore delle ipotesi fatto finta di niente mentre qualcuno ai vertici di FDA andava avanti contro il parere della stessa agenzia.
Joe Manchin, senatore democratico, ha chiesto la rimozione di Woodcock. E in ogni caso a distanza ormai di mesi di un passaggio della acting Commisioner in senato non se ne parla proprio, tuttora.
La nomina della Woodcock aveva ricevuto molte critiche a causa della sua nomea di "facile alle approvazioni" e del ruolo che le è stato attribuito nella genesi della crisi degli oppiacei (https://www.theguardian.com/.../fda-janet-woodcock...).

 

martedì 29 giugno 2021

FATTA FACILE FACILE




Esiste un'allarme variante delta in Italia? No, nonostante certi titoli di giornale. Se al 22 giugno i nuovi casi sono stati 834 (con il calo che continua imperterrito) non è che sono quadruplicati i casi, ma solo quelli di delta. Il 16% di 834 fa 133, e questa diffusione non ha avuto alcun effetto sulla curva epidemica nazionale, per ora.
 
Ma andiamo all'origine di delta, in India: l'ondata epidemica lì si sta esaurendo, dopo aver fatto tutti i danni di questo mondo. Certo, senza misure di contenimento di danni ne avrebbe fatti di più, ma sempre a forma di ondata epidemica sarebbe stata. Comunque quel che è successo in India dovrebbe far meditare sul diverso impatto dell'epidemia a seconda dei diversi paesi. Perché in UK, dove l'outbreak è in piena fase di crescita esponenziale le conseguenze sembrano per ora trascurabili, con un effetto sulla curva degli ospedalizzati, e quindi su quella dei decessi, appena visibile (https://coronavirus.data.gov.uk/details/healthcare).
Cosa succederà in ottobre da noi? E chi lo sa. Ma uno scenario "inglese" è possibile: crescita del numero dei casi con una crescita delle ospedalizzazioni ridotta ed ampiamente gestibile.
 

 

 

lunedì 28 giugno 2021

TEMPESTIVITA'

 

https://www.fiercepharma.com/.../lilly-s-covid-antibody...

La tempestività è la ratio delle autorizzazioni di emergenza (EUA), in USA.
In USA venivano autorizzati in emergenza bamlanivimab e poi la sua associazione con etesevimab nell'autunno 2020, quando di varianti in giro ce ne erano poche.
Poi sono sono diventate maggioritarie varianti resistenti a bamlanivimab, e bamlanivimab è uscito di scena. E oggi esce di scena in USA bamlanivimab/etesevimab. Qualcosa di strano? Non direi. Ieri l'altro servivano, oggi dove sono prevalenti varianti resistenti non servono più. Succede con molti antinfettivi solo che di solito succede molto più lentamente (ci vogliono anni). Sostenere che dato che oggi non servono non servivano neanche otto mesi fa è un controsenso.
Nel frattempo il cocktail di anticorpi Regeneron’s (casirivimab e imdevimab), riduce il rischio di morte nei pazienti ospedalizzati con un sistema immunitario incapace di contrastatre il virus. Lo studio, parte di RECOVERY, ha incluso 9.785 pazienti, dimostrando che tra coloro che non hanno sviluppato una risposta immunitaria naturale REGEN-COV riduce il rischio di morte del 20%.
20%, 30%, 40% sono poco o dimostrano comunque un'utilità?
Ammettiamo che siano troppo poco per essere utili. Con questo criterio quanti dei vecchi chemioterapici non targeted dovrebbero essere levati di mezzo?

venerdì 25 giugno 2021

LA TERMODINAMICA DENTRO LA CINETICA

 

Ok, torniamo ai vecchi santi, visto che certe cose "raccontate" funzionano fino ad un certo punto (quindi mi spiace per chi troverà quel che segue incomprensibile)...

Per chi non la riconosce è l'equazione di Arrehnius, dove k è la costante cinetica, A il fattore preesponenziale, Ea l'energia di attivazione, R la costante dei gas e T la temperatura in Kelvin.
Cosa ci dice questa equazione? Che la costante cinetica diminuisce con Ea e aumenta con la temperatura. L'equazione di Arrehnius era un'equazione empirica, ma già si dovrebbe orecchiare che se si parla di un'energia anche trattando di un costante cinetica c'è un aggancio a qualcosa di altro, e infatti nei decenni successivi si lavorò per provare a rielaborarla dando un significato termodinamico ai suoi termini.
La Teoria dello Stato di Transizione, o del complesso attivato, è ben descritta nei suoi tratti salienti dall'immagine: tra reagenti e prodotti di reazione c'è uno stato intermedio a più alta energia libera rispetto ai reagenti, il complesso attivato, con cui i reagenti sono in equilibrio; per avere reazione si deve fornire quella quantità di energia, ΔG. ΔGr, quello associato alla reazione, nell'immagine è rappresentato dalla differenza tra il "livello" dei reagenti e quello dei prodotti.
 

 
 
Per questa strada si arriva all'equazione di Eyring-Polanyi (1935)

dove k continua ad essere la costante cinetica, κ il coefficiente di trasmissione, kb la costante di Boltzmann, h la costante di Planck, ΔG l'energia libera di Gibbs di attivazione, R la costante dei gas e T la temperatura in Kelvin. Quindi la costante cinetica è funzione anche del valore di una funzione di stato della termodinamica, un'energia libera di Gibbs, appunto.
Prendiamo in esame

 
a qualcuno magari ricorda qualcosa...
Sappiamo che per la costante di equilibrio K per una reazione
 

 

 Quindi:

 

 Si tratta della costante di equilibrio per la reazione  reagenti ⇄ complesso attivato, e possiamo riscrivere l'equazione di Eyring-Polanyi come

 

La costante cinetica è direttamente proporzionale a una costante di equilibrio.

 

ref.: "Chemical Kinetics and Reaction Dynamics", Santosh K. Upadhyay, 2006 (Springer)

 

giovedì 24 giugno 2021

BASTEREBBE APRIRE UN LIBRO... O NO?

Questa pagina è seguita da diversi studenti di CTF sparsi per la penisola (sono stati regolarmente avvisati di non citarla per non compromettere il loro cursus studiorum, non vi preoccupate). E di solito inviano messaggi di natura molto concreta, inerenti il loro futuro dopo la laurea, o chiedono titoli di libri meritevoli inerenti i temi qua coperti nel tempo (chimica di processo, chimica medicinale etc).
Qualcuno più intraprendente degli altri fornisce anche contenuti, tipo questo.
Si tratta di un nuovo testo universitario di farmacologia, uscito nel 2020 (nella fattispecie l'acquisto è obbligatorio, per lo studente, e sono più di 100 euro).
E queste sono le due pagine che parlano di covid e antivirali. Remdesivir viene citato, ma sul libro sono rimasti alla sperimentazione clinica.
Poi Lopinavir/ritonavir, darunavir, favipiravir (!), clorochina (!) e tocilizumab.
Insomma, in bell'evidenza c'è l'asse portante del protocollo alla sperindio della primavera 2020. Infatti vengono esplicitamente citate come riferimento le linee guida della SIMIT, quelle che facevano proprio l'Hail Mary Protocol, con tanto di oseltamivir e tutto il resto (geniale pensare all'uso di un inibitore di neuraminidasi per un virus che una neuraminidasi non ce l'ha).
Quindi lo "stato dell'arte" (ironico) della primavera 2020 viene immortalato per essere trasmesso agli studenti tal quale, e non con un commento "Gli errori che abbiamo fatto".
Peccato che siamo nel 2021, pure la SIMIT quelle linee guida le ha archiviate da diversi mesi e di acqua sotto i ponti ne è passata un bel po': gli antiRetrovirali (Lopinavir/ritonavir, darunavir) sono stati accantonati da giugno scorso, favipiravir non pervenuto. Poi oltreoceano c'è stata l'approvazione definitiva di un farmaco, e nel frattempo c'è stata qualche autorizzazione di emergenza, sempre oltreoceano, di alcuni anticorpi monoclonali, per tacere dei recenti risultati di RECOVERY (https://www.facebook.com/guido.silvestri.9/posts/10224832922826430).
 
Ma non è semplicemente un discorso di testo non aggiornato: chiunque capisse qualcosa in materia sapeva fin da gennaio-febbraio 2020 che Lopinavir/ritonavir e darunavir con Sars-CoV-2 non potevano funzionare. In primo luogo "Le proteasi di HIV appartengono alla famiglia delle proteasi aspartiche , mentre le due proteasi dei coronavirus sono della famiglia delle proteasi cisteiniche. Inoltre gli inibitori di proteasi di HIV sono ottimizzati per adattarsi alla simmetria C2 nel sito catalitico del dimero della proteasi di HIV, ma questa "tasca" con simmetria C2 è assente nelle proteasi dei coronavirus."(https://www.nature.com/articles/d41573-020-00016-0). In pratica, voler far funzionare una chiave in una serratura che non è la sua. La cosa era confermata da dati sperimentali, EC50 dell'ordine della decina di micromoli su MERS-COV (https://www.nature.com/articles/s41467-019-13940-6). Nel giugno 2020 l'EC50 di lopinavir con SARS-CoV-2 (9,12 μm) veniva confermato essere del tutto inadeguato per un uso contro COVID, ma un mese prima un trial aveva piantato il primo chiodo sulla bara della presunta utilità clinica di questi farmaci (https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa2001282...). Con ciò lopinavir è stato in assoluto il farmaco più usato negli ospedalizzati per COVID nella primavera 2020, in Italia, e il DG AIFA Magrini lo avrebbe voluto far somministrare dai medici di base.
Insomma, queste due paginette in un testo universitario potevano pure essere evitate, ma invece sono lì. 
Questo è un libro di cattedratici italiani a cui hanno collaborato molti altri cattedratici italiani.

 

mercoledì 23 giugno 2021

GUESS WHO'S BACK IN TOWN?

Chiacchieravo con qualcuno dei coinvolti e si parlava dei primi tempi della pagina facebook (e se qualcuno fosse venuto a dirmi che ne sarebbe venuto fuori un blog con mezzo milione di visualizzazioni l'avrei preso per scemo). Si diceva, riguardo quello che all'epoca era etichettato come divulgazione (e debunking), che gente che veniva da formazioni come le nostre o strada facendo le aveva gettate alle ortiche o non si poteva pensare che avrebbe buttato giù quella roba senza eccepire (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/.../hard-science...).

La pagina, nel suo microscopico di allora, era diventata pietra dello scandalo perché eccepiva pubblicamente (e in un modo o nell'altro ha continuato a farlo). Il motivo principale dell'avversione era costituito dal fatto che, evidentemente, qua non si giocava nella squadra "proscienza" (e nemmeno nell' "altra"). Di conseguenza da una parte provavano insistentemente a mettermi cappellini di stagnola, dall'altra finivo per essere un "burioniano scientista". Se c'è una cosa che sui social network abbonda è l'idiozia militante.
Il fatto che i contenuti fossero spesso di un certo genere rendeva la cosa peggiore. Perché era stato costruito un mondo bellissimo, in cui per il solo fatto di essere "dalla parte giusta" qualcuno con una triennale in controllo degli alimenti si sentiva in dovere di spiegare a un professionista (JDB) come funziona la regolazione farmaceutica. E andava tutto bene così, per qualsiasi argomento: limiti che tendono a zero, energie scambiate per velocità o accelerazioni, tutto è irreversibile perché in un sistema chiuso l'entropia è sempre crescente, le molecole di cloruro di sodio, la temperatura di ebollizione dell'acqua come costante... (sulla termodinamica si scivola molto più facilmente che sulla matematica).
Un altro esempio: anche in passato si parlava di modelli (molto meno che negli ultimi 18 mesi, ovvio). E quelli che "mi sono occupato di modelli" non mancavano - oggi è diventata una cosa tipo "sono uomo di mondo, ho fatto il militare a Cuneo". Beh, io di modelli di un certo tipo mi sono occupato (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/.../modelli-ancora...), e non in un contesto in cui se la previsione è sballata che problema c'è, il modello andava comunque bene (che è quello da cui provengono i modelli più discussi degli ultimi 14 mesi). Di recente mi è capitato di esporre l'approccio ad un particolare problema con questi strumenti in un contesto industriale, e ascoltavano.
Qua sopra ai tempi, invece, qualcuno con titolo e posizione ebbe a commentare, con una faccia di bronzo allucinante, "cose da primo anno di università".
Poi quelle due o tre volte che ho prodotto citazioni senza specificare la fonte (a bella posta) non sono mancati quelli che commentavano "Uno che non capisce nulla", "Stronzate", "Fake news" etc, ma i testi in realtà erano di Penrose o Prigogine...
Perché il punto, sui social, era e continua ad essere che non importa cosa si dice, ma importa chi lo dice... e questo continuano a pensarlo in molti, anzi, alcuni che la pensavano al contrario con la pandemia hanno iniziato a pensarla così,
Tutto ciò è strettamente collegato alla questione dell'anonimato. E in particolare dell'anonimato del sottoscritto e di altri che a questa pagina contribuiscono o hanno contribuito. Ebbene, l'ho ripetuto allo sfinimento: la cosa che conta qua sono i temi. I temi di solito sono ampiamente documentati da link alla bibliografia. I temi non hanno bisogno del brand CS per essere rilanciati (e lo dico con cognizione di causa, perché da tre anni a questa parte sono stati rilanciati più di una volta da testate giornalistiche anche televisive). Sinceramente mi hanno stupito le reazioni di alcuni giornalisti alla faccenda del mio anonimato: dobbiamo verificare le fonti, quindi è un ostacolo (un esempio nei commenti qua https://www.facebook.com/sara.gandini/posts/10225999684641440). Ma io non sono una fonte, sono solo uno che rilancia fonti, e le fonti sono sempre solidissime. Magari fornisco anche una chiave di lettura, ma una chiave di lettura non è un qualcosa a me legato in modo indissolubile: prendetela e fateci quello che volete.
(Un grazie a Sara Gandini, che mi ha girato riguardo l'anonimato una cosa su Banksy https://www.ilsuperuovo.it/banksy-il-dono.../)
 

 

lunedì 14 giugno 2021

L'HEURE VERTE, UNA FACCENDA DI TERPENI

(agosto 2019)

(Le anisette mediterranee, quelle da diluire con acqua ghiacciata... argomento estivo per eccellenza, per me, condito di ricordi - ouzo e tzatziki al tavolino di un bar al porto, a La Canea...)

Bandito per più di un secolo, riemerso in sordina poi tornato una piccola moda, ora l'assenzio diventa DOC (https://www.dagospia.com/.../silenzio-assenzio-39-unione...
- con la moda è arrivata una modalità di consumo giovanile davvero barbara: niente zucchero, niente acqua, uno shot liscio e amarissimo).
Consiglio al riguardo la lettura di un vecchio articolo su Le Scienze, che all'epoca rimase ben impresso nella mia memoria (http://download.kataweb.it/.../esp.../scienze/1989_252_8.pdf). La neurotossicità dell'assenzio è stata attribuita al tujione, un terpene che agisce come GABA antagonista, ma la sua concentrazione nel distillato sarebbe troppo bassa per provocare questi effetti (mi verrebbe da dire che comunque essendo il tujione estremamente lipofilico, effetti di accumulo non sarebbero da scartare, da un punto di vista teorico).
Per modalità di consumo prevalenti, l'assenzio è accorpabile alla vasta famiglia delle anisette mediterranee/medioorientali: in particolare Pernod, Ouzo, Raki (turco), Arak (medio oriente) prevedono il rituale consumo previa diluizione con acqua ghiacciata (e spesso accompagnamento di antipastini vari tipo insalata di polpo fatta con lo yogurt, filetti di acciuga marinati etc). La diluizione provoca il noto intorbidamento, dovuto alla formazione di un'emulsione da parte dei componenti degli olii essenziali (di anice e/o assenzio) insolubili in acqua. Nel caso del Pernod la colorazione verde, artificiale, fu introdotta per ricordare l'assenzio quando quest'ultimo distillato fu bandito.
Ho sempre trovato le anisette più inebrianti rispetto ad altri distillati. Una faccenda di terpeni?

domenica 13 giugno 2021

RUM, ROSE E CHETONI

 

“Fifteen men on the dead man’s chest — Yo-ho-ho, and a bottle of rum! Drink and the devil had done for the rest — Yo-ho-ho, and a bottle of rum!”

Se c'è un distillato legato a doppio filo alla storia dell'Inghilterra e della sua marina, civile e militare, questo è il rum. Fino alla fine del 700 era il distillato che andava per la maggiore sul mare ed è stato tra i protagonisti del contrabbando. Il legno francese assaltato da Robert Burns nel 1792 probabilmente trasportava brandy francese e rum (https://www.youtube.com/watch?v=yYjmPq31fAw) https://whiskymag.com/story/the-deils-awa-wi-th-exciseman
Quello che vedete nell'immagine è il beta-damascenone. E' uno dei cosiddetti chetoni delle rose, e il beta in particolare è il maggior responsabile del profumo di questi fiori. Ma il beta-damascenone è anche uno dei composti tipici del bourbon e del rum.
C'è una corrente di pensiero (probabilmente di pensiero astemio) che liquida la faccenda dei distillati dicendo che le distinzioni tra l'uno e l'altro sono futili, in quanto sono tutte miscele idroalcoliche a concentrazione variabile diverse quanto a concentrazione di impurezze che valgono per meno dell'1%.
Ma i nostri recettori dell'olfatto e del gusto hanno un funzionamento particolare, e per alcuni specifici composti danno risposte forti anche con concentrazioni picomolari.
Quindi quello che quantitativamente è trascurabile sensorialmente non lo è, affatto. Sono queste impurezze che ci fanno distinguere tra whisky e rum (e addirittura tra tequila e mezcal, o tra cognac e armagnac). Nel whisky sentiamo il malto, nel rum sentiamo... boh, la melassa?
"'E' sempre bene chiarire che i superalcolici sono miscele molto complesse di composti. Col solo mescolare il piccolo numero dei composti qua menzionati non non si andrebbe neanche vicino all'aroma del rum; molti altri composti forniscono un contributo, per quanto piccolo possa essere, è la somma della miriade dei componenti che dà al rum il suo aroma e il suo sapore."

giovedì 10 giugno 2021

PERCORSI A MINIMA ENERGIA E SONNO DOGMATICO


 
Due anni fa (sembra un'altra era) ricordavo come una certa chimica non proprio intuitiva e grande letteratura avessero percorso assieme un breve ma significativo tratto di strada (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/.../affinita-e...).
Termodinamicamente un sistema chimico tende al suo stato a più bassa energia, ma non esiste soltanto la termodinamica, esiste anche la cinetica (termodinamica e cinetica furono i pilastri della concezione di Natta della chimica industriale, che dai noi hanno orientato la didattica universitaria della materia).
E la cinetica chimica ci dice che due molecole per reagire devono superare un ostacolo: l'ostacolo è l'energia di attivazione, se quell'energia non viene fornita al sistema la reazione non avviene. Le energie di attivazione possono essere alte o basse, ma attenzione: non è detto che una bassa energia di attivazione, che potremmo definire il percorso più facile, porti il sistema al suo stato più stabile (il minimo della sua energia libera di Gibbs).
Tra chimici "percorso a minima energia" è stato usato per definire non-soluzioni facili ai problemi, come dire che spendi poco, fai bella figura e non hai risolto.
Guardatevi attorno e ditemi che nella gestione della pandemia in Italia non si è optato per i percorsi a minima energia per i governanti (non certo per i governati), ultimo della serie gli Open Days a base di vaccino Astrazeneca.
 
Qual è stato l'elemento caratteristico della pandemia? Terapie intensive piene, e da noi si sono riempite prevalentemente di over 50 (https://www.epicentro.iss.it/coronav.../sars-cov-2-dashboard).
Quindi protetta questa fascia (e i sanitari) il problema è risolto al 95%. Però invece che andare in questa direzione in modo organico e determinato, come è stato fatto altrove, qua prima si è proceduto per categorie professionali, poi dopo neanche un mese "tranquillo" si è iniziato a parlare di vaccinazioni pediatriche e di soggetti in età scolare, di giovani, etc etc. Con buona parte dei soggetti a rischio ancora scoperti, e buona parte di istituzioni e società mediche che benedicevano, in contrasto con le indicazioni AIFA e ormai anche contro quelle del CTS. Altrove certe evidenze raggiungono le pagine di Nature: "Vaccinare gli adulti protegge gli altri che non sono vaccinati “Immunità di gregge vuol dire questo", dice Gandhi che sottolinea anche l'evidenza che i bambini trasmettono il virus molto meno degli adulti - un'altra ragione per cui potrebbero non fuonzionare come serbatoio efficiente dell'infezione" (https://www.nature.com/articles/d41586-021-01549-z... poi c'è altro rispetto all'immunità da vaccino, e ne abbiamo già parlato). Riccardo Gallina da giorni sottolinea le incongruenze di ordini dei medici etc, e fa bene.

 

mercoledì 9 giugno 2021

L'ETA' DEL ...


 Inviterei a leggere questo personalissimo sfogo:

 

Ecco,sì, il senso del ridicolo latita. Molto. E pure il senso dell'umorismo: è una stagione di grandi comici involontari e self styled stand-up comedians assolutamente penosi. Poi c'è chi pensa che non puoi dire se piove o no se non sei un meteorologo, ma se l'argomento o l'opinione non è gradita non c'è titolo di studio o esperienza professionale che valga. L'era del ritardo mentale (cit). E pure dello squilibrio, in certi casi. Sulla faccenda dei like ho sempre detto che vanno e vengono . Qua sopra sono andati e venuti a seconda di quanto funzionali alla "causa" di qualcuno fossero i contenuti. Nel 2017 in pochi avevano capito (like che arrivavano), e lo hanno dimostrato in forze alle fine del 2018 (like che se ne andavano). Nel 2019 in tanti pensavano di aver capito, in un senso o nell'altro (like che arrivavano), nel 2020 hanno concluso che si erano sbagliati (like che se ne andavano). Ma la posizione della pagina durante tutti quegli anni restava sempre la stessa. E anche oggi è la medesima. E solo soggetti in perfetta malafede, a cui brucia per qualche motivo, alla luce di tutto ciò, possono pensare che qua sopra si cercasse visibilità personale (cercare visibilità come anonimo? Ma vi ascoltate quando parlate?). Lo ripeto: i temi sono arrivati dove dovevano arrivare quando qua sopra i like erano molto meno di quelli di oggi. Oggi, che i like sono più di quelli di tanti che per i like ucciderebbero, certi temi faticano ad arrivare a destinazione. E se permettete, preferivo prima.

martedì 8 giugno 2021

VACCINI ANTICOVID, SPIKE IN CIRCOLO ETC III - IL RITORNO

Maretta sulle mie considerazioni riguardo a proteina spike nel sangue dei vaccinati, e certi commenti mi rimandano ad altri della indimenticata stagione delle "analisi" sui vaccini (2018/19)

Premetto che qua si parla di vaccini mRNA, la tendenza a prendere risultati della ricerca inerenti i vaccini Pfizer e Moderna e usarle per spiegare effetti collaterali di Astrazeneca mi fa cadere le braccia: gli effetti collaterali di quest'ultimo vaccino sono diversi da quelli degli altri due e si manifestano con una frequenza molto più alta (nella fascia over 40, sotto il discorso è più complicato per tutti).

Le mie considerazioni sulla non significatività clinica delle tracce di proteina spike trovate in circolo nei vaccinati con Moderna sono basate su:

 1) l'articolo con le determinazioni di S1 nel sangue - i valori sono quelli, non altri (https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciab465/6279075)

2) le informazioni disponibili sugli effetti di S1 sulla coagulazione, in funzione della sua concentrazione (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252960v1.full). 

Notare bene: la farmacodinamica del vaccino Pfizer (nel dossier EMA, pagina 47 https://www.ema.europa.eu/en/documents/assessment-report/comirnaty-epar-public-assessment-report_en.pdf) viene fatta con

- un mRNA surrogato e luciferasi, e come noto le zone luminescenti sono sito di iniezione e fegato (come ci si poteva aspettare https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2021/01/dove-vanno-finire-i-vaccini-mrna.html)

- con lipidi marcati radioattivamente. Si parla dei lipidi dentro cui mRNA è "impacchettato", e che ovviamente vengono "spacchettati" quando una particella di vaccino viene assorbita da una cellula. 

Se la conta della radioattività è più sensibile della tecnica per luminescenza, d'altra parte dice dove vanno a finire i lipidi (o loro eventuali metaboliti), non necessariamente il vaccino nel suo insieme. Quindi sicuramente comprende le cellule che hanno assorbito mRNA, ma anche tutte le zone in cui sono andati a finire frammenti di LNP per esempio ottenuti dal metabolismo del fegato. Notare bene: il famoso "documento giapponese", che viene usato per dire che il vaccino Pfizer finisce per ogni dove, elenca i risultati ottenuti con i lipidi marcati per i vari organi delle cavie e specifica, nelle tabelle, che i valori sono quelli per microgrammi di LIPIDI (non di vaccino intero).

Veniamo alla proteina Spike, o S1. Le cellule che assorbono il vaccino la producono e finisce ancorata alla loro membrana, all'esterno. Qui un'immagine al microscopio inerente il vaccino AZ

https://www.news-medical.net/news/20210409/Oxford-AstraZeneca-COVID-vaccine-induces-cell-spikes-similar-to-SARS-CoV-2s.aspx

E fino a un mesetto fa eravamo a questo punto, anche per i vaccini Pfizer e Moderna. Poi è venuta fuori la rilevazione di tracce di S1 nel plasma di un campione di vaccinati con Moderna. Quindi una frazione di S1 "si sgancia" dalla membrana cellulare e finisce nel flusso sanguigno. Da dove viene? Stando ai risultati delle già citate tecniche per luminescenza i livelli di spike nel plasma (S1 solubile) possono benissimo arrivare dal fegato o da sito di inoculo, senza che ci sia una distribuzione sistemica del vaccino (che, ancora, risulta sommamente improbabile dalle tecniche per luminescenza). 

Non sappiamo quanta della spike prodotta venga trasformata in spike solubile, ma i valori rilevati nei vaccinati Moderna dicono molto poca - tracce. Ci sono in giro considerazioni riguardo a "esposizione totale" e simili, basati su assunzioni del tutto arbitrarie: dai valori rilevati nel plasma abbiamo una Cmax (concentrazione massima), facciamocela bastare. Se la concentrazione massima nel sangue è inferiore di circa un migliaio di volte a quella minima per cui si sono rilevati effetti in vitro, ci dobbiamo preoccupare? No, a meno che non si dimostri che per motivi del tutto imperscrutabili tutta la spike solubile in circolo va ad accumularsi in un singolo tessuto per ottenere concentrazioni attive.

ADDENDUM: Sempre dal documento EMA si rileva che con lipidi radiomarcati la conta di radiazioni nel sangue è alta nelle prime 4 ore dall'inoculo. Ma con il metodo per luminescenza non si vede niente. Quindi? E' ovvio (ma pare ci sia il bisogno di dirlo) che dal sito di inoculo al fegato il vaccino mRNA ci arriva con il flusso sanguigno, ma la non rilevazione tramite luminescenza indica che nei vasi e nel sangue non c'è un uptake significativo di vaccino.


domenica 6 giugno 2021

ASTRAZENECA: LA RINASCITA COME POWERHOUSE ONCOLOGICA

C'era una volta ICI, che stava per Imperial Chemical Industries. Uno di quegli immensi conglomerati chimici che andavano dalle commodities alla chimica farmaceutica. Molta chimica, nel senso di know how, fu prodotta sotto quella sigla. Certo, finalizzata alle produzioni industriali, ma comunque di grande livello. Poi arrivarono gli anni 90 e si procedette al più classico degli spezzatini. La farmaceutica e chimica farmaceutica e l'agrochimica con i vari annessi finirono nella nuova scatola Zeneca, che alla fine dei novanta si fuse con gli svedesi di Astra, e da allora Astrazeneca fu. Chimici AZ che erano dentro fin dai tempi di ICI scrissero "Process Development: Fine Chemicals from Grams to Kilograms", uno dei migliori libri degli Oxford Chemistry Primers, uno dei pochi validissimi testi di introduzione allo sviluppo chimico in contesto farmaceutico. Quando gente del loro Large Scale Laboratory di Macclesfield pubblicava un articolo su Organic Process Research And Development era un piacere leggerlo e un piacere lavorarci sopra. AZ negli ultimi vent'anni è stata soggetta a una serie di violenti alti e bassi. 

Nel 2016 scadeva il brevetto più rilevante tra quelli che coprivano la loro statina, la rosuvastatina. E non c'era niente che potesse supplire alla perdita di cash flow, ma AZ riuscì comunque a resistere a una scalata da parte di Pfizer (che aveva ingenti quantità di cash fuori dagli USA, e cercava modi per non rimpatriarli - avrebbero pagato un capitale in tasse - quindi perché non comprarsi un concorrente inglese, anzi, anglosvedese). Nel 2017 il loro CEO Pascal Soriot, che avete imparato a conoscere di recente per le sue dichiarazioni sul vaccino AZ,  diceva che il futuro dell'azienda era legato ai risultati di un nuovo trial sul loro anticorpo anti PD-L1, e comunque la vedeva male (http://www.biospace.com/News/astrazeneca-plc-ceo-warns-of-more-setbacks-admits/459586). Il trial MYSTIC sul durvalumab si concludeva in un fallimento. Fortunatamente verso fine anno arrivavano i risultati di PACIFIC, ed erano positivi. Ma mentre le vicende di durvalumab andavano per le lunghe, le vere basi dell'inversione di tendenza arrivarono con l'approvazione per tumori del seno BRCA+ di olaparib da parte di FDA. E si trattava alla fine di un colpo di fortuna all'interno della surreale vicenda degli inibitori PARP.

Inibitori PARP: nel 2013 Sanofi comunicò che iniparib non funzionava e ne fermò lo sviluppo (in realtà era pure venuto fuori che iniparib NON inibiva PARP - una gran bella figura, per Sanofi). Astrazeneca concludeva nel 2014 il primo round di sviluppo clinico di olaparib, che aveva rilevato da Kudos, e incassava una vittoria di Pirro: FDA approvò olaparib come monoterapia in pazienti con carcinoma ovarico avanzato con mutazione BRCA che avessero ricevuto in precedenza tre o più chemioterapie.

Questa combinazione di eventi fece sì che quasi tutti quelli che avevano inibitori PARP in casa cercarono di venderli (o svenderli) per limitare le perdite (un comportamento del tutto analogo a una serie di stop loss su operazioni di borsa). Merck diede via il suo a una piccola azienda di nome Tesaro. Pfizer cedette il suo a Clovis, e probabilmente altrove altri programmi furono scaricati o messi on hold a tempo indeterminato.
Poi la sorpresa. Tesaro annunciò che Niraparib stava andando bene in tutti i trial che aveva messo su e arriva la prima autorizzazione FDA (marzo 2017 http://www.notiziariochimicofarmaceutico.it/2017/04/10/niraparib-per-il-carcinoma-ovarico/ - nel 2018 arriva GSK che si compra Tesaro).

E quelli che avevano stracciato, sospeso, svenduto si ritrovarono tutti a recuperare gli asset di cui si erano frettolosamente liberati tre anni prima. In questo turbine di svendite e riacquisti Astrazeneca non solo si era tenuta olaparib, ma ne aveva continuato lo sviluppo clinico, e con successo. Sulla base dei nuovi dati di olaparib nel 2017 arriva Merck (rimasta senza inibitori PARP dopo aver ceduto Niraparib) che firma un'accordo di partnership che prevede un bell'esborso upfront (1,6 miliardi https://www.astrazeneca.com/media-centre/press-releases/2017/astrazeneca-and-merck-establish-strategic-oncology-collaboration-27072017.html#). Nel 2018 olaparib viene approvato da FDA per quello che fino ad allora era stato il meno trattabile dei tumori del seno, quello HER2- BRCA+, e Astrazeneca esce definitivamente dalla propria crisi. Oggi, al di là delle vicende inerenti il suo vaccino, il portafoglio oncologico di AZ vale più del 20% del suo fatturato (https://www.fiercepharma.com/special-report/top-20-pharma-companies-by-2020-revenue-astrazeneca), con il solo osimertib (inibitore covalente di EGFR, tumori NSCLC) che vende per 4,33 miliardi, olaparib che ne fa 1,78 e durvalumab che ne fa due.

L'ultimo capitolo in ordine di tempo per olaparib è questo:

https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2105215

Un anno di terapia adiuvante con olaparib, dopo remissione in seguito a Standard Of Care, estende la sopravvivenza senza reinsorgenza della patologia nelle pazienti trattate per tumore del seno HER2- BRCA1/2+. E ricordiamo che si tratta di quel tipo di tumore fino a qualche anno fa intrattabile, per cui Angelina Jolie, memore della sorte della madre, della nonna e della zia, si era sottoposta ad un'estensiva chirurgia preventiva (mastectomia, ovariectomia).


mercoledì 2 giugno 2021

QUASI INCREDIBILE

 

https://www.fiercepharma.com/pharma/amgen-s-lumakras-becomes-first-fda-approved-kras-inhibitor-for-lung-cancer-patients

KRAS è stata per anni e anni considerata un undruggable target (hardly druggable, in realtà). E per un motivo molto semplice: la proteina è soggetta a cambi conformazionali e non, e con una frequenza del tutto insolita. In breve per tipo vent'anni ha sgusciato come un'anguilla dalle mani di chi voleva "prenderla" (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/.../oncologia-fine...).

Ma meno di due anni fa si concludeva la caccia a questa Primula Rossa dei target oncologici, i primi inibitori KRAS (per una specifica mutazione della proteina, G12C) iniziavano i trial clinici, e i  risultati erano incoraggianti (https://cen.acs.org/.../Notorious-KRAS-Taking-down.../97/i37). 
Oggi FDA approva Lumakras (sotorasib) per tumori dei polmoni non-small cell (NSCLC) KRAS G12C positivi.
Nei NSCLC i casi con mutazioni KRAS sono circa il 30%, e di questa quota circa la metà possiede la mutazione KRAS G12C (https://clincancerres.aacrjournals.org/content/27/8/2209), quindi non parliamo di una mutazione frequente, ma neanche di una rara.
Ora la porta degli inibitori di KRAS è definitivamente aperta e la strada indicata, va solo percorsa per aggiungere ulteriori strumenti ai disponibili inibitori EGFR, VEGFR, ALK già in uso per questi tumori.
 

Sotorasib, sviluppato da Amgen, non è esattamente il classico inibitore covalente di chinasi (https://en.wikipedia.org/wiki/Sotorasib). Esibisce atropisomeria, parola più ostica del fenomeno che vuole descrivere. Enantiomeri e diastereoisomeri sono molecole che non si distinguono per l'ordine di concatenazione dei loro atomi. L'esempio più classico usato da sempre per spiegare gli enantiomeri sono le nostre mani: sono uguali, ma non sovrapponibili. Appoggiatele nella stessa posizione su un tavolo e noterete che sono simmetriche rispetto ad un piano. Stessa cosa per una coppia di enantiomeri (una molecola è l'immagine speculare dell'altra). Abbiamo coppie di enantiomeri ogni volta che una molecola ha un carbonio asimmetrico, ovvero a cui sono legati quattro gruppi diversi. La presenza di più carboni asimmetrici crea coppie di diastereoisomeri (due carboni asimmetrici producono due coppie di diastereoisomeri).
Nell'atropisomeria invece la "non sovrapponibilità" non è collegata all'orientamento nello spazio di legami chimici, ma all'impossibilità di un gruppo di ruotare liberamente attorno a un legame, per cui avremo una molecola in cui il gruppo può ruotare tra 0 e 180° e un'altra in cui può ruotare tra 180 e 360°.
Ecco, nel caso di sotorasib uno dei due atropisomeri è più attivo dell'altro...

 

 

martedì 1 giugno 2021

ANTOCIANI E CACCIAGIONE




(visto che una delle conseguenze delle riaperture è stata una ripresa di entusiasmo per l'andare a pranzo o a cena fuori...)
Rosso, porpora, azzurro e blu: abbondanti nel mondo vegetale, derivano da concentrazioni variabili di antociani e specialmente antocianidine. Pelargonidina e delfinidina prendono il loro nome da fiori (geranio e delphinium), e sono rispettivamente caratteristiche di frutti e fiori rossi e blu (quindi tra l'altro uva, fragole e tutti i frutti di bosco classici).
Di base sono derivati del catione flavilio (con un formale O+ sull'anello, stabilizzato dalla coniugazione dei legami). In generale le antocianidine hanno un colore rosso più o meno intenso (anche molto intenso, fino al porpora scurissimo) a pH bassi, e sono tutte blu (più o meno scuro) a pH alcalini. Il colore a pH neutro varia dal rosso al blu a seconda dei composti. E per questo l'estratto di cavolo rosso e soprattutto l'estratto idroalcolico di mirtilli funzionano da indicatori "naturali".
Come tutti gli altri antociani funzionano da antiossidanti, e non solo: estratti ad alto contenuto di antociani e flavonoidi sono stati usati per le condizioni più diverse, dai problemi di circolazione periferica alle infiammazioni di vie urinarie e dintorni.
Ma il carattere antiossidante degli antociani ha fatto sì che trovassero uso nella conservazione del cibo. I nativi americani delle grandi praterie crearono il pemmican, un impasto di carne essiccata di bisonte, cervo o alce e frutti di bosco (mirtilli, lamponi). Questo preparato a lunghissima conservazione ebbe fortuna tra 800 e prima metà del 900, quando in area anglosassone fu sostituito alle altri carni il manzo essiccato. Usato come vettovaglia da chi viaggiava o esplorava le regioni artiche, arrivò anche in Italia con gli aiuti alimentari che le truppe americane distribuivano nei territori liberati (assieme a latte condensato, cioccolato e burro di arachidi, tra l'altro).
Per qualche ragione dalle Alpi in su antociani e carne di cervide fanno coppia fissa: cervo e soprattutto capriolo con mirtilli, daino con lamponi.
Per quel che mi riguarda la cacciagione è sempre stata faccenda di ginepro o dolce e forte, ma questa è un'altra storia...

 

CHI SONO? UNO COME TANTI (O POCHI)

Con una laurea in Chimica Industriale (ordinamento ANTICO, come sottolineava un mio collega più giovane) mi sono ritrovato a lavorare in ...