CRISI DI RIPRODUCIBILITA' E PRECARI DELLA RICERCA

In tempi ormai lontani appena laureato andai a trovare il mio relatore e lui mi chiese "Cosa vuoi fare da grande?". "Non restare all'università", risposi. Due anni di dottorato a 700.000 lire al mese, e poi destreggiarsi tra assegni di ricerca e simili nell'attesa di un posto da ricercatore? Non era roba per me (con ciò il mio relatore, che era un signore, mi trovò un contratto a termine con un ente pubblico con cui "passare il tempo" prima del servizio civile). Quelli che fecero la scelta opposta alla mia, al tempo, si sono ritrovati carriere arenate: chi è rimasto ricercatore, chi si è fermato a professore associato (Meglio che ritrovarsi carriere spezzate, comunque, come è successo a tanti nell'industria). E la mia è stata ancora ancora una generazione "fortunata". Oggi la ricerca accademica in occidente si regge su basi precarizzate all'osso.

L'articolo è da leggere.

Un' unica ulteriore considerazione: possibile che una buona fetta dei concorrenti in questa rat race sia impegnata a lodare il sistema rappresentandolo come quella irrealistica cosa scintillante? (ovviamente ci sono eccezioni notevoli, e mi riferisco in primis al dottor Rob, oltre che all'autore di questo pezzo https://solounaltropostdoc.wordpress.com/).

PS. Derek Lowe ha commentato la vicenda della Arnold da par suo (https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2020/01/03/a-very-public-retraction-good), e una frase del suo pezzo è particolarmente significativa, e fa capire perché lo stile di chi viene dall'industria è un po' diverso di quello di chi viene dall'accademia: "Non ragioniamo di fama o autorità, in questo business, ragioniamo di riproducibilità dei risultati" .

http://www.lachimicapertutti.com/la-scienza-precaria-e-la-crisi-della-riproducibilita/

CORONAVIRUS: L'HAIL MARY PROTOCOL

Oseltamivir: cioè Tamiflu. Inibitore di neuroaminidasi dei virus influenzali (avete presente N nelle sigle?). Si sa che non funziona in pazienti ospedalizzati con infezione progredita (vedi review Cochrane) ma soprattutto 2019-nCoV ha delle neuroaminidasi? (unica possibile ratio: evitare che i pazienti prendessero anche l'influenza - mentre erano in isolamento? - e sperando che non ci fossero in giro ceppi resistenti)

Ganciclovir: vecchio antivirale approvato negli anni 80 per DNA virus. 2019-nCoV è un RNA virus. Ma hai visto mai...

Ritonavir e Lopinavir: due inibitori di proteasi dell'HIV. 2019-nCoV non è neanche un lontano parente di HIV, e con le sue proteasi ad ora siamo ancora indietro. Strutturalmente neanche affini al miglior hit esistente per le proteasi di 2019-nCoV . Uno sparo nel buio.

Non cercate un razionale in questo protocollo perché non esiste (e infatti il 10% dei trattati ci ha lasciato le penne).

Ah, sto parlando nel protocollo dell'ormai citatissimo articolo di Lancet (https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30211-7/fulltext ) "Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study"

(Ringrazio Stefano Cervigni che avendo qualche dubbio al riguardo me l'ha fatto notare)

LE ZONE CALDE

"The Hot Zone" è una serie TV dell'anno scorso che romanza (moltissimo) un episodio realmente accaduto (https://www.cdc.gov/mmwr/preview/mmwrhtml/00001512.htm). Il finale è abbastanza suggestivo: il medico che per primo ha identificato Ebola Zaire risalendo il fiume su una piroga pilotata da una guida passa vicino ad una grande isola. "Che isola è?" chiede. "L'isola della morte", risponde la guida.

Un isola disabitata coperta dalla giungla: un'ottima immagine di un serbatoio di zoonosi letali.

Ma una remota caverna dello Yunan piena di pipistrelli può essere ugualmente terrificante. E sicuramente chi analizzando campioni di feci di quei pipistrelli ha trovato coronavirus affini a quelli della SARS (e di 2019-nCoV) ha avuto i brividi (https://www.nature.com/articles/d41586-017-07766-9).

Questo per dire che non c'è bisogno di andare a cercare storie di armi biologiche sfuggite a laboratori, riguardo al coronavirus di Wuhan. Le spiegazioni più semplici sono molto più inquietanti.

L'influenza aviaria del 1997, con focolaio nell'Asia meridionale (https://en.wikipedia.org/wiki/Influenza_A_virus_subtype_H5N1) aveva una terribile letalità del 55%. Restò fondamentalmente una zoonosi, cioè un'infezione trasmessa dagli animali all'uomo. Fosse diventata trasmissibile da uomo a uomo avrebbe fatto sembrare la spagnola una passeggiata di salute.

L'Asia del sud e specialmente la Cina del sud hanno un'alta densità di "hot zone". Per cui la "profezia" di Bill Gates (verra una pandemia dall'Asia del sud e ucciderà milioni di persone in tutto il mondo) non è né una profezia, né la dichiarazione di un complotto contro la popolazione mondiale: è un "worst case scenario" che esiste da decenni (chi fosse interessato ad approfondire il tema può leggersi "il virus buono" di Guido Silvestri).

UN PASSO AVANTI (AIDS)

Perché oggi l'Epatite C si cura ma l'AIDS no?

Perché l'HIV, essendo un retrovirus, integra il proprio genoma nel DNA dell'ospite. Con gli antiretrovirali riusciamo ad abbattere (e azzerare) la carica virale in circolo, ma ci sono cellule che rimangono a fare da "serbatoio" del virus.

Da anni si tenta una risoluzione del problema, ma i tentativivi (per esempio con inibitori di HDAC) non hanno avuto esiti significativi, per ora. Il punto non è far fuori un po' di cellule serbatoio, il punto è farle fuori tutte o la maggior parte (lasciando il paziente vivo e in buone condizioni).

In questi due lavori il gruppo di Guido Silvestri dimostra il ruolo di CD4 e prova che con un mimetico SMAC si possono eliminare i CD8 serbatoio a livelli mai visti prima (https://www.nih.gov/news-events/news-releases/nih-supported-scientists-reverse-hiv-siv-latency-two-animal-models).

La cosa più interessante per il sottoscritto è il lavoro su CD8.

Cosa è SMAC (altresì noto come DIABLO)? Uno dei tanti regolatori cellulari. L'apoptosi è il processo con cui una cellula si suicida quando "qualcosa non va" (quando c'è un problema nella replicazione del DNA, o quando il proteasoma è inceppato, per esempio). E' un processo regolato da un vasto armamentario di fattori pro apoptotici e antiapoptotici (questi ultimi, magari ci siete arrivati da soli, prevalenti nelle cellule tumorali).

Tra i vari pezzi dell'armamentario di regolazione dell'apoptosi ci sono le proteine della famiglia IAP (Inhibitors of Apoptosis Protein), che l'apoptosi la inibiscono, e SMAC, che inibisce IAP (favorendo quindi l'apoptosi). Quindi un inbitore di IAP (che mimi SMAC) è un oggetto interessante in campo oncologico (https://www.ddw-online.com/therapeutics/p149034-smac-mimetics:-a-new-class-of-targeted-agents-that-activate-apoptotic-cell-death-and-block-pro-survival-signalling-in-cancer-cells.html) e ormai da una decina d'anni ci si lavora sopra.

Ora, seguitemi: per quello che riguarda lo specifico tema non ci interessa che gli SMAC mimetici funzionino o meno come antitumorali targeted nell'uomo. Ci interessa invece il fatto che lo sviluppo sia abbastanza avanzato, che ci siano trial clinici in corso da un po', in breve che questa classe di composti sia abbastanza ben caratterizzata nell'uomo. (https://clincancerres.aacrjournals.org/content/21/22/5030).

Il gruppo di Silvestri ha usato AZD5582, uno SMAC mimetico nato ad AstraZeneca e diventato candidato clinico, e non un tool compound qualsiasi - un attrezzo per la ricerca biologica senza pretese di farmaco sperimentale.

Quindi si va un poco oltre la proof of concept: inibendo IAK si elimina una quantità di CD8 "serbatoio" mai vista prima, e lo si fa con un farmaco sperimentale già qualificato come pronto per i trial clinici da gente del mestiere.

Pare che lo sviluppo clinico di AZD5582 non sia mai iniziato e il prodotto non figura nella pipeline di AZ ma, dato il discreto numero di SMAC mimetici in sviluppo clinico, può essere che in giro (e in sperimentazione clinica) ci siano composti con un profilo anche migliore per l'approccio "shock and kill" . Quindi questo articolo può aprire all'avvio dello svilluppo clinico di SMAC mimetici in campo AIDS.

DUE CENT SUL CORONAVIRUS WUHAN

Immagine Afp

Finora ho sostanzialmente parlato di aspetti tecnici e prospettive di opzioni più o meno prontamente disponibili.

Mi sentirei di fare due considerazioni sulla comunicazine al riguardo.

Un plauso a CDC, che si è prodotta in un perfetto "Non costituisce una minaccia concreta al momento negli USA, ma si trasmette da uomo a uomo e nulla sappiamo di preciso sulla velocità di trasmissione dell'infezione" (quindi massima allerta). In realtà un gruppo di epidemiologi di Hong Kong ha cercato di calcolare R° per 2019-nCoV, e gli viene tra 3,4 e 5, valori piuttosto allarmanti (diffusione veloce almeno quanto un'influenza se non di più https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.23.916395v1).

WHO sta raccattando una mezza figura, mettendo assieme il "non esiste un presente pericolo globale" con "ci fidiamo del governo cinese": dimostrazione che a WHO si fa politica prima che altro, perché tanto per cambiare il governo cinese pare che stia minimizzando la situazione con l'estero e con WHO - mentre le imponenti misure di contenimento messe in opera sarebbero in linea con una realtà ben più grave.

Poi c'è il discorso sugli strumenti a disposizione.

Si parla di tempo necessario per ottenere un vaccino ( "Vaccino pronto in tre mesi!" Repubblica, what else? https://www.repubblica.it/cronaca/2020/01/24/news/virus_vaccino-246553255/).

Si parla del prode biologo strutturista tedesco che avrebbe sviluppato dei farmaci per i coronavirus e si è recato a Wuhan per sperimentare anche se, parole sue, non ha niente di pronto per l'uomo ( su Nature, sigh https://www.nature.com/articles/d41586-020-00190-6).

Ottimo lavoro di strutturistica (https://science.sciencemag.org/content/300/5626/1763), ma sta lavorando sulla proteasi dei coronavirus, e se la review di tre post fa non è carta straccia allo stato dell'arte con gli inibitori di proteasi siamo in alto mare e quindi è in alto mare anche il Dr. Hilgenfeld, pur lavorandoci sopra dal 2002. E' evidentemente entusiasta del proprio lavoro e forse con una radio cinese si è capito male, visto che ora in molti credono che lui stia arrivando a Wuhan con una cura. Hilgenfeld sta provando a metterci una pezza ma forse è troppo tardi. Lui dice: "The number of cases is too small. Pharmaceutical companies are not interested." Evidentemente è convinto di saperla lunga.

Peccato che almeno due aziende farmaceutiche invece abbiano lavorato su RNA virus, e che sviluppando un antivirale per Ebola abbiano ottenuto prodotti che funzionano in vitro anche contro i coronavirus (vedi post di ieri). Remdesivir (Gilead) è attivo su SARS-CoV a concentrazioni submicromolari, attività da cui i composti di Hilgenfeld sono lontanissimi. Ed è già stato testato sull'uomo. Ma resta lontano dai riflettori. Un paio di idee al riguardo le ho.

Avete mai sentito parlare di cidofovir (Gliead), antivirale dimostratosi attivo anche contro HPV? Solo qua sopra, un paio di volte.

Durante la massima estensione dell'epidemia di Ebola in Africa centrale avete mai sentito parlare di antivirali anti ebola? Io no. Di vaccino invece si è straparlato a iosa.

Uno dei due progetti era di BioCryst e NIAID (National Institute for Allergy and Infectious Diseases, un'agenzia di NIH) , e BioCryst ha sempre tenuto un basso profilo mediatico. L'altro, più avanzato, era di Gilead. Neanche 10 secondi di accenno in un tg, o due righe su un quotidiano.

Gilead sta sullo stomaco a tutti quelli giusti. Per via del prezzo di Sofosbuvir, la rivoluzionaria cura per l'epatite C, è cordialmente odiata da assicurazioni sanitarie, ONG, WHO, sistemi sanitari pubblici. Perché certa finanza ritiene il suo modello di business non sostenibile (se CURI i pazienti poi perdi clienti). E poi forse perché è un parvenu: una biotech guidata da un chimico organico (fino all'altro ieri) che ha scalato i vertici della farmaceutica mondiale piazzando ben due farmaci ai vertici della classifica dei blockbuster (prodotti con più di un miliardo di vendite all'anno) e con un modello di business basato sulla ricerca e sviluppo.

Ora, per quanto in sordina, anche in Italia si inizia a parlare dell'antivirale antiebola Gilead che potrebbe funzionare col coronavirus di Wuhan (anche se si è parlato di vaccino). Forse in certi ambienti nonostante tutto la preoccupazione fa prendere in considerazione anche gli antipatici.

Il NIAID in USA forse sta già verificando remdesivir sui casi nel territorio americano (cinque). A dire il vero ho l'impressione che gli USA stiano già passando remdesivir alla Cina (https://www.lantidiplomatico.it/dettnews-le_autorit_cinesi_confermano_il_primo_caso_di_guarigione_dal_nuovo_coronavirus/82_32773/). Del resto quanto ad antivirali l'Europa sdegna peramivir (l'antiinfluenzale salvavita) ma i cinesi lo hanno adottato al volo.

Il rischio esiste, anche se non esiste un pericolo concreto e presente. E le notizie che iniziano a filtrare dalla Cina non sono rassicuranti per quel che riguarda la situazione sul posto

https://www.bbc.com/news/video_and_audio/headlines/51255918/china-coronavirus-road-blocks-and-ghost-towns

CORONAVIRUS: VACCINI CHE NON LO SONO E POTREBBERO SERVIRE, VACCINI CHE NON SERVONO

Ovvero dopo il quadro avvilente sugli sforzi specifici (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2020/01/antivirali-contro-i-coronavirus-come.html), le notizie incoraggianti.

"Coronavirus. Vaccino contro Ebola di Gilead potrebbe funzionare anche contro il nuovo virus cinese?"

Ti cascano gli occhi su questo titolo, che è di quotidianosanità (http://www.quotidianosanita.it/scienza-e-farmaci/articolo.php?articolo_id=80643), e li sgrani immediatamente: da quando Gilead si occupa di vaccini? E di un vaccino antiebola, poi?

Ma leggendo il sottotitolo trovi "remdesivir". Aaaah, allora siamo alle solite, hanno confuso un antivirale con un vaccino.

Mi era sfuggito che Gilead avesse in cantiere un antivirale antiebola. Invece nel 2018, in piena epidemia di Ebola in Congo, l'azienda aveva in sviluppo avanzato remdesivir (che fu usato con successo in un paziente https://en.wikipedia.org/wiki/Remdesivir).

La cosa interessante è che remdesivir ha dimostrato uno spettro relativamente allargato: è attivo anche su RSV, Junin, Lassa e... MERS-CoV.

Cosa è MERS-CoV?

Middle East respiratory syndrome-related coronavirus, un coronavirus responsabile della "SARS da cammello", una sindrome respiratoria piuttosto diffusa in nordafrica. 
Remdesovir è un analogo nucleosidico che segue il modulo ProTide, usato per progettare profarmaci di composti nucleosidici (tecnologia che tra l'altro ha prodotto sofosbuvir, il rivoluzionario anti HepC di Gilead). Nella fattispecie si tratta del frutto della tecnologia ProTide applicata a una classe di composti, analoghi di C-nucleosidi adenina-ribosio 1-ciano sostituiti (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5551389/). La cosa è da inquadrare negli sforzi su antivirali anti RNA virus basati su inibizione di RdRp (RNA polimerasi RNA dipendenti).

Generalmente quando si tratta di anvirali Gilead non toppa, e attualmente sta collaborando con il National Institute of Allergy and Infectious Diseases (USA) per verificare se remdesivir, che in vitro si era dimostrato efficace contro il coronavirus della SARS (a concentrazioni submicromolari), può essere utile contro il nuovo coronavirus Wuhan.

Remdesavir non è l'unico antivirale in sviluppo contro ebola che ha dimostrato attività contro i coronavirus: c'è anche galdesavir, sviluppato da BioCryst su finanziamento e e iniziativa sempre di NIAID. BioCryst non è nuova a operazioni del genere, visto che che con finanziamenti federali USA (alcune centinaia di milioni) produsse peramivir IV, che ricordo al momento è l'unico inibitore di neuraminidasi ad essersi guadagnato sul campo la qualifica di "antiinfluenzale salvavita". Ma a questo giro il fatto che NIAID abbia puntato sulla molecola Gilead fa pensare che remdesavir abbia migliori chances. Incrociamo le dita.

Quel che invece non si capisce come possa essere utile contro il coronavirus cinese è il vaccino antiinfluenzale.

Questa cosa è passata sulla RAI, è stata ripresa da Ilaria Capua su Il Foglio e non si capisce da cosa venga fuori, a meno che non si tratti di questo: se vi fate il vaccino antiinfluenzale avrete meno probabilità di prendere l'influenza e quindi meno probabilità di ingrossare le fila dei casi sospetti destinati alla verifica del coronavirus Wuhan. Quando si dice la serietà... (https://www.lifehacker.com.au/2020/01/if-youre-worried-about-coronavirus-get-your-flu-shot/)

ANTIVIRALI CONTRO I CORONAVIRUS, COME SIAMO MESSI? MALE, MOLTO MALE

Lo stato dell'arte della ricerca su antivirali contro i coronavirus è avvilente.

Ho come l'impressione che la maggior parte delle strutture nell'articolo venga da ricerca accademica, perché è un po' difficile che al di fuori di quell'ambito qualcuno possa prendere sul serio inibitori di un enzima con ki dell'ordine di micromoli, decine di micromoli o centinaia di micromoli. Sarebbero in buona parte scartati anche come hit, punto di partenza su cui lavorare.

Fondamentalmente sono stati individuati inibitori di proteasi, inibitori di elicasi e entry inhibitors.

Quanto individuato finora delle ultime due categorie di base è da lasciar pardere. E per quel che riguarda la prima ci sono problemi abbastanza seri: siti altamente reattivi, composti metabolicamente labili (trifluometilchetoni, esteri di N-idrossiammine), complessi di zinco che a un primo sguardo dicono pessima farmacocinetica.

C'è un unico inibitore di proteasi che potrebbe avere un futuro, C.

Quel che risulta abbastanza chiaro è che sul tema non sono stati profusi sforzi significativi ( e parlo di risorse, fondi, soldi).

Due possibili direzioni dell'azione.

 

La prima la strada di WHO, dei consorzi pubblico-privati tipo quello per la TBC, delle ONG etc: e tra una ventina d'anni, forse, avremo qualcosa che più o meno funziona, magari malino, ma meglio che niente.

 

La seconda strada: che il pubblico metta soldi veri come hanno fatto gli USA con peramivir: e con fast track e tutto il resto magari in cinque anni verrà fuori qualcosa di decente.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4195804/#!po=27.0833