sabato 21 aprile 2018
ORAC, AVOGADRO, NANOCOSE E UN AUTOGOL PREOCCUPANTE
(5 febbraio 2018)
Sarà un caso che a un mese dal voto mi casca l'occhio sulla solita condivisione di roba BUTAC e mi rendo conto che i nostri cari sbufalatori, ovviamente per servire la causa della scienza (catturata dalla propaganda di un preciso partito, ma è sicuramente un caso), hanno riproposto su fb pagine e pagine in materia "vaccini" perlopiù prodotte un annetto fa.
E' un salto all'indietro nel tempo, quando tra i medici con poca dimestichezza per le moli andava forte il numero di Avogadro, ed era tutto un turbinare di 10^23, un fioccar di zeri, calcoli coinvolgenti numeri con 9 o 12 cifre decimali e via dicendo. Per uno del mestiere (ma pure per un perito) follia, follia, semplicemente follia.
E forse alla fine ho capito quale è stata la fonte di questo delirio. Orac. Va molto di moda, Orac, ma finora l'avevo incrociato una volta sola, quando Dora di HIVforum aveva postato una sua confutazione del famoso ultimo articolo di Shaw. Mi fece una ben misera impressione, perché quella non era una confutazione, era una reazione isterica.
E grazie all'articolo ripostato da Butac trovo questa perla grezza.
Qua siamo alla sorgente, al punto di origine, mi sa:
"Guardatela in questa maniera. Questo è ciò che è stato trovato in 20 microlitri di liquido. Che è 0,00002 litri. Ciò significa che, in un litro di vaccino, in teoria, il massimo che si potrebbe trovare sono 91.050.000 (9.105 x 107) particelle! Holy Hell! Questo è un numero immenso. Dovremmo avere paura, no? Beh, no. Torniamo alla nostra conoscenza dell’omeopatia e guardiamo il numero di Avogadro. Una mole di particelle = 6,023 x 10^23. Quindi dividiamo 91.050.000 per il numero di Avogadro, e si otterrà la molarità (concentrazione di una soluzione espressa dal numero di moli di soluto disciolte in un litro di soluzione) di una soluzione di 91,05 milioni di particelle in un litro, quindi una soluzione 1 M conterrebbe 6.023 x 1023 particelle. Allora, qual è la concentrazione: 1.512 x 10-16 M. che è 0,15 femtomolare (FM) (o 150 altomolare), una concentrazione di particelle incredibilmente bassa . E questo è il più alto valore che i ricercatori hanno trovato. In realtà, quello che hanno effettivamente scoperto è che i vaccini sono incredibilmente puri!"
Eccolo qua: "una mole di nanocose", come dire "una mole di sassi". Insensato. E' quindi forse stato Orac il primo a prendere fischi per fiaschi, nanocose per atomi o molecole. E da lì sapete bene la strada che questa enorme minchiata ha fatto, fino ad essere adottata in primis dal famoso virologo, a cui sulla pagina fb ci si rifersce come "il Vate" (per fortuna qualcun altro ha capito la natura dell'errore). "Una mole di particelle": ecco l'origine della bestialità.
(siccome Orac, come tanti altri medici, è una capra totale in materia di chimica, è un miracolo che si sia accorto dell'artefatto analitico - cioè che 20 microlitri di una soluzione esposti al vuoto evaporano precipitando come solidi i soluti. Ma poi non ha proprio preso atto di questa giusta osservazione, né della completa assenza di misure ricollegabili a una massa, e ha chiamato in causa Avogadro - il resto, come si dice, è storia..)
https://respectfulinsolence.com/2017/02/02/antivaccinationists-try-to-show-vaccines-are-dirty-but-really-show-that-they-are-amazingly-free-from-contamination/
E veniamo all'autogol preoccupante.
Qua sopra che i nanocontatori di nanocose in materia di vaccini facciano spettacolo (tristemente) con qualcosa che è tutto meno che un'analisi chimica è stato detto più volte, deinde de hoc satis.
Che la polemica contro costoro (in buona parte responsabile della loro visibilità) continui a produrre risultati imbarazzanti è diventata una costante di cui si farebbe volentieri a meno.
E a questo giro la cosa è preccupante, anzi, allarmante.
L'autrice di questo articolo è una biologa, senior researcher all'ISS, del Centro Nazionale per il Controllo e la Valutazione dei Farmaci.
Nello specifico si occupa di "Human Vaccines (Influenza, Hepatitis A, Hepatitis B): evaluation of Dossiers, as regards quality issues, for Marketing Authorization or variations at National and European level. Vaccine control tests.
Post-marketing surveillance, to verify stability of their quality characteristics. Batch release of influenza vaccine. Responsible of the Hepatitis Vaccine Unit within the National Center for Immunobiologicals Research and Evaluation at National Health Institute".
Quindi controllo di qualità sui vaccini, e quindi forse ha avuto un ruolo nel dire "tutto ok" per i famigerati lotti di Fluad.
E cosa apprendiamo da questo articolo?
Che non distingue tra una micronalisi EDX dal protocollo farlocco e un ICP-MS, metodo strumentale per la determinazione quantitativa dei metalli in tracce. Probabilmente cos'è un ICP neanche lo sa.
Infatti cosa dice?
"Inoltre, su un sito che diffonde tesi anti vacciniste sono riportati i risultati di un’analisi condotta presso un laboratorio tedesco che, a loro dire, confermerebbero quelli ottenuti da Gatti e Montanari. Tuttavia anche in questo caso i dati presentati non hanno alcun valore: di nuovo non è stata usata una preparazione di controllo, non c’è alcun riferimento al metodo utilizzato, né ai suoi limiti sensibilità ed affidabilità." E dimostra di capirne quanto il bersaglio della sua polemica. L'analisi è qua (https://autismovaccini.org/wp-content/uploads/2017/02/analisi-vaccini-00.pdf), è un'analisi ICP (se l'autrice ne avesse vista una la riconoscerrebbe al volo, anche se non c'è scritto) e di base dice "tutto bene": i numeri, ug/L, sono parti per miliardo.
Quando leggete "<10" o "<5" vuol dire: assente, al di sotto dei limiti di rilevabilità dello strumento (e parliamo di 0.01 o 0.005 mg per chilo).
Essendo il laboratorio in questione un laboratorio di analisi chimiche, si suppone che lo strumento sia adeguatamente calibrato. Non è questione di "controllo" non pubblicato (è una maledetta analisi, non un'articolo su una rivista). Al limite occorrerebbe chiedersi se il laboratorio ha in opera un sistema di qualità, se e con chi è accreditato, se lavora in GLP (Good Laboratory Practice, il sistema per garantire la costante qualità ed affidabilità delle analisi). Poco da fare, la capacità di leggere un'analisi ICP della dottoressa equivale a quella di un qualsiasi no vax.
https://www.queryonline.it/2018/01/29/nanoparticelle-di-metalli-nei-vaccini-come-stanno-le-cose/
venerdì 20 aprile 2018
ANTIBIOTICI -2- CHINOLONICI, PARTE I
Gli antibiotici chinolonici sono roba antica, la loro scoperta appartiene allo stesso periodo della scoperta di anestetici amidoaminici, acidi arilpropanoici antiinfiammatorii etc. E la classe venne scoperta per caso, da chi stava lavorando ad analoghi della clorochina (quindi su antimalarici - ci si scorda spesso che storia della guerra farmacologica alla malaria è una storia lunga, e vittoriosa).
Si scoprì un 5-clorochinolone che aveva buona attività antibatterica, specie con i batteri gram negativi, e nel 1963 venne approvata l'immissione in commercio dell'acido nalixidico.
Nel 1963 si era ben lontani dall'aver messo a fuoco il funzionamento di questa classe di composti, ci si limitava a rilevare l'inibizione della sintesi della parete cellulare dei batteri, meccanismo di funzionamento comune alla maggioranza degli antibiotici classici.
I chinolonici in realtà sono inibitori della girasi del DNA, enzima chiave nei processi vitali dei procarioti, e la cosa migliore per spiegare quel che fa è linkare il video youtube che vedete più sotto.
L'acido nalixilico era realtivamente poco potente, e venne usato per infezioni di reni e vie urinarie perché, velocemente escreto, lì tendeva ad accumularsi.
Negli anni si passò a 6-fluorochinoloni: nel 1979 venne brevettata la norfloxacina e a stretto giro Bayer tirò fuori la ciprofloxacina: un notevole aumento della potenza con l'aggiunta di un singolo atomo di carbonio, che trasformava un etile in un ciclopropile.
E i fluorochinolonoci ottengono un gran successo: la ciprofloxacina arriva a fatturare un miliardo e mezzo di dollari in un niente.
Dato il loro meccanismo di funzionamento sembrano un'altra classe perfetta di antibiotici: interferiscono con meccanismi delle cellule batteriche senza toccare le cellule dell'ospite umano. E ovviamente, come con tutte le altri classi di farmaci dell'epoca, il lavoro prosegue alla ricerca di maggior potenza e spettro di azione. E anche qua, come in altre aree, cominciano i problemi.
Temafloxacina: approvata negli USA ad Abbot nel 1992, vengono fuori da subito effetti collaterali pesanti, più di 100 casi nei primi quattro mesi. Allergie e anemia emolitica. Tre morti. Approvata nel gennaio del 1992, Abbot la ritira volontariamente dal mercato nel giugno dello stesso anno.
Trovafloxacina: approvata a Pfizer a fine anni novanta, dimostra una eccellente attività con i temuti batteri gram positivi. E un'alta tossicità epatica, che può anche condurre ad esiti fatali. Quindi non viene ritirata dal commercio, ma il suo uso subisce severe restrizioni.
La trovafloxacina è protagonista di un noto episodio, la sperimentazione illegale in Nigeria durante un'epidemia di meningite da meningococco (https://en.wikipedia.org/wiki/Abdullahi_v._Pfizer,_Inc.). Si tratta di un episodio in cui non so cosa è peggio, il trial con autorizzazioni falsificate su 200 bambini o il fatto che in contemporanea MSF stesse offrendo un'altra terapia - col cloramfenicolo, invece che con lo standard ceftriaxone-cefalosporina nel dosaggio corretto.
Una nota sulla temafloxacina: è piuttosto difficile arrivare in fondo ad una fase tre senza accorgersi che il farmaco è emolitico. Decisamente difficile. Questo fa pensare che fosse emolitico solo in una ristretta popolazione di soggetti, non rilevata dai trial pre approvazione. Era un caso isolato. Nessuno pensò che problemi assortiti potessero con minore frequenza coinvolgere l'intera classe dei fluorochinoloni... (to be continued)
Si scoprì un 5-clorochinolone che aveva buona attività antibatterica, specie con i batteri gram negativi, e nel 1963 venne approvata l'immissione in commercio dell'acido nalixidico.
Nel 1963 si era ben lontani dall'aver messo a fuoco il funzionamento di questa classe di composti, ci si limitava a rilevare l'inibizione della sintesi della parete cellulare dei batteri, meccanismo di funzionamento comune alla maggioranza degli antibiotici classici.
I chinolonici in realtà sono inibitori della girasi del DNA, enzima chiave nei processi vitali dei procarioti, e la cosa migliore per spiegare quel che fa è linkare il video youtube che vedete più sotto.
L'acido nalixilico era realtivamente poco potente, e venne usato per infezioni di reni e vie urinarie perché, velocemente escreto, lì tendeva ad accumularsi.
Negli anni si passò a 6-fluorochinoloni: nel 1979 venne brevettata la norfloxacina e a stretto giro Bayer tirò fuori la ciprofloxacina: un notevole aumento della potenza con l'aggiunta di un singolo atomo di carbonio, che trasformava un etile in un ciclopropile.
E i fluorochinolonoci ottengono un gran successo: la ciprofloxacina arriva a fatturare un miliardo e mezzo di dollari in un niente.
Dato il loro meccanismo di funzionamento sembrano un'altra classe perfetta di antibiotici: interferiscono con meccanismi delle cellule batteriche senza toccare le cellule dell'ospite umano. E ovviamente, come con tutte le altri classi di farmaci dell'epoca, il lavoro prosegue alla ricerca di maggior potenza e spettro di azione. E anche qua, come in altre aree, cominciano i problemi.
Temafloxacina: approvata negli USA ad Abbot nel 1992, vengono fuori da subito effetti collaterali pesanti, più di 100 casi nei primi quattro mesi. Allergie e anemia emolitica. Tre morti. Approvata nel gennaio del 1992, Abbot la ritira volontariamente dal mercato nel giugno dello stesso anno.
Trovafloxacina: approvata a Pfizer a fine anni novanta, dimostra una eccellente attività con i temuti batteri gram positivi. E un'alta tossicità epatica, che può anche condurre ad esiti fatali. Quindi non viene ritirata dal commercio, ma il suo uso subisce severe restrizioni.
La trovafloxacina è protagonista di un noto episodio, la sperimentazione illegale in Nigeria durante un'epidemia di meningite da meningococco (https://en.wikipedia.org/wiki/Abdullahi_v._Pfizer,_Inc.). Si tratta di un episodio in cui non so cosa è peggio, il trial con autorizzazioni falsificate su 200 bambini o il fatto che in contemporanea MSF stesse offrendo un'altra terapia - col cloramfenicolo, invece che con lo standard ceftriaxone-cefalosporina nel dosaggio corretto.
Una nota sulla temafloxacina: è piuttosto difficile arrivare in fondo ad una fase tre senza accorgersi che il farmaco è emolitico. Decisamente difficile. Questo fa pensare che fosse emolitico solo in una ristretta popolazione di soggetti, non rilevata dai trial pre approvazione. Era un caso isolato. Nessuno pensò che problemi assortiti potessero con minore frequenza coinvolgere l'intera classe dei fluorochinoloni... (to be continued)
CREDIBILITA' E RIPRODUCIBILITA'
(Sunto di un anno di post fb)
Da tempo sui media digitali e non dilaga l'hype su nuove "scoperte" biologiche. In materia di CRISPR, geni collegati a questo o a quello e ad altri temi che sanno di "futuro" pullulano comunicazioni e articoli. Ed è curioso che questa proliferazione avvenga nel corso di una conclamata crisi di riproducibilità, riconosciuta dal 52% degli addetti ai lavori. Nel 70% dei casi i risultati conclamati non sono riproducibili. E quindi se, come dovrebbe essere, la credibilità di un risultato è uguale alla sua riproducibilità, si può rapidamente calcolare il tasso di credibilità del materiale di attualità veicolato dalla cosiddetta divulgazione scientifica massificata: 30%. Scarsino. La retorica del progresso scientifico da quotidiano o tg si ciba al 70% di fuffa (http://www.nature.com/news/1-500-scientists-lift-the-lid-on-reproducibility-1.19970).
Quando l'articolo di Nature è uscito è stata pioggia sul bagnato. Già, nel 2012 un gigante biotech aveva guadagnato i titoli di testa con una comunicazione importante.
Diciamolo, quando pigli a riferimento un articolo per impostare un progetto in ambito industriale e il contenuto si rivela non riproducibile girano i cabbasisi a diversa gente.
"In 2012, Amgen researchers made headlines when they declared that they had been unable to reproduce the findings in 47 of 53 'landmark' cancer papers"
Articoli "landmark", ok? Rutilanti scoperte di nuovi geni o pathway o altro nel campo della biologia del cancro. Non riproducibili 47 articoli su 53. Immagino che nelle sale riunioni della direzione ricerche Amgen si sentisse l'eco del vorticare anche qualche giorno dopo aver fatto il punto della situazione.
Eppure questa prolungata crisi di riproducibilità non corrisponde nel mainstream culturale a una simmetrica crisi di credibilità. Anzi, si persiste in una (quasi) illimitata apertura di credito, moltiplicata dai media tradizionali e digitali, che per quel che riguarda la divulgazione scientifica di questo si alimentano. Arriverà la resa dei conti, con le promesse non mantenute, o l'articolo ritirato, o un negative finding pubblicato. Tutto ciò non avrà eco, e si continuerà a dar voce alla solita percentuale di scoperte a basso tasso di riproducibilità (e quindi di credibilità) (http://www.nature.com/news/biotech-giant-publishes-failures-to-confirm-high-profile-science-1.19269)
E questi sintomi preoccupanti di una situazione globale da noi del tutto ignorati. Anzi, per tipo due anni non si è sentito che dire "peer reviewed", "impact factor" e non da ricercatori universitari (che sarebbe normale), ma da politici, ministri, giornalisti generalisti, attivisti e utenti dei social network.
Del tutto incuranti o ignari che la mitologica "comunità scientifica" da tempo si è resa conto che il sistema dell'editoria scientifica presenta disfunzionalità crescenti.
In una crisi generale delle riviste scientifiche (secondo me in larga parte dovuta al modello "publish or perish" che ormai governa buona parte della ricerca accademica), quella delle riviste biomediche ha suoi tratti peculiari. Se l'allarme di Randy Schekman aveva un carattere generale (https://www.scienzainrete.it/contenuto/articolo/francesco-aiello/randy-schekman-e-tirannia-di-nature/dicembre-2013), come del resto quelli più sopra citati, alcune denuncie riguardano nello specifico ricerca biomedica e conflitto di interessi (http://www.bmj.com/content/359/bmj.j4619).
In questo quadro compromesso ora anche gli editori ci mettono del proprio (o meglio, ora viene fuori come ce lo mettono, e da un po').
In due parole un fisico americano si è rotto le scatole di avere continue richieste di reviewing da Elsevier su materie che non gli competono, e l'ultima richiesta, che riguardava un'articolo di diabetologia, è stata la goccia che ha fatto traboccare il vaso. Guarda un po', il caso riguarda una rivista medica
Come può succedere che si incappi in articoli evidentemente risibili, che so, in materia di attivazione di legami CH? Forse i peer reviewers erano un biologo, un economista e un filologo antico... (parafrasando la conclusione dell'articolo del link)
https://forbetterscience.com/2018/01/15/how-elsevier-finds-its-peer-reviewers/
E tutto ciò mentre sui nostri media nazionali (compresi quelli sociali) e nella websfera italiana tutta si andava consolidando l'equazione medicina=Scienza (e vorrei sapere quanti tra matematici fisici e chimici in camera caritatis si sono piegati in due dalle risa), e più grave quella Scienza=Verità. Contraibile in medicina=Verità, che è un autentico abominio. E mentre la struttura di questo credo veniva cementata e consolidata, Il MIUR bocciava senza appello una serie di scuole di specializzazione in medicina (e quindi bocciava i docenti - medici - delle dette scuole, non certo gli studenti).
Non sono un fan delle valutazioni del MIUR, spesso centrate su metriche progettate con criteri discutibili e in fin dei conti funzionali ad un unico scopo (il taglio di spesa).
Ma tra amici avevamo rilevato come le dispense di un certo corso di statistica a Pavia manifestassero un allarmante livello di incuria (per non dire incompetenza). E guarda caso "Statistica sanitaria e Biometria" a Pavia è tra le specializzazioni bocciate. Anche dalle parti del S.Raffaele non erano messi così bene, a quanto pareva. E pure all'Humanitas le cose andavano maluccio (habitat di Mantovani,in vena di rilanciare il vaccino BCG per la TBC dalle nostre parti,stando a quel che scriveva sul Sole).
A proposito del famoso virologo e dei suoi emuli, da notare che più si aggravava la crisi delle discipline biomediche (mettete assime scarsa riproducibilità dei risultati, queste valutazioni ministeriali, il crescente numero di cause per malasanità) più si strepitava per affermare il principio di autorità. In quest'ottica l'invocata non democraticità della "Scienza" acquistava un significato più interessante, perché la supposta congiura degli ignoranti è poca cosa al confronto con i danni procurabili dagli asini in cattedra o col camice, o col bisturi in mano, specie se vicini alle leve del potere politico (riguardo a questo aspetto il risultato elettorale ha cambiato molto tutta la situazione).
http://www.corriere.it/scuola/17_agosto_20/scuole-formazione-medici-una-10-non-regola-b68e0224-85cb-11e7-a4e4-940a5da24d3a.shtml
http://milano.corriere.it/notizie/cronaca/17_ottobre_09/milano-medicina-bocciata-scuola-7-tagliati-33-corsi-privi-qualita-3a2df836-acb0-11e7-a5d5-6f9da1d87929.shtml
Da tempo sui media digitali e non dilaga l'hype su nuove "scoperte" biologiche. In materia di CRISPR, geni collegati a questo o a quello e ad altri temi che sanno di "futuro" pullulano comunicazioni e articoli. Ed è curioso che questa proliferazione avvenga nel corso di una conclamata crisi di riproducibilità, riconosciuta dal 52% degli addetti ai lavori. Nel 70% dei casi i risultati conclamati non sono riproducibili. E quindi se, come dovrebbe essere, la credibilità di un risultato è uguale alla sua riproducibilità, si può rapidamente calcolare il tasso di credibilità del materiale di attualità veicolato dalla cosiddetta divulgazione scientifica massificata: 30%. Scarsino. La retorica del progresso scientifico da quotidiano o tg si ciba al 70% di fuffa (http://www.nature.com/news/1-500-scientists-lift-the-lid-on-reproducibility-1.19970).
Quando l'articolo di Nature è uscito è stata pioggia sul bagnato. Già, nel 2012 un gigante biotech aveva guadagnato i titoli di testa con una comunicazione importante.
Diciamolo, quando pigli a riferimento un articolo per impostare un progetto in ambito industriale e il contenuto si rivela non riproducibile girano i cabbasisi a diversa gente.
"In 2012, Amgen researchers made headlines when they declared that they had been unable to reproduce the findings in 47 of 53 'landmark' cancer papers"
Articoli "landmark", ok? Rutilanti scoperte di nuovi geni o pathway o altro nel campo della biologia del cancro. Non riproducibili 47 articoli su 53. Immagino che nelle sale riunioni della direzione ricerche Amgen si sentisse l'eco del vorticare anche qualche giorno dopo aver fatto il punto della situazione.
Eppure questa prolungata crisi di riproducibilità non corrisponde nel mainstream culturale a una simmetrica crisi di credibilità. Anzi, si persiste in una (quasi) illimitata apertura di credito, moltiplicata dai media tradizionali e digitali, che per quel che riguarda la divulgazione scientifica di questo si alimentano. Arriverà la resa dei conti, con le promesse non mantenute, o l'articolo ritirato, o un negative finding pubblicato. Tutto ciò non avrà eco, e si continuerà a dar voce alla solita percentuale di scoperte a basso tasso di riproducibilità (e quindi di credibilità) (http://www.nature.com/news/biotech-giant-publishes-failures-to-confirm-high-profile-science-1.19269)
E questi sintomi preoccupanti di una situazione globale da noi del tutto ignorati. Anzi, per tipo due anni non si è sentito che dire "peer reviewed", "impact factor" e non da ricercatori universitari (che sarebbe normale), ma da politici, ministri, giornalisti generalisti, attivisti e utenti dei social network.
Del tutto incuranti o ignari che la mitologica "comunità scientifica" da tempo si è resa conto che il sistema dell'editoria scientifica presenta disfunzionalità crescenti.
In una crisi generale delle riviste scientifiche (secondo me in larga parte dovuta al modello "publish or perish" che ormai governa buona parte della ricerca accademica), quella delle riviste biomediche ha suoi tratti peculiari. Se l'allarme di Randy Schekman aveva un carattere generale (https://www.scienzainrete.it/contenuto/articolo/francesco-aiello/randy-schekman-e-tirannia-di-nature/dicembre-2013), come del resto quelli più sopra citati, alcune denuncie riguardano nello specifico ricerca biomedica e conflitto di interessi (http://www.bmj.com/content/359/bmj.j4619).
In questo quadro compromesso ora anche gli editori ci mettono del proprio (o meglio, ora viene fuori come ce lo mettono, e da un po').
In due parole un fisico americano si è rotto le scatole di avere continue richieste di reviewing da Elsevier su materie che non gli competono, e l'ultima richiesta, che riguardava un'articolo di diabetologia, è stata la goccia che ha fatto traboccare il vaso. Guarda un po', il caso riguarda una rivista medica
Come può succedere che si incappi in articoli evidentemente risibili, che so, in materia di attivazione di legami CH? Forse i peer reviewers erano un biologo, un economista e un filologo antico... (parafrasando la conclusione dell'articolo del link)
https://forbetterscience.com/2018/01/15/how-elsevier-finds-its-peer-reviewers/
E tutto ciò mentre sui nostri media nazionali (compresi quelli sociali) e nella websfera italiana tutta si andava consolidando l'equazione medicina=Scienza (e vorrei sapere quanti tra matematici fisici e chimici in camera caritatis si sono piegati in due dalle risa), e più grave quella Scienza=Verità. Contraibile in medicina=Verità, che è un autentico abominio. E mentre la struttura di questo credo veniva cementata e consolidata, Il MIUR bocciava senza appello una serie di scuole di specializzazione in medicina (e quindi bocciava i docenti - medici - delle dette scuole, non certo gli studenti).
Non sono un fan delle valutazioni del MIUR, spesso centrate su metriche progettate con criteri discutibili e in fin dei conti funzionali ad un unico scopo (il taglio di spesa).
Ma tra amici avevamo rilevato come le dispense di un certo corso di statistica a Pavia manifestassero un allarmante livello di incuria (per non dire incompetenza). E guarda caso "Statistica sanitaria e Biometria" a Pavia è tra le specializzazioni bocciate. Anche dalle parti del S.Raffaele non erano messi così bene, a quanto pareva. E pure all'Humanitas le cose andavano maluccio (habitat di Mantovani,in vena di rilanciare il vaccino BCG per la TBC dalle nostre parti,stando a quel che scriveva sul Sole).
A proposito del famoso virologo e dei suoi emuli, da notare che più si aggravava la crisi delle discipline biomediche (mettete assime scarsa riproducibilità dei risultati, queste valutazioni ministeriali, il crescente numero di cause per malasanità) più si strepitava per affermare il principio di autorità. In quest'ottica l'invocata non democraticità della "Scienza" acquistava un significato più interessante, perché la supposta congiura degli ignoranti è poca cosa al confronto con i danni procurabili dagli asini in cattedra o col camice, o col bisturi in mano, specie se vicini alle leve del potere politico (riguardo a questo aspetto il risultato elettorale ha cambiato molto tutta la situazione).
http://www.corriere.it/scuola/17_agosto_20/scuole-formazione-medici-una-10-non-regola-b68e0224-85cb-11e7-a4e4-940a5da24d3a.shtml
http://milano.corriere.it/notizie/cronaca/17_ottobre_09/milano-medicina-bocciata-scuola-7-tagliati-33-corsi-privi-qualita-3a2df836-acb0-11e7-a5d5-6f9da1d87929.shtml
giovedì 19 aprile 2018
NUMERO DI AVOGADRO, CHIMICA COME SCIENZA HARD ETC
Qualcuno aveva gentilmente richiesto una spiegazione precisa su perché il contar molecole non va bene nell'argomento standard dei chemical illiterates contro l'omeopatia, e mi è parso giusto levare la risposta da una coda dei commenti per dargli la giusta visibilità, facendola predecere da una doverosa premessa.
Cos'è che distingueva i corsi di laurea in chimica e chimica industriale da quelli in farmacia, CTF, biologia (e medicina), dal punto di vista degli esami fondamentali?
Due corsi biennali di matematica (istituzioni di matematica, esercitazioni di matematica), un corso biennale di fisica, un corso biennale di chimica fisica: otto esami con un alto contenuto di matematica, e non otto esami da poco, nell'antico ordinamento - esisteva anche un corso biennale di esercitazioni di chimica fisica (poi è arrivato il nuovo ordinamento, poi è arrivato il 3+2 e le cose sono cambiate, quando non nella forma nella sostanza).
Questo perché la chimica è una scienza hard che della matematica (e non dell'aritmetica) non può fare a meno. Per fare un esempio, la cinetica chimica non può fare a meno del calcolo differenziale. Ed è solo un esempio tra tanti possibili, i principi della spettroscopia di risonanza magnetica nucleare sono un'altro che mi viene in mente.
I modelli di cui la chimica si avvale sono costruiti sull'analisi matematica, fatti di analisi matematica. Oggi chi legge al computer uno spettro HNMR vede oscillazioni smorzate, preme il pulsante FT e ottiene lo spettro. Premendo FT è stata applicata al segnale acquisito una trasformata di Fourier, una black box ormai, per la maggioranza di coloro che svolgono l'operazione. Un tempo così non era, quando chi la effettuava era un chimico.
Oggi alle volte sembra che medici, biologi molecolari etc considerino la chimica "un altro ricettario" (vedendola ad immagine delle proprie discipline?). La chimica con tutti i suoi rami invece ricettario non è....
Dov'è il grottesco delle varie conte di molecole? Essendo fino a prova contraria la chimica una scienza sperimentale, usa grandezze sperimentali e sperimentabili. Il numero di molecole non lo è, direttamente. Il merito di Avogadro è che avendo determinato il suo numero, lo ha reso inutile (un numero di avogadro di qualcosa è una mole, e le moli si usano). Sono sperimentabili invece peso e assorbanza, per esempio (per usare due grandezze proporzionali al numero di moli, e quindi di molecole). Le molecole non sono palline, non le posso manipolare una ad una in bulk, che sia una soluzione o una pallina di zucchero. Se C è la concentrazione (inizialmente misurabile) e n il numero di diluizioni, C tende a zero con n. Per n vicino al limite (ed oltre i limiti di rilevabilità del soluto) con n+1, n+2, n+10 C resta all'incirca 0 (i limiti funzionano così). Una molecola in soluzione è approssimabile in molti modi, ma non con una miscela di palline bianche e nere. Messa così è difficile? Pazienza. Ma usare aritmetica, e non matematica, palline, conta di molecole è grottesco. E finché tale lo si dichiara può anche andar bene, ma quando lo si fa passare per Scienza o chimica è piuttosto osceno.
Con queste conte assurde si finisce per arrivare dalle parti di paradossi millenari come quello di Achille e la tartaruga, liquidati da tempo dall'analisi matematica (con il conto di molecole o palline ad un certo punto si arriva alla frazione di molecola o pallina, paradossale perché fisicamente insensata). E' un problema di modelli, un pessimo modello che porta ad un paradosso solo ad uso polemico resta un modello orrendo, e se diventa virale fa un pessimo servizio alla rappresentazione della chimica.
Qual'è l'analogia tra la conta di palline/molecole e Achille e la tartaruga? Che nel caso di Achille la serie converge, e nel caso delle diluizioni la successione ha un limite.
Formalizzando, la concentrazione, nel caso delle diluzioni centesimali, è rappresentata da una banale esponenziale negativa:
})
e
dove C è la concentrazione ennesima, C0 la concentrazione della soluzione madre, n il numero di diluizioni. In realtà la concentrazione molare ha un'estremo inferiore dell'intervallo di definizione , 1/6.022*10^(-23), oltre cui la grandezza perde di significato. Questo punto corrisponde a n= [-1/2 log(C/C0)] con C=1/6.022*10^(-23). Ma il comportamento della successione rimane quello, come se 0 fosse l'asintoto.
La successione tende a 0 piuttosto rapidamente (ma l'unica condizione per cui C=0 per ogni n (nel campo di definizione) è C0=0. Semplice, compatto, aderente alla realtà sperimentale. La sua aderenza alla realtà sarebbe perfetta, perché come diceva Giambattista Vico, "l'uomo conosce quel che fa". Ma c'è sempre di mezzo l'errore. Questo è metodo scientifico, il resto chiacchere.
Cos'è che distingueva i corsi di laurea in chimica e chimica industriale da quelli in farmacia, CTF, biologia (e medicina), dal punto di vista degli esami fondamentali?
Due corsi biennali di matematica (istituzioni di matematica, esercitazioni di matematica), un corso biennale di fisica, un corso biennale di chimica fisica: otto esami con un alto contenuto di matematica, e non otto esami da poco, nell'antico ordinamento - esisteva anche un corso biennale di esercitazioni di chimica fisica (poi è arrivato il nuovo ordinamento, poi è arrivato il 3+2 e le cose sono cambiate, quando non nella forma nella sostanza).
Questo perché la chimica è una scienza hard che della matematica (e non dell'aritmetica) non può fare a meno. Per fare un esempio, la cinetica chimica non può fare a meno del calcolo differenziale. Ed è solo un esempio tra tanti possibili, i principi della spettroscopia di risonanza magnetica nucleare sono un'altro che mi viene in mente.
I modelli di cui la chimica si avvale sono costruiti sull'analisi matematica, fatti di analisi matematica. Oggi chi legge al computer uno spettro HNMR vede oscillazioni smorzate, preme il pulsante FT e ottiene lo spettro. Premendo FT è stata applicata al segnale acquisito una trasformata di Fourier, una black box ormai, per la maggioranza di coloro che svolgono l'operazione. Un tempo così non era, quando chi la effettuava era un chimico.
Oggi alle volte sembra che medici, biologi molecolari etc considerino la chimica "un altro ricettario" (vedendola ad immagine delle proprie discipline?). La chimica con tutti i suoi rami invece ricettario non è....
Dov'è il grottesco delle varie conte di molecole? Essendo fino a prova contraria la chimica una scienza sperimentale, usa grandezze sperimentali e sperimentabili. Il numero di molecole non lo è, direttamente. Il merito di Avogadro è che avendo determinato il suo numero, lo ha reso inutile (un numero di avogadro di qualcosa è una mole, e le moli si usano). Sono sperimentabili invece peso e assorbanza, per esempio (per usare due grandezze proporzionali al numero di moli, e quindi di molecole). Le molecole non sono palline, non le posso manipolare una ad una in bulk, che sia una soluzione o una pallina di zucchero. Se C è la concentrazione (inizialmente misurabile) e n il numero di diluizioni, C tende a zero con n. Per n vicino al limite (ed oltre i limiti di rilevabilità del soluto) con n+1, n+2, n+10 C resta all'incirca 0 (i limiti funzionano così). Una molecola in soluzione è approssimabile in molti modi, ma non con una miscela di palline bianche e nere. Messa così è difficile? Pazienza. Ma usare aritmetica, e non matematica, palline, conta di molecole è grottesco. E finché tale lo si dichiara può anche andar bene, ma quando lo si fa passare per Scienza o chimica è piuttosto osceno.
Con queste conte assurde si finisce per arrivare dalle parti di paradossi millenari come quello di Achille e la tartaruga, liquidati da tempo dall'analisi matematica (con il conto di molecole o palline ad un certo punto si arriva alla frazione di molecola o pallina, paradossale perché fisicamente insensata). E' un problema di modelli, un pessimo modello che porta ad un paradosso solo ad uso polemico resta un modello orrendo, e se diventa virale fa un pessimo servizio alla rappresentazione della chimica.
Qual'è l'analogia tra la conta di palline/molecole e Achille e la tartaruga? Che nel caso di Achille la serie converge, e nel caso delle diluizioni la successione ha un limite.
Formalizzando, la concentrazione, nel caso delle diluzioni centesimali, è rappresentata da una banale esponenziale negativa:
e
dove C è la concentrazione ennesima, C0 la concentrazione della soluzione madre, n il numero di diluizioni. In realtà la concentrazione molare ha un'estremo inferiore dell'intervallo di definizione , 1/6.022*10^(-23), oltre cui la grandezza perde di significato. Questo punto corrisponde a n= [-1/2 log(C/C0)] con C=1/6.022*10^(-23). Ma il comportamento della successione rimane quello, come se 0 fosse l'asintoto.
La successione tende a 0 piuttosto rapidamente (ma l'unica condizione per cui C=0 per ogni n (nel campo di definizione) è C0=0. Semplice, compatto, aderente alla realtà sperimentale. La sua aderenza alla realtà sarebbe perfetta, perché come diceva Giambattista Vico, "l'uomo conosce quel che fa". Ma c'è sempre di mezzo l'errore. Questo è metodo scientifico, il resto chiacchere.
LA TERIACA
AVVERTENZA: questo post contiene lingue morte in tracce e può causare reazioni avverse.
Quella veneziana è stata forse una delle versioni più note della della teriaca, che ha origini greco antiche ben raccontate nell'articolo qua sotto. Il termine deriva dalla latinizzazione del greco θηριακή.
La teriaca non si limita ad essere archeologia farmaceutica, è un τόπος, anzi, un ἀρχέτυπον. E' l'idea del preparato salvifico, che quindi ha a che fare più con la metafisica che con la fisica, intesa come φυσική , ovvero scienza naturale, inerente la natura sensibile.
L'archetipo della teriaca, in quanto tale, è indistruttibile. La sua ultima incarnazione sembra essere il vaccino (quel vaccino che non è un'opinione) , come categoria farmaceutica - o quasi farmaceutica, visto lo status regolatorio e normativo delle formulazioni vaccinali.
Da questo punto vista è l'esatto contrario di un altro τόπος, comunemente noto con l'espressione inglese "magic bullet". Il proiettile magico, che colpisce solo la causa della malattia e non altro.
Il magic bullet è un τόπος comparso forse per la prima volta con gli antibiotici: l'antibiotico ammazza il batterio, non danneggia te (relativamente facile, visto che il batterio è un procariote e per esempio la sua membrana è decisamente diversa da quella delle tue cellule eucariotiche).
Il magic bullet implica specificità, la teriaca è "one size fits all".
L' incarnazione ( ὑπόστασις) della teriaca è pre-scientifica, regressiva, mentre il magic bullet implica una capacità di discriminare, la decifrazione della complessità.
La ragione del greco antico in questo post su facebook dovrebbe apparire ovvia. Il greco antico ci ha dato (nel senso che ha dato alla cultura occidentale) vocaboli che ancora persistono nelle nostre lingue, altri il cui sfaccettato significato si è perso tramite la traduzione latina, come λόγος, che pure riecheggia in tutte le nostre "logie" e "ology". La mia "line of work" ha invece un nome che viene dall'arabo, الخيمياء, ma tra le tante cose che ci hanno lasciato i greci (tra cui troviamo l'atomismo, anche se Leucippo certo non si immaginava atomi scindibili) ci sono le prescrizioni dei sette saggi, οἱ ἑπτὰ σοϕοί, di cui forse la più importante è γνῶθι σαυτόν. Sulla pagina di SIlvestri appare un intervento che conclude: "(i negazionisti) sono circondati da uno stuolo di seguaci fedeli che li seguono qualsiasi cosa scrivano, anche la piu' falsa e stupida"; forse sarebbe bene dare un occhio ai commenti sotto i post dei propri sodali e "amici". Affinché i supposti "giusti" non si trasformino sempre più in un' immagine speculare dei propri antagonisti .
(Sul link qua sotto un unico appunto: θηρίον significa "bestia", "animale selvatico", non animale velenoso o altrimenti specificato. Ah, a questo proposito, φάρμακον significa sia medicamento che veleno)
http://chifar.unipv.it/museo/Teriaca/Teriaca.htm
CHIMICI E CHIMICI (NEL PHARMA)
La ristrutturazione selvaggia a cui è stata sottoposta l'industria farmaceutica mondiale, che ha cominciato a procedere con un'intensità ben rilevabile all'incirca dal 2005, ha distrutto posti di lavoro ma sopratutto cultura industriale. E proprio quella cultura industriale che, per quanto fallibile e perfettibile, aveva nei decenni messo a punto quel "così si fa" che ha garantito lo sviluppo della maggioranza dei farmaci ad oggi disponibili.
In quei contesti un project manager doveva aver presente il lavoro di tutte le funzioni coinvolte nello sviluppo del prodotto. Ma i chimici con funzioni operative no. Tra il chimico medicinale, impegnato a mettere a punto un farmaco sperimentale, e il chimico di processo, il cui ruolo è metterne a punto la produzione nel modo quanto più possibile economico, sicuro e affidabile, le vedute sono diverse. Lo sforzo del chimico medicinale è nel sintetizzare in qualsiasi modo qualcosa che possa funzionare. L'attività nei saggi biologici e nei modelli animali è tutto. Le quantità che bastano a coprire queste attività sono dell'ordine del grammo, delle decine o centinaia di milligrammi. Se ha successo, la sintesi che ha sviluppato (in realtà il più delle volte è "hanno sviluppato") capita sulla scrivania di un responsabile dello sviluppo chimico (o nella sua email) con note tipo "mezzo chilo il prima possibile per le tossicologie", oppure "scale up e processo produttivo da includere nell'INDA entro quattro mesi"). Costui legge la sintesi e spesso inizia a imprecare: reagenti costosissimi o tossici, volumi di reazione spropositati, solventi incompatibili con l'uso umano negli ultimi passaggi, utilizzo estensivo di tecniche cromatografiche per purificare prodotto e intermedi. Sono stato da entrambe le parti della barricata, e non so qual'è quella più stressante: "non riusciamo ad avere attività nanomolare" o "non riusciamo a cristallizzare il prodotto".
C'è una vecchia storiella al riguardo.
Un giovane chimico che lavora nei laboratori della Farmaceutica X sta sintetizzando tutte le sue variazioni per ottenere un composto migliore di quelli finora realizzati appartenenti a un data classe. A un certo punto gli arriva una telefonata dai piani alti: "X2643 va bene, lo mandiamo avanti, manda la procedura sintetica all'impianto pilota". Lui mette assieme la procedura e la trasmette all'impianto pilota con la posta interna. E poi continua con le sue sintesi, senza pensarci più.
Due mesi dopo gli arriva una telefonata dal responsabile del pilota "Ciao, com'è che isolavi X2643?". Lui va a riguardare sul quaderno di laboratorio e legge "Il solvente viene rimosso evaporando sotto vuoto" "Si, ok, ma il solido come lo recuperavi?" "Grattandolo dalle pareti del pallone con una spatola" "Benissimo, siccome siamo a quel punto, ti dispiace scendere da noi, con una spatola, diciamo lunga quattro metri?".
In quei contesti un project manager doveva aver presente il lavoro di tutte le funzioni coinvolte nello sviluppo del prodotto. Ma i chimici con funzioni operative no. Tra il chimico medicinale, impegnato a mettere a punto un farmaco sperimentale, e il chimico di processo, il cui ruolo è metterne a punto la produzione nel modo quanto più possibile economico, sicuro e affidabile, le vedute sono diverse. Lo sforzo del chimico medicinale è nel sintetizzare in qualsiasi modo qualcosa che possa funzionare. L'attività nei saggi biologici e nei modelli animali è tutto. Le quantità che bastano a coprire queste attività sono dell'ordine del grammo, delle decine o centinaia di milligrammi. Se ha successo, la sintesi che ha sviluppato (in realtà il più delle volte è "hanno sviluppato") capita sulla scrivania di un responsabile dello sviluppo chimico (o nella sua email) con note tipo "mezzo chilo il prima possibile per le tossicologie", oppure "scale up e processo produttivo da includere nell'INDA entro quattro mesi"). Costui legge la sintesi e spesso inizia a imprecare: reagenti costosissimi o tossici, volumi di reazione spropositati, solventi incompatibili con l'uso umano negli ultimi passaggi, utilizzo estensivo di tecniche cromatografiche per purificare prodotto e intermedi. Sono stato da entrambe le parti della barricata, e non so qual'è quella più stressante: "non riusciamo ad avere attività nanomolare" o "non riusciamo a cristallizzare il prodotto".
C'è una vecchia storiella al riguardo.
Un giovane chimico che lavora nei laboratori della Farmaceutica X sta sintetizzando tutte le sue variazioni per ottenere un composto migliore di quelli finora realizzati appartenenti a un data classe. A un certo punto gli arriva una telefonata dai piani alti: "X2643 va bene, lo mandiamo avanti, manda la procedura sintetica all'impianto pilota". Lui mette assieme la procedura e la trasmette all'impianto pilota con la posta interna. E poi continua con le sue sintesi, senza pensarci più.
Due mesi dopo gli arriva una telefonata dal responsabile del pilota "Ciao, com'è che isolavi X2643?". Lui va a riguardare sul quaderno di laboratorio e legge "Il solvente viene rimosso evaporando sotto vuoto" "Si, ok, ma il solido come lo recuperavi?" "Grattandolo dalle pareti del pallone con una spatola" "Benissimo, siccome siamo a quel punto, ti dispiace scendere da noi, con una spatola, diciamo lunga quattro metri?".
mercoledì 18 aprile 2018
ANTIBIOTICI - 1 - PASTA SUL CONIGLIO
L'allevamento intensivo non può fare a meno degli antibiotici, perché nelle condizioni di produzione l'infezione di un soggetto significa avere in un amen un capannone, una vasca, o una zona marina recintata con gli individui infettati dal primo all'ultimo. E quindi, chemoprevenzione: sulfamidici con i conigli, chinolonici col pesce,direttamente nel mangime, ogni giorno (e aggiungerei cloramfenicolo coi crostacei, mentre col pollame si sono usati anche antivirali - secondo qualcuno l'amantadina come antiinfluenzale è durata poco perché specie in Asia veniva usata senza ritegno). Inutile precisare che gli Istituti Zooprofilattici fanno controlli a campione sui residui di questi farmaci negli animali destinati al commercio.
Ma, se poi si finirà per parlare di resistenza, voglio cominciare questa miniserie di post in modo più frivolo, cioè con la pasta sul coniglio.
L'uso caratteristico era con pappardelle, ma pasta corta (tortiglioni o penne) e anche tagliatelle potevano andare. Abbondante battuto di cipolla, sedano, carota, uno spicchio d'aglio anch'esso tritato. Meglio i pelati che la passata di pomodoro, e non doveva essere troppo rosso. E poi chiaramente il coniglio. Fatto a pezzi, per la corretta riuscita del sugo andava usata anche la testa, intera (poi scartata) e soprattutto il fegato. Il fegato, tritato e buttato in pentola assieme al soffritto. Un piatto unico di tradizione campagnola, in un colpo solo hai il sugo per la pasta e la carne per secondo. Aggiungi il contorno e sei a posto. Ho il ricordo vivissimo dell'odore del sugo di coniglio in via di preparazione.
Perché ho parlato al passato? Perché l'ultima volta che ho cucinato questo piatto è stato con un coniglio allevato in casa, artigianale, di chi teneva anche pollaio e orto. Il suo fegato era scuro (color fegato, appunto), sodo, compatto - in una parola, sano.
Mi era capitato tempo prima di provarci con un coniglio preso al supermercato. Era stato confezionato senza testa, e vabbè. Ma il fegato era lì: beige chiaro, di un colore malato. Un fegato spappolato: odore "sbagliato", consistenza molle, si sbriciolava a toccarlo: inutilizzabile.
Un effetto collaterale delle condizioni di allevamento industriale.
Un effetto collaterale frivolo, perché come dicevo l'uso di antibiotici negli allevamenti industriali è indicato tra le cause dell'insorgere di ceppi batterici resistenti agli antibiotici.
Ma, se poi si finirà per parlare di resistenza, voglio cominciare questa miniserie di post in modo più frivolo, cioè con la pasta sul coniglio.
L'uso caratteristico era con pappardelle, ma pasta corta (tortiglioni o penne) e anche tagliatelle potevano andare. Abbondante battuto di cipolla, sedano, carota, uno spicchio d'aglio anch'esso tritato. Meglio i pelati che la passata di pomodoro, e non doveva essere troppo rosso. E poi chiaramente il coniglio. Fatto a pezzi, per la corretta riuscita del sugo andava usata anche la testa, intera (poi scartata) e soprattutto il fegato. Il fegato, tritato e buttato in pentola assieme al soffritto. Un piatto unico di tradizione campagnola, in un colpo solo hai il sugo per la pasta e la carne per secondo. Aggiungi il contorno e sei a posto. Ho il ricordo vivissimo dell'odore del sugo di coniglio in via di preparazione.
Perché ho parlato al passato? Perché l'ultima volta che ho cucinato questo piatto è stato con un coniglio allevato in casa, artigianale, di chi teneva anche pollaio e orto. Il suo fegato era scuro (color fegato, appunto), sodo, compatto - in una parola, sano.
Mi era capitato tempo prima di provarci con un coniglio preso al supermercato. Era stato confezionato senza testa, e vabbè. Ma il fegato era lì: beige chiaro, di un colore malato. Un fegato spappolato: odore "sbagliato", consistenza molle, si sbriciolava a toccarlo: inutilizzabile.
Un effetto collaterale delle condizioni di allevamento industriale.
Un effetto collaterale frivolo, perché come dicevo l'uso di antibiotici negli allevamenti industriali è indicato tra le cause dell'insorgere di ceppi batterici resistenti agli antibiotici.
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