mercoledì 2 maggio 2018

REAZIONI CHE RISCHI DI PRENDERTI IN FACCIA : SINTESI DEGLI INDOLI DI FISCHER


(Reloaded - per mesi  si è parlato tanto e a sproposito di Scienza ma poco di scienze, quindi  un minimale assaggio di sintesi organica, tra meccanismi di reazione, termodinamica spicciola, mestiere e incidenti industriali)

Da 20 anni se sento "sintesi degli indoli di Fischer" mi viene in mente Yellow 96. E' un'associazione tutta mia: Hermann Emil Fischer è uno dei grandi padri tedeschi della chimica organica, e stiamo parlando di XIX secolo. Quindi, di base, non ha direttamente a che fare con un produttore di coloranti americano di fine XX secolo, se non che...
Nei miei anni professionalmente più verdi in effetti una Fischer rischiai di prendermela in faccia. Era una di quelle cose che venivano dalle cappe  delle sintesi in piccolo, e si aveva fretta (come al solito) di scalarla, cioè metter su la reazione in modo e su quantità tali che invece di 5 o 10 grammi ne producesse 50, 100 o più, fino a portarla sull'impianto pilota.
Allora ero giovane e poco esperto, perdipiù non avevo a portata di mano alcuni attrezzi che in seguito ho sempre usato, quando c'è stato da prender le misure a reazioni "umorali". Quindi seguii la procedura che mi era stata passata su quella che mi sembrava una ragionevole scala x3: un pallone da un litro.
Un litro: scala grande per chi è abituato a lavorare con volumi di 50 o 100 ml, massimo 250. Che sono mediamente le scale ormai più diffuse nei laboratori universitari; una scala piccola per chi abitualmente lavora nello sviluppo chimico, dove sono frequenti i 10l, 22l (palloni), 25, 35, 50 litri (reattori, in vetro il più delle volte) e l'orizzonte sono i reattori di una produzione. Chiunque sia fuori dal giro tende ad ignorare il fatto che all'aumentare della scala le cose cambiano, e diventano spesso più difficili, alle volte MOLTO più difficili...
Comunque, come dicevo, pallone da un litro. Seguendo la procedura caricai i reagenti e riscaldai (con cautela) con un bagno ad olio. Il solvente era acido acetico, che bolle a 118 °C. In più non si riscalda molto velocemente. Il pallone aveva un refrigerante a ricadere, per la condensa dei vapori in modo che il liquido condensato ritornasse nella miscela di reazione.
Andò tutto bene fin verso i 70°. A 70° notai un'aumentata velocità di incremento della temperatura, che pensai di gestire in scioltezza rimuovendo il bagno d'olio caldo. La mia tranquillità non durò più di 30 secondi. Senza riscaldamento la temperatura continuava ad aumentare, e con una certa accelerazione. Mi precipitai a riempire di acqua un bagno di plastica e a metterlo sotto il pallone, in modo da immergerlo nell'acqua e raffreddarlo.  L'acqua a temperatura ambiente non gli fece un baffo. La temperatura interna era 105°C. Presi mezzo chilo di ghiaccio e lo aggiunsi al bagno. La temperatura raggiunse i 110°C. La miscela, blu, diventò gialla in un batter d'occhio, e poi rossa in due batter d'occhio. Trovai la cosa MOLTO inquietante. E la temperatura continuava a salire.
In breve, mi ritrovai davanti ad un pallone da un litro con il contenuto che bolliva energicamente, a 120°C, immerso in un bagno di acqua e ghiaccio. Una di quelle cose che, se le vedi, non le scordi più.

(inizio sezione molto tecnica)
E' una reazione a catalisi acida, il solvente classico è acido acetico, e vari possono essere gli acidi aggiunti per velocizzare le cose, tipicamente acido cloridrico concentrato. Primo step, formazione di un idrazone, strettamente imparentato con le immine e infatti avrà generalmente carattere endotermico (richiesta di calore, necessità di scaldare), nonchè una temperatura di soglia o di ignizione che dir si voglia, al di sotto della quale la velocità di reazione è prossima allo zero e l'equilibrio fondamentalmente spostato verso i reagenti. Ma alla formazione dell'idrazone segue l'alchilazione dell'anello benzenico con un doppio legame (tendenzialmente esotermica e veloce) e poi, attenzione, la chiusura dell'anello, che il più delle volte è esotermica pure lei.
Apriamo un testo classico (Organic Syntheses Based On Name Reactions, Hassner e Stumer, 2nda edizione, Pergamon) e leggiamo: in acido formico a 130°C, oppure in acido acetico, 2 ore a riflusso (quindi sui 118°C). Il che generalmente viene tradotto in "carica il pallone, metti un refrigerante a bolle e scalda". E finchè siete in un vial, in un palloncino da 25, 50, 100, e pure 250 cc va tutto bene,
Ma la capacità del vostro sistema di reazione di scambiare calore cambia con la sua superficie, mentre il calore prodotto con il suo volume.
Un pallone di vetro ha il fondo sferico e riempito a metà possiamo approssimarlo con una semisfera. La superficie della semisfera in funzione del raggio è 2π r^2, il suo volume 2/3πr^3...  e capite dove si va a parare: col crescere del raggio del pallone la superficie disponibile per lo scambio termico cresce con il suo quadrato, mentre l'eventuale produzione totale di calore cresce come una cubica, cioè più velocemente di un quadratica...
(fine sezione molto tecnica)

Gente che faceva questa reazione per produrre un colorante aveva sempre lavorato con un reattore da 1000 galloni. Per soddisfare una maggior richiesta passarono ad un reattore da 2000 gal. E spianarono un reparto. Il vero eroe dell'incidente del Giallo 96, 1998, fu il capoturno che, quando vide la temperatura del reattore che saliva velocemente accompagnata dal relativo aumento di pressione, suonò l'allarme e ordinò l'immediata evacuazione . (http://www.csb.gov/morton-international-inc-runaway-chemical-reaction/)

martedì 1 maggio 2018

QUANDO VENNE SPERIMENTATO L'ANTICANNABINOLO...

Non si trattava di lotta alle dipendenze, tutt'altro. Tra gli episodi notevoli del regno di Peter Kim alle ricerche Merck ci furono gli antagonisti di CB1 contro l'obesità.  CB1 è il Recettore dei Cannabinoidi 1 (https://en.wikipedia.org/wiki/Cannabinoid_receptor_type_1). E un recettore accopiato a proteina G, classe di bersagli farmacologici che sono stati croce e delizia della ricerca per decenni. Brutalizzando la cosa, immaginate un recettore come un interruttore: un agonista lo accende, un antagonista lo spenge.
CB1 viene attivato da varie molecole endogene, tra cui l'anandamide, un endocannabinoide. Fu battezzata così da "ananda", termine sanscrito che significa beatitudine, gioia (il che già dovrebbe dirvi qualcosa).
Forse l'anandamide non l'avevate mai sentita nominare, ma magari qualcuno avrà familiarità col più popolare degli agonisti di CB1, il THC, e con gli effetti che provoca. Tra questi c'è la cosiddetta "fame chimica".
All'inizio del millennio tra le aree terapeutiche che promettevano sviluppo (cioè introiti ragguardevoli su eventuali prodotti) c'era la cura dell'obesità. E a qualcuno delle ricerche Sanofi venne questa idea geniale: se quando agonizzo CB1 ottengo la fame chimica, se lo antagonizzo avrò la soppressione della fame.
L'idea piacque anche a Merck, tirarono fuori le molecole, buona risposta nel preclinico, e così fu taranabant. Che si fece le cliniche fino a un pezzo di fase III. Ma poi l'annuncio di Merck: interrompiamo lo sviluppo. Il rimonabant di Sanofi già aveva ricevuto una sonora bocciatura da FDA.
Che era successo? "Too many psychiatric side effects".
Ma dai. Guarda caso, col pacchetto "agonista CB1" non hai solo la fame chimica, hai rilassatezza buon umore etc. Col pacchetto "antagonista CB1" a Merck avevano sì ottenuto la soppressione dell'appetito, ma anche pazienti ansiosi, depressi, ringhiosi.

venerdì 27 aprile 2018

HPV - OPZIONI TERAPEUTICHE, QUEL CHE SI DICE, QUEL CHE ESISTE

HPV: o vaccino o chirurgia con esiti incerti?

Medbunker (ginecologo di mestiere, dovrebbe essere informato): " Come per la maggioranza delle malattie virali non c'è una cura definitiva, si prova a distruggerle. Per esempio con il laser o con l'elettrobisturi o con un intervento chirurgico vero e proprio. Spesso sono necessari interventi ripetuti per distruggere completamente queste lesioni." (bella questa cosa che non esiste cura definitiva per le malattie virali, l'aciclovir pomata me lo devo essere sognato, il peramivir pure... e non sono mesi che si scanaglia sui costi di sofobusvir e ledipasvir per l'epatite C? Vabbè dai, per il Dott. Di Grazia la malaria è poco curabile, del resto).

Burioni: " per curare una lesione precancerosa è comunque necessario un piccolo intervento"

ISS: nessun cenno alle opzioni farmacologiche, solo vaccino.

wikipedia (en): "There is currently no specific treatment for HPV infection"

E onestamente anche io ero ignaro. Invece andando a frugare tra i prodotti Gilead (chi altri?) ho trovato il cidofovir. Cidofovir è un antivirale a largo spettro contro i DNA virus; un curioso derivato aciclico della citosina all'incirca corrispondente al modulo ProTide.
Per qualche strano motivo, quando la stampa ne ha parlato (raramente), lo ha definito antitumorale. E invece è un antivirale in grado di trattare le lesioni precancerose, oltre che di rimuovere il virus oncogeno dai tumori già sviluppati.

(curioser and curioser, wiki italia parla di terapie farmacologiche per HPV: podofillina, imiquimod e anche cidofovir, e di cidofovir e HPV parlò pure il Corriere : http://www.corriere.it/salute/sportello_cancro/14_dicembre_04/nuova-cura-economica-tumori-legati-virus-hpv-f84a657e-7b9a-11e4-b47e-625f49797245.shtml )

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11436421


martedì 24 aprile 2018

PER IL 25 APRILE...

... ripropongo il ricordo di Gianfranco Mattei. Dal 25 aprile si arriva alla costituzione repubblicana che, oltre a stabilire una nazione "fondata sul lavoro" (e non sulla disoccupazione a due cifre), sanciva il diritto alla salute. Quindi, se permettete, esprimo un distaccato disprezzo per quanti presteranno "lip service" ai valori della Liberazione dopo aver entusiasticamente lavorato alla demolizione di almeno un paio di diritti costituzionali.


IL PROFESSOR GIANFRANCO MATTEI

Laureatosi a Firenze, Gianfranco Mattei fu assistente di Natta (a cui sarebbe andato il Nobel per il polipropilene isotattico) e docente al Politecnico di Milano a partire dal 1940.
"Mattei è il chiaro esempio di chimico immerso nel suo tempo, consapevole delle potenzialità della scienza studiata e incapace di concepire, come sottolineato da Adriano Isernia come lo scienziato possa “venir meno alle sue responsabilità di cittadino e di uomo” ".
"E' tra i pochi (appena cinque) firmatari, insieme a Carlo Alberto Rollier e Antonio Banfi, del “Manifesto dei docenti del Politecnico di Milano”, in cui si auspica “che venga immediatamente abrogata ogni discriminazione religiosa, politica e razziale per l’ammissione di docenti e discenti in tutti gli Istituti di Alta Cultura del Paese” e “che il solo ed unico criterio di ammissione nei corpi accademici torni ad essere la competenza”. Mattei è chiamato a scegliersi una parte, nel conflitto che per l’Italia sta mutando in guerra civile, e la sua appartenenza è chiara fin dall’adesione a questo documento... Dopo l’armistizio di Cassibile e lo sbandamento delle forze armate, Mattei e la sua famiglia sono ormai un obiettivo troppo visibile in Lombardia, e si decide per un loro trasferimento a Roma... Le sue competenze scientifiche tornano particolarmente utili nell’ottimizzazione della produzione di ordigni esplosivi, in particolare nella messa a punto di una granata a doppio effetto...L’azione di Mattei si svolge a Roma tra la fine del 1943 e l’inizio del 1944, periodo in cui la Capitale è occupata dai nazisti, durante il quale Herbert Kappler prende il controllo della polizia fascista, intensificando la lotta contro le bande partigiane
La lotta si inasprisce ancora di più, all’inizio del 1944 quando, sulla spinta di Winston Churchill gli Alleati sbarcano ad Anzio, sono a 60 chilometri da Roma, il piano prevede di attaccare la linea Gustav alle spalle sbloccando la situazione. Roma fermenta, le azioni dei GAP si fanno più audaci, ma la speranza di una rapida conclusione viene meno, e la capitale verrà liberata solo il 4 giugno.
Nel pomeriggio del 1 febbraio 1944, tuttavia, sia Mattei sia Labò vengono catturati (pare in base alla denuncia di una spia) dai soldati tedeschi. Nei giorni successivi i famigliari di Mattei nel disperato tentativo di salvarlo, riescono, con l’aiuto di Giovanni Battista Montini (allora sostituto alla segreteria dello Stato del Vaticano), a far pervenire a Kappler una lettera di sollecitazione del Vaticano per la liberazione dello scienziato, lettera che il capo del Sicherheitsdienst romano rigetta. Di Mattei, Kappler dirà “Questo comunista Mattei, è terribile, è terribilmente silenzioso, ma ora useremo il tenente Priebke che saprà farlo parlare, con mezzi fisici e chimici”.
Temendo di non poter resistere alle torture, già inflitte a Labò, ed essere costretto a rivelare i nomi dei compagni, Mattei si impicca, nella sua cella, nella notte tra il 6 ed il 7 febbraio"

La sua storia sarà immortalata negli anni 70 in una canzone degli Stormy Six.

http://www.scienze-ricerche.it/?p=3288


INFLAZIONE MEDICA E COSTO DEI FARMACI



"Turns out the problem prob isn't "picking of the low hanging fruit" or the "Evil MBA". Most of the decline in Pharmaceutical R&D cost efficiency is due to medical care inflation driving up the cost of doing trials. Hospitalization costs are our core problem."

Così John Tucker ha iniziato su twitter il suo esame del principale fattore di costo dello sviluppo farmaceutico: i trial clinici, il cui costo è aumentato perché di base è aumentato costantemente il costo dei servizi ospedalieri (parliamo di USA).
Sul low hanging fruit posso essere d'accordo, ma devo dire che gli evil MBAs hanno fatto la loro parte, e di solito pieni di entusiasmo.
Bernard Munos, che non è una penna particolarmente gentile, con l'industria farmaceutica, risponde che visto che i trial costano così tanto, è meglio alzare l'asticella di ingresso.
Gli fanno notare che la struttura degli incentivi nell'industria porta a spingere avanti i progetti comunque (perché è così che funzionano i bonus dei manager della ricerca). E Munos conclude con un lapidario: "Yep. Designed to reward by promoting underperformance".

Comunque, ritornando all'analisi dei costi, verrebbe da pensare che in molti casi tutto il mondo stia ripagando sotto forma di spesa farmaceutica i costi del sistema sanitario privato più grande dell'occidente. A cui, da questo punto di vista, potrebbe anche star bene che le barriere di accesso ai trial clinici non siano così alte, visto che il costo di uno è il guadagno di qualcun altro. E quando si parla di spesa farmaceutica si tende a generalizzare, non andando a vedere chi guadagna su cosa, e come. Tra l'altro tutto questo dovrebbe costituire materia di riflessione per quelli che discutono di delinking.

Il commento lungo lo trovate su "In the pipeline", qua http://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2018/02/22/cost-of-trials

MONNEZZA SCIENTIFICA "BY DESIGN": IL FANTASMA DI HeLa


Il discorso della scorretta identificazione delle linee cellulari è roba vecchia, e i precedenti storici datano ormai di mezzo secolo.
HeLa è una storica linea cellulare, la prima linea di cellule tumorali immortalizzate, usatissima, che ha finito per contaminare una quantità di altre linee cellulari (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ijc.25242/abstract).
Per spiegare meglio il problema: io pubblico un articolo con i miei risultati riguardo la sovraespressione della proteina X nelle cellule di carcinoma epatico della linea Y, e sembra tutto a posto. Ma in realtà non erano cellule di carcinoma epatico, bensì cellule HeLa, quindi qualsiasi conclusione ne abbia tratto sul carcinoma del fegato è da buttare.
L'articolo su PLoS ONE mappava l'effetto prodotto da queste contaminazioni sulla letteratura e i risultati sono abbastanza impressionanti: un mezzo milione di articoli da cestinare.
La cosa fa il paio con la validazione (mancata) degli anticorpi , che prima o poi detonerà ma per ora non è ancora scoppiata.

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0186281

lunedì 23 aprile 2018

MODELLI ART ATTACK, NUMERI AL LOTTO E MORBILLO 2017



(GLI AUGURI DI NATALE DI CS, 20 dicembre 2017)

Tanto valeva usare una sfera di cristallo, o uno specchio incantato: "specchio delle mie brame, quanti saranno il casi di morbillo del reame?". Invece furono usate le forbici di Art Attack (https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=2016330795252464&id=1971621999723344). E sotto l'albero si vede il risultato...
"Più di seimila, quasi settemila, saranno, entro la fine dell'anno!"
Non proprio. Non direi. Toppata.
Capita, quando si provvede ad un' estrapolazione lineare per stimare un fenomeno non lineare. Capita prendere cantonate, intendo. Forse, e sottolineo forse, maggior prudenza nell'annunciare il numero sarebbe stata opportuna.
"Un documento che contiene dati fuorvianti è un documento che vogliamo continuare a leggere?" si chiedeva l'eminente patologo. Scelta di parole singolarmente infelice.
Comunque il 2017 volge al termine, siamo a consuntivo, come si dice. E ai 6.779 casi non ci siamo. 4885 (dato 12 dicembre, considerato l'andamento discendente della tendenza, tra 1 e 5 casi in più da qui alla fine dell'anno, a regola).
Per carità, non pochi. Tali da giustificare l'allarme epidemia amplificato dai media come non mai? Ve la ricordate la caccia all'untore, le telecamere puntate sui quattro decessi da morbillo, Walter Ricciardi che dice: "oggi viviamo il peggior momento storico ed epidemico del morbillo della storia del dopoguerra"? (la sparata di Ricciardi poco dopo il minuto 51 della puntata de "La Gabbia" del 31 maggio 2017).
Vediamo meglio di collocare questa supposta emergenza storica.
"In 2000 to 2009, a mean of 4,036 cases were
reported annually (7 per 100,000 population), ranging
from 215 cases (incidence: 0.4 per 100,000 population
in 2005) to 18,020 cases (incidence: 32 per 100,000
population in 2002)" (la fonte è una notoria centrale antivax, eurosurveillance, http://www.eurosurveillance.org/…/dy…/EE/V16N29/art19925.pdf). Una media di 4039 casi all'anno nel primo decennio del millennio e di fronte a coperture vaccinali crescenti . Vi ricordate emergenze o allarmi per l'outbreak del 2002, 18.020 casi? Io no, e l'emergenza storica del 2017 appare immediamente una balla.
Tornando all'eminente patologo, lui citava il 2011: malafede, i casi del 2017 saranno maggiori di quelli del 2011. Toppato: nel 2011 5.568 casi di morbillo, da ottobre 2015 a dicembre 2016 (sempre eurosurveillance, http://www.eurosurveillance.org/…/dy…/ee/v18n20/art20480.pdf)- da ottobre 2016 al 12 dicembre 2017 sono stati 5.115 (i casi di ottobre, novembre, dicembre 2016 presi da qua http://www.epicentro.iss.it/…/b…/Measles_WeeklyReport_N1.pdf). Vi ricordate emergenze o allarmi per l'outbreak del 2011, più recente? Io no .Nel 2011 eravamo vicini al massimo storico delle coperture vaccinali per il morbillo - torna di nuovo in mente Lord Robert May e il suo "quando due più due non fa quattro".
E con questo l'allarme emergenziale del 2017 può essere derubricato a operazione propagandistica, e pure felicemente riuscita.
Nella primavera 2017 in appoggio alla campagna per il decreto Lorenzin è stato fatto un uso terroristico di numeri SBALLATI E GONFIATI.
(il brano sugli anni 70 è stato eliminato in attesa di revisione)
E che i numeri non ci fossero è stata la costante di una campagna di notizie martellanti, tese ad avallare un progetto di politica sanitaria, e alcuni autori di questo progetto hanno finito per raccoglierne i dividendi: Ranieri Guerra è stato nominato Assistant Director General all'OMS in ottobre; Walter Ricciardi è stato di recente nominato nell'Executive Board sempre di WHO, per esempio. Che la sanità pubblica finisca per raccoglierne qualcuno, di benefici, è ancora tutto da vedere.

CHI SONO? UNO COME TANTI (O POCHI)

Con una laurea in Chimica Industriale (ordinamento ANTICO, come sottolineava un mio collega più giovane) mi sono ritrovato a lavorare in ...