giovedì 22 ottobre 2020

SE QUESTO E' STATO UN MINISTRO... - SE QUESTA E' AIFA...

 

"Non si capisce come sia stato possibile siglare un accordo che prevede un prezzo pari a 2.100€ per un medicinale di sintesi chimica che l'azienda USA Gilead aveva realizzato negli anni passati per debellare l'epidemia di virus Ebola, il cui costo di produzione è stimato inferiore a cinque euro per un ciclo di trattamento di cinque giorni" , dice la Grillo.

Questa non è (solo) abissale incompetenza e pura menzogna (costo di produzione 1 euro a dose, dato che si parla di un trattamento di 5 giorni),
E' in primis una linea politica deleteria che quando questa donna era ministro ha implementato in ogni modo, pure lavorando alla risoluzione WHA che cita. A danno di tutti, perché la filosofia della sua nuova governance farmaceutica era: il farmaco ottimo è quello che costa meno, e quindi è quello che vi rimborseremo.
Perché mandò il suo direttore AIFA all 72° World Health Assembly a perorare per il taglio dei prezzi dei farmaci, cosa che fu fatta pur sapendo e dichiarando che " i prezzi troppo bassi spingono i produttori di alta qualità fuori dal mercato, portando a carenza di farmaci" (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2019/05/oms-e-il-giusto-prezzo-dei-farmaci.html).
La storia dei 5 euro a trattamento è una e pura e semplice balla: Cipla commercializza il suo (su licenza Gilead) a 56 dollari a dose, il che fa pensare a un costo di produzione sui 30 dollari a fiala, in India (in occidente molto di più). Che è comunque molto meno di quello che il personal trainer della Grillo prendeva per un'ora, di sicuro. (https://www.facebook.com/GiuliaGrilloM5S/posts/4733485303359104)

"È cambiato molto lo standard di cura rispetto ai primi mesi. Ad esempio i farmaci per Aids abbiamo visto che non sono da utilizzare, perché troppo pesanti per i pazienti; la clorochina non ha mostrato dati positivi. il cortisone rappresenta oggi uno dei cardini della terapia: uno studio inglese ha mostrato che riduce la mortalità. E l’eparina è diventato altro pilastro del trattamento... "

Così Magrini, direttore AIFA (https://www.huffingtonpost.it/entry/aifa-cortisone-ed-eparina-cardini-della-terapia-contro-il-covid_it_5f914865c5b61c185f476d58?utm_hp_ref=it-homepage). I farmaci anti HIV da non utilizzare "perché troppo pesanti" è comica, forse dire "perché completamente inutili" era troppo per lui, che li avrebbe voluti prescritti dai medici di base ai pazienti COVID a casa. E di nuovo il cortisone (che non funziona) invece di desametasone o prednisone. Per caso qualcuno nota il grande assente?
Magrini non ha mai voluto intender ragioni, per tutta la durata della crisi primaverile, se non quando in un palazzo romano qualcuno lo ha preso faccia a faccia. E allora l'agenzia fece un brusco dietro front, almeno su una cosa.

Nuova ondata, stessa musica.

mercoledì 21 ottobre 2020

MODELLI DELL'EPIDEMIA SARS-CoV-2 E INCREMENTO DI PATOLOGIE



Recentemente si guarda alla meccanica quantistica come paradigma epistemico, anche in grado di fornire nuove visioni sull'intepretazione di grandi set di dati, tra cui quelli in fase di acquisizione sulla diffusione di SARS-CoV-2. Gli allarmisti parlano di una crescita esponenziale del numero di post facebook e preprint su questo tema. Una osservazione più pacata del fenomeno potrebbe rilevare crescite di ordine inferiore, lasciando concludere che è serio ma non emergenziale.
In ogni caso Citiamo da Nature Communications Budiyono e Rohrlich:
"But two axioms distinguish quantum mechanics from classical statistical mechanics: an "ontic extension" defines a nonseparable (global) random variable that generates physical correlations, and an "epistemic restriction" constrains allowed phase space distributions. The ontic extension and epistemic restriction, with strength on the order of Planck's constant, imply quantum entanglement and uncertainty relations. This framework suggests that the wave function is epistemic, yet it does not provide an ontic dynamics for individual systems." (1). E qui entra in gioco una nuova famiglia di modelli.
La correlazione tra velocità di diffusione e aumento o diminuzione di infettività e gravità del decorso dell'infezione è stata rilevata con Modular Interactive Linear Function (2) e tramite Joint Equalized Random K-node (3).
Una metaanalisi di tutti questi studi con First Increase Gradient Analysis è di imminente pubblicazione (4) e riporta le principali conseguenze (5)
 
Note 
1) (Nat Commun. 2017 Nov 3;8(1):1306) 
2) PlusPug: A Methodology for the Improvement of Local-Area Networks (EBISS 2020 Proceedings)
3) Methodology for the Typical Unification of Access Points and Redundancy (WMSCI, 2020)
4) (Betterthanscigen Series, numero monografico "Mind the Acronym") 
5) iperplasia testicolare e gravi forme di encefalopatia glandiforme

SERPENTE! SERPENTEEEEEE!

 




"Negazionista!" Urlò il Piccione.
"Non sono un negazionista!" si indignò il chimico "Lasciami stare."
"Negazionista, negazionista, negazionista" ripetè il Piccione, ma con il tono un po' più basso "Ora mi dirai che non si capiva da agosto che arrivava la seconda ondata"
"No che non si capiva"
"Lo sapevo io. Negazionista! Negazionista!"

"Covidiota!" Urlò il Piccione.
"Non sono un covidiota!" si indignò il chimico "Lasciami stare."
"Covidiota, covidiota, covidiota" ripetè il Piccione, ma con il tono un po' più basso "Ora mi dirai che le mascherine non uccidono"
"Certo che le mascherine non uccidono"
"Lo sapevo io. Covidiota! Covidiota!"

(il tempo passa, la storia si ripete)
 
Non ho alcuna simpatia per Zangrillo, ma quando venne collocato tout court tra i negazionisti sobbalzai.
Quando ai primi di agosto qualcuno, con gastrite indotta da foto di spiagge con gente senza mascherina, iniziò a tirar fuori discorsi di crescita esponenziale sobbalzai di nuovo. Pareva che con SARS-CoV-2 fossero possibili solo due andamenti nel numero dei casi: discendente o crescita esponenziale (e fino ai primi di ottobre di crescite esponenziali non se ne è viste proprio). In quel momento mi parve doveroso fornire un "appoggio esterno" a Pillole di Ottimismo. L'avessi mai fatto...
In un amen diventai polarizzante, divisivo e schierato (come PDO, secondo chi mi accusava), non più indipendente.
Perché? 
Perché la narrazione della pandemia è questione al 130% politica, e poco correlata con la realtà del fenomeno: si è trasformata la discussione sul Sars-CoV-2 in un dibattito politico, per cui chi sostiene il governo ingigantisce l’andamento i casi, chi si oppone minimizza (https://www.infodata.ilsole24ore.com/2020/10/06/covid-19-seconda-ondata-diffidate-dai-giornalisti-che-usano-numeri-assoluti/?refresh_ce=1). A gennaio i ruoli erano invertiti, ma che importa?
Il rumore assordante, il "moriremo tutti", i "lockdown subito" sono funzionali a nascondere l'evidenza più palese: non eravamo pronti a febbraio e non siamo pronti ora. Continuiamo a non essere pronti perché abbiamo un colossale problema sistemico: da anni bastava la sola influenza a mandare in corto i pronto soccorso. Una fortissima volontà politica in sei mesi non avrebbe potuto risolvere il problema, ma qualcosa avrebbe fatto. Purtroppo non si è vista.
Fin da gennaio, quando il vero problema per molti dei chiusuristi di oggi era il razzismo, l'accento della narrazione dominante è sempre stato solo e unicamente su i comportamenti individuali.
La gestione politica, nella narrativa dominante, diventava rilevante solo quando c'erano di mezzo Trump, Bolsonaro, Johnson. Oggi siamo nella situazione curiosa per cui se in UK i casi salgono è colpa di Johnson, se salgono in Francia o Italia è colpa dei bagnanti o degli sciagurati cittaddini che si sono fatti una vacanza. Sono solo i "sovranisti" che gestiscono male la pandemia, gli altri sono perfetti ma hanno pessimi cittadini. Bolsonaro con la sua idrossiclorochina neanche merita di essere commentato, ma con Trump (e Johnson) le cose sono più complicate: saranno i cattivi sovranisti anglosassoni a dare un vaccino ai buoni governi continentali, che così potranno gestire i propri pessimi cittadini. E poi ironizzano sui free riders...
Le elezioni presidenziali USA hanno infettato il dibattito mondiale ANCHE nelle riviste scientifiche e nella divulgazione:  NEJM e Nature si sono schierati con editoriali a favore di Biden, e lo stesso è successo per Scientific American (https://www.scientificamerican.com/article/scientific-american-endorses-joe-biden1/).
In questo delirio si è presa di mira FDA, che ha visto ricompensata in questo modo la sua incredibile resistenza a una pressione politica senza precedenti. Hahn non si è mai piegato ai desiderata di Trump in materia di vaccini (il POTUS l'avrebbe voluto a novembre), continuando a ripetere "asticella alta, altissima per una Emergency Use Authorization".
La credibilità della "scienza" e delle agenzie regolatorie (anche incolpevoli) esce massacrata da questa vicenda, danno collaterale di una narrazione prevalente globale a cui dei morti di COVID interessa molto meno del ricollocare o mantenere il potere nelle mani "giuste".

Addendum: PDO a mio modesto parere negli ultimi due mesi ha dato mostra dei limiti della sua attuale configurazione. Personalmente non vorrei far parte di un club che comprende Boldrin, Bassetti e Zangrillo, e lo dico pensando ad alcuni dei membri dello staff editoriale con cui ho contatti abbastanza frequenti. Sempre secondo me l'attuale limite di PDO è la sua natura estremamente eterogenea che finisce per esprimere un'ampia gamma di posizioni non sempre giustificabili con la democrazia del dibattito. Questo fatto può finire per minarne l'efficacia politica. Praticare il "modello Burioni", cioè far conto in primis sui numeri che si riesce a fare sui social network è un rischio concreto, nonostante gli scambi con i critici più rilevanti siano stati finora nel segno di una sostanziale correttezza. Per "critico rilevante" non intendo lo 0 visibilità 0 argomenti che la visibilità la cerca sbracciandosi ovunque si possa raccoglier frutto e producendo insulti come l'ultimo del troll. Perché il circo è sempre lo stesso, prof di università di provincia di quarta categoria che danno del provinciale al altri prof di università parimenti piccole e provinciali, agrari, veterinari e lauree triennali che si definiscono scienziati etc etc, tutta roba vista e rivista... ricordo che questa pagina fb è nata nel 2017, e quindi di peones ne ha visti di tutti i generi, dopo aver fatto a spallate col peso massimo X o Y.
I problemi di PDO sono esemplificati al meglio dalla vicenda Great Barrington Declaration. GBD è un oggetto estremamente dubbio in primis a causa della sua genesi e dei suoi finanziatori (i Koch brothers, indissolubilmente legati al negazionismo climatico). L'avere veicolato in un qualche modo GBD esponeva al riflesso condizionato degli attivisti del climate change, e non c'era alcun bisogno di far confluire il settarismo climatico nel dibattito sulla gestione della pandemia (quanto alla reale possibilità dialogo, beh, too much climate change and no play makes Jack a dull boy...).

venerdì 16 ottobre 2020

ORA BASTA (REMDESIVIR)

Mi sono strarotto di quelli che IMPERTERRITI continuano a parlare di efficacia estremamente limitata di remdesivir. Non volevo neanche postarlo, l'ultimo NEJM, perché di fatto non aggiungeva gran che a quello che si sapeva DA MESI. Per non ripetermi cedo la parola a Derek Lowe, che su remdesivir è sempre stato decisamente critico (https://blogs.sciencemag.org/pipeline/archives/2020/10/09/hard-data )

"Il New England Journal Of Medicine oggi (9 ottobre, NdCS) pubblica il report finale dal team che ha studiato remdesivir in un trial controllato e randomizzato su più di mille pazienti.
Questo gruppo è stato randomizzato e diviso all'incirca a metà tra standard of care più remdesivir e standard of care più placebo, in doppio cieco. Quindi è il panorama più solido che abbiamo sull'efficacia del farmaco in pazienti con il coronavirus
Le buone notizie sono che i pazienti che hanno avuto il farmaco hanno un tempo di guarigione più corto , da 9 a 11 giorni, 95% CI, contro da 13 a 18 giorni con il solo standard of care.
Questo è sostanzioso, ma non realmente eccezionale, che è quello che ci si può aspettare realisticamente da un singolo farmaco antivirale a largo spettro. Non parliamo di sofosbuvir che ripulisce dall'epatite C, e anche sofusbuvir non ha fatto tutto da solo.
E per l'endpoint più difficile di tutti, mortalità al giorno 29 all'11% per i pazienti trattati con remdesivir, contro il 15% di quelli trattati con il solo controllo.
Questo è un autentico passo avanti, è un farmaco meritevole di essere usato ma, ancora, non il farmaco miracoloso.
Gli eventi avversi sono stati più bassi nel gruppo trattato, e queste sono ottime notizie...
Quindi remdesivir è un farmaco meritevole, specialmente se somministrato a pazienti ad alto rischio."

Ergo la riduzione della mortalità su cui tanto si è discusso c'è, ed è del 26.6% a 29 giorni. La diminuzione del tempo di guarigione è tra 30.7% e 38.8%.
Nella peggiore delle ipotesi erano 9.310 morti in meno, a cui chi voleva salvare vite a botte di lopinavir e idrossiclorochina non è riuscito a risparmiare il passaggio in una tomba.
Mi immagino l'obiezione "Eh, ma allora non lo potevamo sapere" Certo, in compenso potevamo sapere che i farmaci anti HIV non c'era verso che funzionassero, e quindi sono stati tra i più somministrati.

(E ancora si parla di movida agostana e di mascherine sempre ed ovunque, perché il gran lavoro di istituzioni impeccabili è stato rovinato dalla cittadinanza cialtrona...)

PS. Il trial OMS... 1) Open label 2) Si è fatto con quel che c'era: "Study drugs were Remdesivir, Hydroxychloroquine, Lopinavir (fixed-dose combination with Ritonavir) and Interferon-β1a (mainly subcutaneous; initially with Lopinavir, later not). COVID-19 inpatients were randomized equally between whichever study drugs were locally available and open control (up to 5 options: 4 active and local standard-of-care). The intent-to-treat primary analyses are of in-hospital mortality in the 4 pairwise comparisons of each study drug vs its controls (concurrently allocated the same management without that drug, despite availability)." quindi quello che può sembrare un unico gruppo di controllo di circa 4000 pazienti per un totale di circa 11.000 arruolati in realtà è la somma di gruppi controllo piccoli usati qua e là vs gruppi di trattati con il farmaco o i farmaci disponibili. Nessun regolatore (occidentale) accetterebbe mai un trial con questo disegno per approvare un farmaco.

mercoledì 14 ottobre 2020

MONNEZZA STATISTICA OGGI

 


Della serie: famo a falla tornare.
Quante volte s'è detto, qua sopra "Levategli dalle zampette il software statistico"?
Hanno fatto più danni i package di R, Orazio, di quanti tu ne possa sognare sulle tue dispense di biostatistica...

Ho bruciato preziosi minuti di vita, negli ultimi mesi, per rispondere a negazionisti e no-vax che venivano a dirmi "questo articolo DIMOSTRA che la vaccinazione antiinfluenzale aumenta il rischio COVID!".
Solo che la correlazione aveva un Intervallo di Confidenza (CI) largo come un'autostrada, e gli stessi autori poi hanno precisato che non sostenevano assolutamente questa correlazione, nell'articolo. Ma certe fedi non si lasciano mettere in dubbio da piccolezze del genere.
"Eh, ma quelli vanno avanti a pseudoscienza", si dirà. Sì, e invece gli altri?
Invece gli altri pure.
"Per esempio?" si dirà.
Per esempio "Relationship between Influenza Vaccination Coverage Rate and COVID-19 Outbreak: An Italian Ecological Study"  (Vaccines 2020, 8, 535 https://www.mdpi.com/2076-393X/8/3/535).
Una di quelle cose che di prima ti viene da dire "ma come, ma non era correlation is not causation, fino all'altroieri?", perché il razionale della cosa boh, e quantomeno sarebbe richiesta una prova sperimentale prima di spararla (tipo verificare che gli anticorpi contro i virus influenzali neutralizzino SARS-CoV-2, per esempio, o cose più sofisticate che includano l'immunità cellulare).
L'articolo era giusto roba buona per un titolo di giornale e tutto finisce lì.
Ma invece periodicamente mi chiedono di questa roba, magari perché "il scienziato" di turno la condivide. Io mi sono limitato a citare Joe Di Baggio, che aveva fatto vedere che manco i cani... A questo giro, una volta per tutte, lo linko, in modo che non se ne parlì più, perché di monnezza in giro ce n'è anche troppa:

"Vorrei far notare che il miglior modello, per esempio, che lega tassi vaccinali e ospedalizzati con sintomi (il riferimento è sempre all'articolo ecologico, quindi dove non sappiamo se l'ospedalizzato fosse vaccinato o no) è una polinomiale di terzo grado. Dopo il 65% di copertura si prevede rialzo dei tassi standardizzati di ospedalizzazione :-) E' una cagata? Sì, le analisi non si fanno così, ma solo per mostrare che quella circolata ieri era una supercagata dove, come già ricordato, non si considera che un OLS è fondato sull'ipotesi di esogeneità pura dei regressori e se le correlazioni coi confounders sono alte, si ha endogeneità ovverosia correlazione con l'errore e il modello è teoricamente inficiato (che poi è la realtà). Stimando i parametri di una multiregressione, non ci fanno vedere come progredisce la varianza spiegata, se ci sono segni di collinearità. Insomma, siamo a Corrado e ai dilettanti allo sbaraglio."

(https://www.facebook.com/jdbaggio/posts/10217763373171891)

(Ma li vedete i punti? Ma cosa caspita vuoi correlare con quella roba?)

(quante se ne è viste negli anni... chi si ricorda tre anni fa quelli che volevano trovare una correlazione LINEARE tra copertura vaccinale e casi di morbillo, in Italia, lasciando elegantemente fuori il Lazio come outlier?)

martedì 13 ottobre 2020

"SEGUI LA SCIENZA" E IL TERZO LADRO

 



Ritorno sul video di Sabine Hossenfelder (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2020/09/seguire-la-scienza-un-nonsenso.html) per una riflessione più estesa sull'uso che si fa di "segui la scienza".
Ma soprattutto su come il concetto sia universalmente accettato. Anche il complottismo più sciroccato, ab ovo, accetta implicitamente il concetto. Le posizioni "complottiste" non sono mai "anche se la scienza dice così, io farò come mi pare". Il complottismo standard dice "la scienza mente" o presenta alternative a quella che è ritenuta l'evidenza scientifica. Lascienza e l'antiscienza giocano lo stesso identico gioco - e per questo qua sopra si è ripetutamente parlato di bolle gemelle.
Ma non è solo questione di dinamiche sui social media, purtroppo.
"Seguire la scienza" è un attrezzo politico, particolarmente negli ultimi anni. Dato che è assodato che si debba seguire la scienza, per avallare una linea politica ci si sceglie la scienza più adatta allo scopo, ma facendo ben attenzione a presentare quello che si dichiara scienza come "vincolo esterno". Esempio recente il governo Conte, che sulla gestione dell'epidemia ha ripetutamente detto di mettere in pratica le indicazione del CTS (poi si è scoperto che non era esattamente così).
Altro esempio meno recente: la commissione Sanità del Senato che nel 2017 discuteva delle coperture finanziarie per portare al 95% il tasso di vaccinazioni pediatriche come richiesto da OMS (ma OMS non l'aveva richiesto).
Parlando ancora di 2017, "Il Vaccino non è un'opinione" (ma l'obbligo vaccinale sì, però guai a chi lo diceva).
Tornando ad oggi, segui la scienza, metti la mascherina (di comunità), ovunque, anche solo in vetta ad un monte, che proteggi gli altri (forse) e te stesso (straLOL).
Quel "fecondo dialogo dell'intelletto umano con la natura" di cui parlava Prigogine non ha nulla a che vedere con La Scienza, il terzo ladro di cui ha scritto Isabelle Stengers, filosofa che con Prigogine ha collaborato a lungo (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/12/il-terzo-ladro.html).
Se il potere di turno arruola La Scienza più adatta ai suoi fini, ritornando verso il basso "segui la scienza" è diventato il patrimonio ideologico per eccellenza proprio di una parte politica che per convenienza (conseguimento e mantenimento del potere) ha rinnegato le proprie radici. Dallo Statuto dei Lavoratori a Jobs Act e "Vota la scienza, scegli il PD".

Quindi ai vari "Segui la Scienza" o "La Scienza dice" la mia risposta contina ad essere questa. E non cambierà

IL BUON SENSO?

 




Qualche giorno fa, parlando degli argomenti in discussione per il DPCM, qualcuno diceva che poi sarebbe stato il buon senso a guidare i controlli sulla mascherina all'aperto.
Infatti: barista abbassa la mascherina per fumare fuori dal locale: multa di 400 euro (https://milano.repubblica.it/cronaca/2020/10/12/news/coronavirus_multa_barista_sigaretta_mascherina_pavia_ombra_de_vin-270292309/).
La mascherina all'aperto 24/24 ore non serve ma è giusta: lo ha detto anche Villani, “L’obbligo di indossare la mascherina all’aperto è un richiamo. Non importa se scientificamente ha senso oppure no. E’ un segnale di attenzione per noi stessi e per la comunità”. (https://www.gazzettadellevalli.it/attualita/polemiche-sullobbligo-mascherine-allaperto-villani-cts-non-importa-se-ha-senso-e-un-segnale-292117/). Non c'è verso, siamo tornati nel pieno della stagione "cazzate a fin di bene".
Ma le norme sono norme, non sono segnali. E come tali andrebbero considerate.
Tra l'altro questa enfasi sulla mascherina all'aperto sempre è leggermente in contraddizione con il fatto che il 77% dei contagi avvengono in famiglia, a quel che si dice. Da cui le raccomandazioni su feste private, cene etc...
"Questo divieto non può essere oggetto di una regola - non potrebbero esserci né controlli né, quindi, sanzioni - ma solo d’una raccomandazione.
Allora perché inserirlo tra altre regole, mistificando scientemente?" Si chiedeva Vitalba Azzolini su twitter (https://twitter.com/vitalbaa/status/1315400114685575169). La raccomandazione è stata inserita in mezzo alle norme perché Speranza norma l'avrebbe voluta: «Io ho proposto di vietare le feste, anche private, quando c'è una norma va rispettata. Lavoreremo anche con le forze dell'ordine per verificare che la norma venga rispettata. Ma non sono i controlli che ci hanno permesso di piegare la curva nei giorni più difficili, ma i comportamenti delle persone» (https://www.corriere.it/cronache/20_ottobre_11/regole-nuovo-dpcm-ottobre-covid-ea40857e-0b88-11eb-8551-988fe333186d.shtml). Ah beh, in breve per Speranza siamo stati bravi ma si voleva comunque riservare la possibilità di far irrompere le forze dell'ordine in un privato domicilio per contare le persone a tavola per il pranzo domenicale. Il buon senso, certo.

CHI SONO? UNO COME TANTI (O POCHI)

Con una laurea in Chimica Industriale (ordinamento ANTICO, come sottolineava un mio collega più giovane) mi sono ritrovato a lavorare in ...