lunedì 20 gennaio 2020

PHOTOSHOP METATASTICO



Non sono precisamente novità. Forse qualcuno si ricorda questa storia:

https://www.nature.com/news/biotech-giant-publishes-failures-to-confirm-high-profile-science-1.19269
 In breve, l'industria fa ricerca anche a partire da quel che viene pubblicato nel campo. Ma poiché nel giro la foglia è stata mangiata da tempo, quando si incappa in un articolo interessante e con interessanti risvolti applicativi la prima cosa che si fa è  controllare che quel che è descritto nell'articolo funzioni. Altrimenti si rischia di stanziare budget che non sono esattamente spiccioli (nel preclinico qualche milione va via) correndo dietro alle farfalle.
La cosa succede non solo con la biologia, ma anche con la chimica, e da anni: ho perso il conto delle sintesi mirabolanti e dei nuovi incredibili ed economici processi produttivi che sono finiti su articoli e brevetti. Con la roba inverosimile non ci ho mai perso tempo (sì, viene pubblicata anche roba inverosmile, e non su riviste predatorie o di bassissima fascia). Quella che ti fa perdere tempo davvero è la roba veromile.
Ad Amgen non avevano perso tempo (e denaro) andando dietro a cose inverosmili: le ricerche rivelatesi irriproducibili erano state pubblicate da autori ad alto H-Index su riviste ad alto impact factor.
Per questo spesso e sempre più spesso capita che l'industria faccia da sé. E non solo per quel che riguarda la crescente mole di informazioni strutturali su proteine e recettori e su SAR destinata rimanere know how privato (https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2018/10/05/knowing-the-structure), ma anche per quel che riguarda la biologia (ricordo che Keytruda è una cosa nata e cresciuta nell'industria da un progetto industriale dalla A alla Z, e costituisce all'incirca la metà della cosiddetta "rivoluzione immunooncologica").
E se la patologia metastatica e maligna delle immagini photoshoppate nei paper continuerà il suo corso letale, gli avanzamenti nelle terapie oncologiche e non solo saranno sempre più proprietà privata ab initio.


giovedì 16 gennaio 2020

PERCHE' UN VACCINO ANTICOLESTEROLO NON SALVERA' NESSUNO (IN PRIMO LUOGO PERCHE' NON E' UN VACCINO)



"Provocare una risposta immunitaria contro una proteina endogena... cosa mai potrà andare storto?"
Questo il commento di un collega, al tempo. Sì, perché il vaccino anticolesterolo non è roba nuova, è in giro da un po'.
E se riemerge ora (mentre niente o quasi si sa della fase II che era in corso in Italia tre anni fa) non è che nel frattempo le cose siano cambiate. Il vaccino dell'epoca, che era un vaccino vero e propio, non era anticolesterolo ma anti PCSK9, Inibire PCSK9 abbassa la concentrazione di LDL, il cosiddetto "colesterolo cattivo".
E' da qualche anno che si lavora su PCSK9, con anticorpi. approvati qualche anno fai, e il quadro fu abbastanza deludente: aggiungere anti-PCSK9 a un regime di statine non diminuiva significativamente il rischio cardiaco. Qualcosa c'era, ma molto poco. Sulla base di quei risultati l'interesse per un vaccino anti PCSK9 crollò rapidamente (https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=2004533139765563&id=1971621999723344).
Strada facendo è venuto fuori che trattamenti anti.PCSK9 possono essere di benificio a chi non può o non può più prendere statine (https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11936-017-0556-0). Ed è in questo quadro che va visto inclisaran, che non è un vaccino, ma un farmaco antisense basato su siRNA: cioè uno small interfering RNA che silenzia il gene che produce PCSK9. Non se ne sa molto, ma ci sono dubbi sulla sicurezza (tossicità epatica https://www.fiercebiotech.com/biotech/medicines-company-s-pcsk9-drug-hits-phase-3-efficacy-goals).

Ma c'è un problema di fondo, ed è il classico elefante nella stanza. LDL e rischio cardiaco potrebbero non essere correlati. E' quello che è venuto fuori dai trial su inibitori di CEPT (anche qua, inibisci CEPT, abbassi LDL e alzi HDL, il cosiddetto "colesterolo buono"). Ci sono stati casi eclatanti, bersaglio colpito, LDL abbassato, HDL innalzato, rischio cardiaco invariato (https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=2010191622533048&id=1971621999723344). Forse quota 80 LDL è un'altro dogma che sta sopravvivendo alle evidenze che si accumulano

mercoledì 15 gennaio 2020

ESITAZIONE



Qua sopra abbastanza spesso si è parlato di libri scientifici. Perlopiù si è trattato di saggistica, e non di divulgazione in senso stretto. Prigogine, Hofstadter, Penrose usano il tema per elaborare un discorso SU scienza e matematica, più che renderlo digeribile al grande pubblico - poi magari il grande pubblico in un modo o nell'altro apprezza comunque, visto che i titoli sono diventati persistenti, continuamente ristampati ("La fine delle certezze", "Goedel, Escher, Bach", "La mente nuova dell'imperatore").
Se si parla di divulgazione in materia di fisica, il mio titolo preferito è "Passaggi curvi" di Lisa Randall. Un unicum, nel senso che dal mio punto di vista, a differenza dei suoi altri lavori, le è venuto incredibilmente bene. La Randall fece un'operazione abbastanza penrosiana: partendo dal suo lavoro sulle "brane" (che forse finirà nel dimenticatoio della fisica teorica), costruì un libro che capitolo dopo capitolo forniva il percorso che concettualmente portava a quella teoria (cioè quello della fisica moderna), tra l'altro impegnandosi a farlo senza neanche mezza equazione.
Secondo qualche mio conoscente anche senza equazioni è un libro difficile (nella loro scala "La mente nuova dell'imperatore" è astruso, "La fine delle certezze" è impossibile).
"Sette lezioni di fisica" di Rovelli è un best seller ed è terra terra. Nel senso che quando la prole alle prese con le scienze delle superiori mi chiese se un atomo riflette la luce quel che scrive Rovelli non forniva una risposta.
Però il discorso generale, il modo di raccontarla, quadra bene, e la sua cifra emerge particolarmente in alcuni passaggi tipo questo: "Il genio esita".
PS: Rovelli è uno di quelli a cui i giornaloni che lo intervistavano chiedevano di vaccini, due anni fa. Ne è uscito meglio di altri, ma avallando le premesse di chi intervistava: "fisici o medici sempre Scienza è". A me personalmente questa storia "fisici, chimici, biologi, tua scienza, mia scienza, una faza una raza" infastidisce da morire.

martedì 14 gennaio 2020

ALZHEIMER NON TRATTABILE? COLPA DELL'IDEOLOGIA AMILOIDE




Chiunque o quasi nel ramo, anche se non ha a che fare con il sistema nervoso centrale (CNS), ha seguito le vicende dei vari anticorpi antibetaamiloidi etc. Riduci le placche ma non hai effetto terapeutico: se colpisci il bersaglio e non serve a niente allora è il bersaglio sbagliato, oppure colpire quel bersaglio non basta.
Questo articolo getta luce sui motivi per cui nonostante i brucianti insuccessi si sia andati avanti. Io pensavo a inerzia, invece è qualcosa di diverso: ideologia.
L'ipotesi amiloide si è trasformata negli anni in una fede, un dogma, assorbendo tutti i fondi disponibili e non lasciando che briciole a ipotesi parallele e alternative. Non si tratta semplicemente di group thinking: le ipotesi alternative sono state attivamente osteggiate e marginalizzate, perché la dottrina amiloide era (ed è) un dogma inscalfibile, impermeabile a fallimenti costati miliardi.



"Il cervello è difficile, spiegano pazientemente i ricercatori che si occupano di Alzheimer - più difficile del cuore, anche più difficile del cancro. Anche se questo può essere vero, è sempre più evidente che c'è un'altro motivo, più inquietante, per questa tragica mancanza di progressi: i ricercatori più influenti sull'Alzheimer hanno creduto così dogmaticamente ad una teoria che hanno sistematicamente ostacolato approcci alternativi. Diversi scienziati hanno descritto coloro che controllano l'agenda dell'Alzheimer come "una congrega". "


domenica 12 gennaio 2020

IL MICROBIOTA E IL CERVELLO


Un tempo si parlava di "flora intestinale", oggi si parla molto (e molto spesso a sproposito) di microbiota.
L'argomento è di una complessità assurda, a causa dell'ampissima variabilità del microbiota nel tempo e da individuo a individuo. Cercare di stabilire correlazioni è un lavoro improbo e ad alto rischio di aleatorietà.
In particolare con più frequenza da alcuni anni appaiono lavori a tema di relazioni tra microbiota e patologie del sistema nervoso centrale.
I pathway proposti per queste interazioni sono i seguenti.

1. Il microbiota interagisce con le le cellule del sistema immunitario nell'intestino, facendo loro produrre citochine che passano dal flusso sanguigno al cervello

2. Il microbiota interagisce nell'intestino con le cellule enteroendocrine che producono piccole molecole e peptidi neuroattivi. Queste molecole interagiscono con il nervo vago che manda segnali al cervello

3. Il microbiota nell'intestino produce neurotrasmettitori e metaboliti come il butirrato. Questi arrivano fino al cervello, alcuni passando la barriera ematoencefalica, altri modificando il comportamento della barriera stessa.

(Front. Integr. Neurosci. 2013, DOI:10.3389/fnint.2013.00070)

Nel febbraio 2019 uno studio su un campione decisamente significativo di soggetti (un migliaio) ha correlato sindromi depressive con la ridotta popolazione di due specie batteriche ( (Nat. Microbiol. 2019, DOI: 10.1038/s41564-018-0337-x))
L'articolo di C&EN merita un'attenta lettura. Siamo ancora agli inizi di un'area di lavoro incredibilmente complessa, ma chissà che proprio da qua non finiscano per uscire alcune risposte a tutte le domande che ormai i più si fanno sulle patologie neurodegenerative...

venerdì 10 gennaio 2020

LA MADRE DI TUTTE LE BOLLE




Un'analisi abbastanza interessante che fa della politica italiana degli ultimi anni un case study in tema di "epistemologie pubbliche".
Le epistemologie pubbliche sono alla radice del discorso pubblico, "strategicamente costruite e dispiegate in un contesto conflittuale per influenzare gli altri e condurli verso una certa decisione" (e di decisione politica si parla).
Se si è familiari con certi aspetti del "dibattito" si capirà che si sta parlando di postverità fondative di bolle.
L'autore delinea la polarizzazione del discorso pubblico in due opposte narrative: la "science aversion narrative" e la "science perversion narrative", evitando considerazioni di valore.
La "science aversion narrative" è quella di "vota la scienza, scegli il PD", della denuncia ossessiva del montante peso dell'antiscienza e della pseudoscienza, quella che ritira fuori il caso Stamina ogni tre per due etc etc - avete capito perfettamente di quel che si parla.
Secondo la "science perversion narrative" invece "Il problema non è il fatto che la scienza sia ignorata o che non gli si dia fiducia, ma il fatto che la conoscenza scientifica è stata usata in Italia e altrove per promuovere interessi particolari e ha rimpiazzato la volontà popolare nel determinare le decisioni da prendere".
La definizione è forzata in quanto viene inclusa nel campo scientifico l'economia, ed in particolare l'economia politica - non che sia forzato l'inserimento della disciplina, ma se quallcosa è apparso eminentemente politico negli ultimi anni, è stato il discorso sull'economia. E appare anche alquanto strumentale nei suoi sviluppi. Ma se ci si limita alla "percezione pubblica" può anche andare bene.
L'autore individua come le due figure di riferimento di questi due campi Roberto Burioni per la "science aversion narrative" e Alberto Bagnai per la "science perversion narrative" (scelta nella migliore delle ipotesi molto curiosa).
Secondo questi metri, se da qualche parte mi devo collocare, ovviamente mi colloco nella "science perversion narrative" (è stato Bagnai a coniare il termine "lascienza" e questo già sarebbe motivo sufficiente).
Ma occorrerebbe prendere atto della natura piattamente strumentale delle epistemologie pubbliche, dei limiti delle bolle, e del fatto che la contrapposizione scienza (lascienza)-antiscienza è il problema e non la soluzione (e questo qua sopra è stato scritto fin dall'inizio).
E uno dei maggiori aspetti del problema è che la "science aversion narrative", che è mainstream, colloca forzosamente nel campo opposto ogni voce non omogenea al suo pacchetto ideologico, provando a squalificarla e colpirla, di solito con mezzi proporzionali all'importanza del pericolo percepito. E a questo proposito parafraso:

Il genio che ci ha regalato la grande minaccia no-vax ha anche compiuto un'altra operazione perversa e deleteria: quella di creare un recinto al cui interno vengono ricondotte, per assoggettarle a un biasimo acritico e preconcetto, una quantità di fattispecie che col dibattito sulle politiche sanitarie, e, per altri versi, col dibattito scientifico, nulla hanno a che fare.
L'analisi quindi evitando giudizi di valore nei fatti ne produce uno, per omissione.
Per il resto, per ricordarlo a chi allora non girava da queste parti, io mi spenderei per l'"area razionale", al di fuori delle due bolle, che non ambisce a metterne su una terza (https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=2327790820773125&id=1971621999723344, tra l'altro uno degli episodi più divertenti del 2019).

giovedì 9 gennaio 2020

AFFINITA'-DIVERGENZE TRA IL COMPAGNO SILVESTRI E NOI


(... che la maggiore età l'abbiamo raggiunta da un pezzo)
Il titolo scherzoso è per bilanciare un post lungo, molto lungo.
Che in realtà parla di cose molto serie.
Voglio riportare in evidenza questo commento di Guido Silvestri:

"Questa pagina rimane sempre interessante (a mio avviso), soprattutto quando si affrontano temi come quelli dei generici o di altri aspetti della farmacologia e chimica farmaceutica che sono tanto importanti quanto sconosciuti. Poi e' chiaro che il 2020 e' molto diverso dal 2017, in cui i vaccini divennero terreno di tre battaglie (non solo una, ahime'). La prima, quella piu' ovvia, tra i dati della letteratura scientifica seria e le puttanate della "nanologi inc.", da cui una fetta della popolazione si era fatta ammaliare. La seconda, anch'essa molto chiara e del tutto politica, tra chi voleva prender voti ergendosi a paladino della scienza (Renzi, PD, +Europa) e chi voleva prenderli flirtando con i deliri complottisti (M5S in primis ma anche lega) -- tutta gente a cui, beninteso, della scienza fregava un tubo. La terza e' tra Roberto Burioni, che ha (vogliamo rendergli questo merito?) gridato che i ciarlatani erano nudi, e Dio sa quanto fosse ora passata di farlo, e tutti quelli a cui l'improvviso successo di Burioni ha dato fastidio... e qui si parla di una schiera eterogenea che comprende wannabe divulgatori semi-falliti, professori di filosofia della scienza che sanno a memoria Popper e Dewey ma non hanno mai fatto un esperimento in vita loro, e colleghi semplicemente gelosi della sua fama mediatica. Credo che io e lei ci siamo capiti perche' ci siamo schierati allo stesso modo non solo nella prima battaglia (ovviamente), ma anche nella seconda (distinguendo tra essere pro-obbligo ed essere pro-vaccini e "smascherando" l'aspetto truffaldino della diatriba). Nella terza battaglia, la piu' inutile, francamente, io sto a fianco di un caro e vecchio amico di cui conosco l'onesta', la sincerita' e le buone intenzioni, mentre lei sembra infastidito (e posso capirlo) da alcune imprecisioni di Roberto e dallo zelo arrembante di alcuni suoi seguaci -- mentre a me infastidiscono l'ipocrisia e l'invidia di quelli che lo attaccano solo per avere piu' spazio mediatico per se' stessi. Ora siamo nel 2020, e la prima battaglia sembra quasi finita ora che la seconda si e' dissolta nella "pace" del governo giallorosso. Quanto alla terza, direi che potrebbe finire con il recente articolo su Science (e la vittoria di Roberto ai punti). Tutto questo per dire che se questa pagina cala di ascolti potrebbe essere semplicemente perche' le cronache del 2020 sono molto diverse da quelle del 2017... e non perche' qualcuno stia provando a ucciderla. Di nuovo tanti auguri, per tutto, sperando un giorno di poter fare due chiacchiere di persona, magari sui due lavori del mio lab che stanno per uscire su Nature... "

Egregio professore, comincio con le affinità: riguardano le considerazioni sull'obbligo vaccinale, l'analisi sulla politicizzazione della questione vaccinale nel periodo 2016-2018, l'inqualificabile cialtroneria di chi ha sventolato in giro cose che mi rifuto di chiamare analisi dicendo che avevano a che vedere con i vaccini.
Detto questo c'è una questione di metodo.
Al 90% per cento è stata fuffa contro fuffa. Non era tempo per la serietà, ma per l'azione efficace sul terreno dei media? Non chiamatela scienza.
Con le nanoconte la vaccine advocacy è stata colpita sotto la cintura, perché non c'erano le competenze per una risposta efficace. Al massimo c'era Orac.Il voler dar forza a risposte goffe dicendo "E' Scienza! E il resto puttanate" se per qualcuno è stato liberatorio, per il resto ha reso un cattivo servizio alla reputazione delle scienze, non ha influito sugli esitanti (lo dicono i dati eurobarometro) non ha scalfito la fede dei tre gatti che perorano la causa dei nanocontatori eroici scienziati patrimonio dell'umanità (che dalla mia esperienza rifiutano anche le evidenze più evidenti).
Stessa cosa per quel che riguarda l'immunità di gregge. C'erano esempi illustri, a cui ispirarsi, e invece niente: pressappochismo sciatto e roba storta spacciata per Scienza e travasata direttamente nei testi elaborati dai decisori politici (e lei ne sa qualcosa, di queste dinamiche, visto che si è speso ottenendo la rimozione dell'antimeningococco B dalla lista dell'obbligo pediatrico).
E qua siamo già nel campo "Burioni fenomeno mediatico". Il fenomeno è innegabile. Capisco che la comunità medica italiana lo abbia considerato un asset. Dichiaratamente è stato considerato un asset da una parte politica, con questo dimostrandosi completamente interno alla politicizzazione del fenomeno. Il consuntivo per quel che riguarda il valore dell'asset politico è stato già stilato, e non ha fruttato gran che. Sarebbe ora che anche la comunità medica tirasse due somme, e non tanto sul suo valore "di bandiera" quanto sul suo reale effetto nei rapporti tra comunità medica e resto della cittadinanza. Poi per quel che mi riguarda è stato uno dei grandi costruttori dello scientismo pop ("La Scienza dice... e poi laqualunque pirreviued capita male e detta peggio per appoggiare posizioni ideologiche).
Dei più attivi seguaci dell'uomo taccio, perché già ho detto al riguardo (tutto il male possibile).
Ecco, sui filosofi e sui divulgatori non sono d'accordo.
Anche se di limitata comprensione della pratica scientifica, l'umanesimo va ascoltato perché le scienze sono fenomeni umani. La terza battaglia è stata una battaglia culturale, e per me le battaglie culturali non sono mai inutili.

CHI SONO? UNO COME TANTI (O POCHI)

Con una laurea in Chimica Industriale (ordinamento ANTICO, come sottolineava un mio collega più giovane) mi sono ritrovato a lavorare in ...