""Coronavirus come un cristallo", gli scienziati studiano un nuovo inibitore", titola Repubblica (https://www.repubblica.it/salute/medicina-e-ricerca/2020/03/20/news/_coronavirus_come_un_cristallo_gli_scienziati_studiano_un_nuovo_inibitore-251810368/amp/?fbclid=IwAR1GZ3k7fdrtw2KZtyOXXtjnPAK5Z4-iS8WpwqFkjqsuhRfAIDPX7nUlHoE)
Come fai a spiegare oggi a qualcuno che il Computer Aided Drug Design è roba vecchia di 40 anni?
Si ok, ora c'è il machine learning e quant'altro, ma alla fine arrivi sempre lì: alle energie del complesso tra proteina bersaglio e farmaco.
Ma i modelli al computer sono sempre modelli al computer. In realtà vecchia quanto il CADD (o di più) c'è la struttura a raggi X delle proteine cristallizzate e dei complessi tra proteina e farmaco.
Ho come l'impressione che da un paio di mesi la rule of thumb per la valutazione di un composto sulla base del suo profilo preclinico usata ovunque nell'industria (e applicata su questa pagina) si stia facendo strada per il web e i social italiani. Non sarebbe male, chissà, magari si potrebbe smettere di sentire certe cose tipo "tocilizumab e cortisonici sono uguali" (peccato che per vedere un effetto su IL-6 con l'idrocortisone servano concentrazioni millimolari o giù di lì).
Arriviamo alla notizia ANSA, ripresa da Repubblica. In primo luogo, come avrete capito, cristallizzare la proteina o il suo complesso con un legante è storia vecchia, e non rivoluzione.
In secondo luogo la netta impressione è che con il lavoro struttura-attività (SAR) siano in un vicolo cieco, oltre quella attività non riescono andare.
Terzo, l'attività su saggio fenotipico (cellule infettate dal virus) è ancora insufficiente (EC50 1,75 https://science.sciencemag.org/content/early/2020/03/20/science.abb3405?fbclid=IwAR2jxCeBMD0311MjdAo-Y1hVKO2s7GdeqdAXmbyANmV5py_Fit8gOC5ULfg)
Quindi questi composti probabilmente non vedranno mai uno sviluppo clinico.
Ma forse qualcuno più bravo con la strutturistica, forse lavorando con HNMR ad altissima risoluzione, verrà a capo del problema, magari con un inibitore macrociclico. Successe con Hep C e anche lì si trattava di proteasi (con qualche numero che dovrebbe far capire cosa si intende per ottimizzazione della potenza https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/04/epatite-c-lo-sviluppo-degli-inibitori.html)
In breve, da qua nessuna soluzione a breve o medio termine per COVID-19.
Nel breve praticamente c'è già Remdesivir (inibitore di RdRp), ma visto che parliamo di virus un inibitore della proteasi di SARS-CoV-2 in prospettiva è decisamente utile, per avere quel doppio approccio che si è dimostrato così valido negli anni.
https://www.ansa.it/canale_scienza_tecnica/notizie/biotech/2020/03/14/coronavirus-pronto-primo-farmaco-per-neutralizzarlo-_b0b1ffa1-904b-4006-9c2a-137e37505a5a.html?fbclid=IwAR28Gbv_xA3SD_cIITXpnNDW2-Dn_SN7AI52aQQw6mMtl5eL0Xl9yYR0_xI
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