giovedì 3 giugno 2021

A BANANAS ERANO COMUNQUE AVANTI...

... perché, come potete notare nel video, la folla non applaude.
In Italia invece se si annunciasse che da domani la lingua ufficiale dello stato diventa il finlandese una quota di applausi sarebbe garantita (lo svedese sarebbe una scelta ideologicamente inaccettabile). E qualche accademico dello stato libero di Bananas in pectore sarebbe prontamente intervistato da tv e giornali per spiegare le solidissime basi scientifiche della disposizione.
 
Il che sarebbe un modo leggero per dire che il discorso del "Terzo ladro" (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/2018/12/il-terzo-ladro.html) in alcune nazioni vale più che in altre volendo. Ricordo che la Stengers, che non a caso aveva lavorato per anni assieme a Ilya Prigogine, distingueva tra "La Scienza" e le pratiche scientifiche. Questa è una distinzione che a molti ancora sfugge, eppure non dovrebbe essere così difficile discriminare tra il pinco di turno che pontifica in televisione e i 300 chimici grazie al cui lavoro è venuto fuori paxlovid. Difficilmente qualcuno di loro andrà in tv, o sarà intervistato dai grandi giornali (poi certo che esistono le eccezioni, e qualcuna la trovate pure sui social).

 

mercoledì 2 giugno 2021

QUASI INCREDIBILE

 

https://www.fiercepharma.com/pharma/amgen-s-lumakras-becomes-first-fda-approved-kras-inhibitor-for-lung-cancer-patients

KRAS è stata per anni e anni considerata un undruggable target (hardly druggable, in realtà). E per un motivo molto semplice: la proteina è soggetta a cambi conformazionali e non, e con una frequenza del tutto insolita. In breve per tipo vent'anni ha sgusciato come un'anguilla dalle mani di chi voleva "prenderla" (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/.../oncologia-fine...).

Ma meno di due anni fa si concludeva la caccia a questa Primula Rossa dei target oncologici, i primi inibitori KRAS (per una specifica mutazione della proteina, G12C) iniziavano i trial clinici, e i  risultati erano incoraggianti (https://cen.acs.org/.../Notorious-KRAS-Taking-down.../97/i37). 
Oggi FDA approva Lumakras (sotorasib) per tumori dei polmoni non-small cell (NSCLC) KRAS G12C positivi.
Nei NSCLC i casi con mutazioni KRAS sono circa il 30%, e di questa quota circa la metà possiede la mutazione KRAS G12C (https://clincancerres.aacrjournals.org/content/27/8/2209), quindi non parliamo di una mutazione frequente, ma neanche di una rara.
Ora la porta degli inibitori di KRAS è definitivamente aperta e la strada indicata, va solo percorsa per aggiungere ulteriori strumenti ai disponibili inibitori EGFR, VEGFR, ALK già in uso per questi tumori.
 

Sotorasib, sviluppato da Amgen, non è esattamente il classico inibitore covalente di chinasi (https://en.wikipedia.org/wiki/Sotorasib). Esibisce atropisomeria, parola più ostica del fenomeno che vuole descrivere. Enantiomeri e diastereoisomeri sono molecole che non si distinguono per l'ordine di concatenazione dei loro atomi. L'esempio più classico usato da sempre per spiegare gli enantiomeri sono le nostre mani: sono uguali, ma non sovrapponibili. Appoggiatele nella stessa posizione su un tavolo e noterete che sono simmetriche rispetto ad un piano. Stessa cosa per una coppia di enantiomeri (una molecola è l'immagine speculare dell'altra). Abbiamo coppie di enantiomeri ogni volta che una molecola ha un carbonio asimmetrico, ovvero a cui sono legati quattro gruppi diversi. La presenza di più carboni asimmetrici crea coppie di diastereoisomeri (due carboni asimmetrici producono due coppie di diastereoisomeri).
Nell'atropisomeria invece la "non sovrapponibilità" non è collegata all'orientamento nello spazio di legami chimici, ma all'impossibilità di un gruppo di ruotare liberamente attorno a un legame, per cui avremo una molecola in cui il gruppo può ruotare tra 0 e 180° e un'altra in cui può ruotare tra 180 e 360°.
Ecco, nel caso di sotorasib uno dei due atropisomeri è più attivo dell'altro...

 

 

martedì 1 giugno 2021

ANTOCIANI E CACCIAGIONE




(visto che una delle conseguenze delle riaperture è stata una ripresa di entusiasmo per l'andare a pranzo o a cena fuori...)
Rosso, porpora, azzurro e blu: abbondanti nel mondo vegetale, derivano da concentrazioni variabili di antociani e specialmente antocianidine. Pelargonidina e delfinidina prendono il loro nome da fiori (geranio e delphinium), e sono rispettivamente caratteristiche di frutti e fiori rossi e blu (quindi tra l'altro uva, fragole e tutti i frutti di bosco classici).
Di base sono derivati del catione flavilio (con un formale O+ sull'anello, stabilizzato dalla coniugazione dei legami). In generale le antocianidine hanno un colore rosso più o meno intenso (anche molto intenso, fino al porpora scurissimo) a pH bassi, e sono tutte blu (più o meno scuro) a pH alcalini. Il colore a pH neutro varia dal rosso al blu a seconda dei composti. E per questo l'estratto di cavolo rosso e soprattutto l'estratto idroalcolico di mirtilli funzionano da indicatori "naturali".
Come tutti gli altri antociani funzionano da antiossidanti, e non solo: estratti ad alto contenuto di antociani e flavonoidi sono stati usati per le condizioni più diverse, dai problemi di circolazione periferica alle infiammazioni di vie urinarie e dintorni.
Ma il carattere antiossidante degli antociani ha fatto sì che trovassero uso nella conservazione del cibo. I nativi americani delle grandi praterie crearono il pemmican, un impasto di carne essiccata di bisonte, cervo o alce e frutti di bosco (mirtilli, lamponi). Questo preparato a lunghissima conservazione ebbe fortuna tra 800 e prima metà del 900, quando in area anglosassone fu sostituito alle altri carni il manzo essiccato. Usato come vettovaglia da chi viaggiava o esplorava le regioni artiche, arrivò anche in Italia con gli aiuti alimentari che le truppe americane distribuivano nei territori liberati (assieme a latte condensato, cioccolato e burro di arachidi, tra l'altro).
Per qualche ragione dalle Alpi in su antociani e carne di cervide fanno coppia fissa: cervo e soprattutto capriolo con mirtilli, daino con lamponi.
Per quel che mi riguarda la cacciagione è sempre stata faccenda di ginepro o dolce e forte, ma questa è un'altra storia...

 

lunedì 31 maggio 2021

BACK TO THE MISSING BASICS


"Alla faccia di Kermack e McKendrick, pace all'anima loro", m'è uscito di recente come risposta.
Come con il morbillo 2017, con COVID19 la dinamica delle malattie infettive, o meglio quello che ci ha saputo dire sulla natura del fenomeno, era di fatto assente dal dibattito: chi ne prendeva un frammento (l'esponenziale!), chi faceva girare modelli e faceva discutere delle loro previsioni (fallite).

Kermack e McKendrick negli anni venti del secolo passato formalizzarono un'evidenza: anche in assenza di misure di contenimento o vaccinazioni in una popolazione omogenea una malattia epidemica si manifesta ad ondate. Perché calando progressivamente il numero dei suscettibili cala così il numero dei casi (in presenza di reinfezioni le cose sono più complicate). La bibliografia minima? https://ilchimicoscettico.blogspot.com/…/la-cosa-triste-piu…
Questo per COVID non è stato mai considerato; prima l'accento sulle reinfezioni (rare) e poi il tormentone sulle varianti, tanto che la risposta immunitaria cellulo-mediata (i linfociti T) è stata largamente assente dal dibattito, assieme all'immunità crociata preesistente (https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)31008-4…), quella che veniva chiamata "materia oscura immunitaria", l'anno scorso.
Di recente è uscito un articolo largamente ignorato: le variants of concern del virus sfuggono alla risposta anticorpale ma non a quella cellulare (https://immunology.sciencemag.org/content/6/59/eabj1750). Quindi sempre dalle parti di Kermack e McKendrick siamo rimasti...

Ecco, una migliore comprensione delle basi della letteratura scientifica in materia avrebbe potuto aiutare (e aiuterebbe) la qualità del dibattito.


IL QUARTO COMPLEANNO

 


(Si parla della pagina facebook)
Questa pagina oggi compie quattro anni.
Quattro anni fa il panorama era piuttosto delirante: il carrozzone assembratosi per promuovere il DL Lorenzin sull'obbligo vaccinale e i suoi oppositori offrivano uno spettacolo allucinato e allucinante. Da una parte metalli pesanti e nanocose nei vaccini, dall'altra roba tipo la Scienza, una, sola, perfetta ed incorruttibile, tossicologie a sentimento e altre amenità. I fedeli della chiesa antivaccinista da una parte, i talebani dello scientismo pop dall'altra.
E ovviamente, all'epoca, sia gli uni che gli altri arrivavano qua sopra, e volavano schiaffi.
Questo per spiegare a chi è approdato qua di recente che un po' di esperienza nel trattare con l'idiozia militante me la sono fatta. All'epoca discutere con postdoc che non distinguevano tra condizione necessaria e sufficiente da una parte, e con fedeli della nanochiesa dall'altra è stato istruttivo. Ed è stato istruttivo anche capire che qua sopra certi titolati e colleghi possono stracciare i libri su cui hanno studiato pur di sostenere arbitrariamente una tesi (https://ilchimicoscettico.blogspot.com/.../fuck-their-war...)
Quindi nel tempo sono giunto alla conclusione che di ceffoni ne basta uno, il resto è una perdita di tempo. I risultati di questa politica li trovate sotto la mozione d'ordine incollata in cima alla pagina.
A proposito di idioti militanti, ce n'è qualcuno che ritiene che tutto ciò sia censura, oppure che sia "burioniano". Non ci arrivano proprio al fatto che qua non siamo generalmente "su facebook" (cioè su un libero pubblico sfogatoio, nella loro concezione), ma su una specifica pagina con specifiche regole. Bloccare chi arriva commentando "Scrivete scemenze" non è censura, è moderazione dei commenti. Idem bloccare chi inizia a scanagliare o sghignazzare sostenendo che hai detto B, mentre nel post c'è chiaramente scritto A. E' difficile possedere una dialettica dignitosa ed educata senza possedere buone capacità di comprensione di un testo in italiano? Problema di lorsignori.
Questa pagina è sempre stata profondamente laica e continua ad esserlo. E alcuni una narrazione laica la trovano insopportabile. Il che è curioso, perché a regola i temi tecnico-scientifici dovrebbero essere quelli laici per eccellenza, invece...
Ne deriva che c'è sempre qualcuno che risulta urtato dalle cose più diverse, dai risultati di RECOVERY alle approvazioni o autorizzazioni FDA. Spesso commenta per dimostrare la sua avversione e di solito va a finire come ci si può aspettare ... (non ci provate nemmeno ad arrivare qua sopra dicendo che "i farmaci li approva la comunità scientifica", o a paragonare Stamina a qualcosa di autorizzato da FDA o EMA).
Paradossalmente questa pagina, in quattro anni, è diventata grande abbastanza da camminare sulle sue gambe, nonostante il cocciuto anonimato dell'amministratore, nonostante il fatto che della visibilità gliene freghi 0 - i temi qua sopra trattati sono arrivati dove dovevano arrivare già a partire dal 2018, e non era faccenda di like. Quanto ai like, se qualcuno è di cattivo umore perché non ne ha, o è stato doppiato, beh, glieli cederei volentieri, potendo, tanto qua non si prova a capitalizzarli in nessun modo - niente pubblicità, niente libri da promuovere, niente ospitate televisive, niente interviste, etc. A questo proposito: ho ricevuto alcuni inviti per interviste, convegni (online, ovviamente, di questa stagione) e simili. Ho sempre declinato (da due anni a questa parte, per essere precisi), spero in modo abbastanza cortese, e così continuerò a fare, perché la cosa è poco compatibile con il mio anonimato e perché non è mai stata una questione di self promotion.

giovedì 27 maggio 2021

ERRORE SISTEMATICO

L'errore casuale, all'incirca, va una volta in un senso, una volta nell'altro. Con una media su più misurazioni lo potete minimizzare.
L'errore sistematico no: è una cosa intrinseca al vostro metodo di rilevazione. Ed è sempre dello stesso segno.
Questa nelle immagini è una faccenda che riguarda il metodo, e le ragioni di questo metodo ormai dovrebbero essere chiare a tutti.
Al di là di come è andata, e quindi di quanto valessero queste previsioni, la cosa più degna di nota è che questa "visione" ha ispirato inossidabili convinzioni in una certa parte dei commentatori, famosi e meno famosi, sui grandi media e sui social. Niente di nuovo, quando non si parla di scienze ma di dogmi e di fideismo. Già, perché come 4 anni fa in giro c'è molta gente letteralmente affamata di dogmi. Dicono scienza, ma in realtà sono del tutto affini al talebanesimo, per cui è facile riciclare qualcosa scritto quattro anni or sono per farlo diventare attuale:
1 Nel nome de #lascienza, una, sola, perfetta ed incorruttibile
2. Quando vi avvolse nel sonno come in un rifugio da parte Sua, fece scendere su di voi vaccino AZ e lockdown dal Ministero, per purificarvi e scacciare da voi ogni patologia, rafforzare i vostri sistemi immunitari e rinsaldare i vostri passi.
3. E quando i Suoi santi ispirarono al governo: “Invero siamo con voi: rafforzate coloro che credono nelle eterne chiusure. Getteremo il terrore nei cuori di chi critica il Decreto: colpiteli tra capo e collo, colpiteli su tutte le falangi!"
(Poi quest'anno il governo è cambiato, ed è un po' cambiata anche la politica di gestione dell'epidemia, quindi i suddetti santi hanno vestito i panni di nuovi Savonarola, giusto in tempo per essere amaramente - per loro - smentiti dai fatti)

 

L'IPOTESI DEL LAB SPILLOVER E TUTTO IL RESTO


 

Un report dell'intelligence americana dice che nel novembre 2019, un mese prima del primo caso ufficiale di COVID, tre ricercatori dell'istituto di virologia di Wuhan chiesero assistenza medica con sintomi del tutto simili a quelli che saranno poi caratteristici di COVID (https://www.reuters.com/.../wuhan-lab-staff-sought.../).
Al solito, tutto ciò ha fatto riprender fiato ai soliti fautori del "virus sintetico" (a proposito di film già visti).
E' vero che "l'animale 0" non è stato mai individuato, ma il famoso "virus dei pipistrelli" è estremamente simile a SARS-CoV-2. Dato che su quel virus sicuramente a Wuhan lavoravano, l' "animale 0" potrebbe benissimo essere stato un animale da laboratorio, infettato con il virus dei pipistrelli. E il tutto sarebbe di una tragica semplicità.
Tutto ciò secondo qualcuno non è plausibile e soprattutto darebbe fiato a "tesi negazioniste", darebbe ragione a Montagnier etc etc. E' bene ribadire invece che l'ipotesi (ipotesi, non certezza) del lab spillover non implica il virus di sintesi, ma semplicemente che il salto di specie sia avvenuto all'interno di un laboratorio.
Sul rispetto degli standard richiesti da parte del laboratorio di Wuhan le perplessità c'erano da tempo (https://www.nature.com/news/inside-the-chinese-lab-poised-to-study-world-s-most-dangerous-pathogens-1.21487):
"Ma c'è preoccupazione riguardo il laboratorio cinese. Il virus della SARS è sfuggito in diverse occasioni da strutture ad alto contenimento a Pechino, fa notare Richard Ebright, biologo molecolare alla Rutgers University. Piscataway, New Jersey. Tim Trevan, fondatore di  CHROME Biosafety and Biosecurity Consulting, Damascus, Maryland, dice che in una cultura aperta è importante manterere la sicurezza di un laboratorio  BSL-4, e si chiede quanto la cosa sia semplice in Cina, dove nella società prevale la gerarchia. “Diversità di punti di vista, strutture orizzontali dove chiunque si sente libero di parlare e libertà di informazione sono importanti", dice. ".
E il 14 maggio scorso una lettera a Science con firme di rilievo concludeva: " Una maggior chiarezza riguardo le origini di questa pandemia è necessaria ed è possibile ottenerla. Dobbiamo prendere sul serio entrambe le ipotesi, di spillover naturale o di laboratorio, finché non abbiamo dati sufficienti. Un'indagine adeguata deve essere trasparente, oggettiva, orientata ai dati, coinvolgere una vasta gamma di competenze, soggetta a supervisione indipendente e gestita in modo responsabile in modo da minimizzare l'impatto di conflitti di interesse" (https://science.sciencemag.org/content/372/6543/694.1.full
Ma con le autorità cinesi ci siamo fermati al primo punto, senza riuscire ad ottenere trasparenza.

CHI SONO? UNO COME TANTI (O POCHI)

Con una laurea in Chimica Industriale (ordinamento ANTICO, come sottolineava un mio collega più giovane) mi sono ritrovato a lavorare in ...